PDB-8t97: Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t97

タイトル

Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-IP6

要素

Kinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Terrestrivirus / Kinase / inositol phosphate / soil

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Terrestrivirus sp. (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t97.cif.gz	64.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t97.ent.gz	44 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t97_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t97_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8t97_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	8t97_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t8uC 8t8vC 8t8wC 8t8xC 8t8yC 8t8zC 8t90C 8t91C 8t92C 8t93C 8t95C 8t96C 8t98C 8t99C 8tf9C 8tfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kinase

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.214, 103.123, 103.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 28688.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Terrestrivirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: Terrestrivirus9_15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G4ZNY6

-
非ポリマー , 5種, 71分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-KGN / D-chiro inositol hexakisphosphate / D-chiro-イノシト-ル六りん酸分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₈O₂₄P₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM scyllo-IP6, 5mM ADP and 10mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 12643 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 0.993 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 114552

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.45-2.49	8.4	0.718	609	0.872	0.965	0.247	0.762	0.927	98.7
2.49-2.54	8.6	0.667	626	0.881	0.968	0.227	0.708	1.224	98.9
2.54-2.59	9	0.621	610	0.894	0.972	0.212	0.659	0.914	99.7
2.59-2.64	9.3	0.561	632	0.899	0.973	0.192	0.595	0.912	99.5
2.64-2.7	9.4	0.513	606	0.929	0.981	0.173	0.543	0.948	99.7
2.7-2.76	9.5	0.429	639	0.928	0.981	0.145	0.454	0.911	99.7
2.76-2.83	9.4	0.367	616	0.954	0.988	0.126	0.39	0.934	100
2.83-2.9	9.4	0.303	624	0.97	0.992	0.104	0.321	0.955	99.8
2.9-2.99	9.3	0.266	638	0.978	0.994	0.092	0.282	0.888	100
2.99-3.09	9.1	0.199	613	0.984	0.996	0.07	0.211	0.891	100
3.09-3.2	8.9	0.155	640	0.989	0.997	0.055	0.165	0.939	100
3.2-3.32	8.9	0.126	636	0.991	0.998	0.045	0.134	0.887	99.7
3.32-3.48	7.9	0.101	622	0.993	0.998	0.038	0.108	0.895	99.7
3.48-3.66	8.8	0.076	625	0.995	0.999	0.027	0.081	0.854	99.8
3.66-3.89	9.8	0.062	636	0.998	0.999	0.021	0.065	0.901	100
3.89-4.19	9.7	0.05	644	0.998	1	0.017	0.053	0.833	100
4.19-4.61	9.6	0.04	648	0.998	1	0.014	0.042	0.938	100
4.61-5.28	9.2	0.04	644	0.998	1	0.014	0.043	0.806	99.7
5.28-6.65	8.4	0.046	654	0.997	0.999	0.016	0.049	1.159	98.8
6.65-50	8.7	0.047	681	0.994	0.999	0.017	0.05	2.142	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.46→37.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 6.46 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2282	603	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18022	-	-	-
obs	0.18275	11078	91.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.46→37.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1766	0	69	67	1902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.841	1.669	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.334	1.596	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.047	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.622	23.367	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.582	15	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.92	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.432	3.529	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.406	3.522	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.311	5.273	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.312	5.283	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.652	4.349	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.48	4.3	998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.978	6.268	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.182	42.255	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.92	41.871	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.46→2.521 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	30	-
R_work	0.244	577	-
obs	-	-	64.51 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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