PDB-8t8y: Crystal structure of Terrestrivirus inositol pyrophosphate kinase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t8y

タイトル

Crystal structure of Terrestrivirus inositol pyrophosphate kinase in complex with ADP and 1,4,5-InsP3

要素

Kinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Virus / Kinase / inositol phosphate / soil

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Terrestrivirus sp. (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t8y.cif.gz	65.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t8y.ent.gz	44.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t8y_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t8y_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8t8y_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	8t8y_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t8uC 8t8vC 8t8wC 8t8xC 8t8zC 8t90C 8t91C 8t92C 8t93C 8t95C 8t96C 8t97C 8t98C 8t99C 8tf9C 8tfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kinase

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.619, 100.610, 105.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 28688.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Terrestrivirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: Terrestrivirus9_15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G4ZNY6
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸分子量: 420.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅O₁₅P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM myo-1,4,5-IP3, 5mM ADP and 10mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 12033 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.97 / CC star: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.152 / Χ²: 0.958 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 96592

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	8.3	0.838	593	0.864	0.963	0.308	0.894	0.955	100
2.54-2.59	8.6	0.69	611	0.902	0.974	0.25	0.736	0.926	99.7
2.59-2.64	8.9	0.636	577	0.889	0.97	0.224	0.676	0.938	99.8
2.64-2.69	8.9	0.593	612	0.895	0.972	0.21	0.63	0.98	99.2
2.69-2.75	8.9	0.518	579	0.941	0.985	0.184	0.551	0.926	99.8
2.75-2.82	8.8	0.451	604	0.942	0.985	0.161	0.48	0.984	99.8
2.82-2.89	8.8	0.388	583	0.958	0.989	0.139	0.413	0.959	99.8
2.89-2.96	8.5	0.366	614	0.964	0.991	0.134	0.39	0.965	100
2.96-3.05	8.6	0.304	578	0.964	0.991	0.111	0.324	1.007	99.8
3.05-3.15	8.3	0.231	624	0.979	0.995	0.086	0.248	0.972	100
3.15-3.26	8.2	0.199	587	0.972	0.993	0.075	0.214	1.038	99.8
3.26-3.39	7.6	0.157	608	0.978	0.994	0.062	0.17	0.991	99.2
3.39-3.55	6.6	0.124	597	0.985	0.996	0.054	0.136	0.975	98.8
3.55-3.73	8.2	0.108	598	0.99	0.997	0.041	0.116	0.938	98.7
3.73-3.97	7.7	0.087	597	0.993	0.998	0.034	0.094	0.889	97.9
3.97-4.27	7.3	0.07	594	0.993	0.998	0.03	0.077	0.827	97.1
4.27-4.7	6.3	0.055	576	0.995	0.999	0.025	0.061	0.967	95.4
4.7-5.38	7	0.052	609	0.996	0.999	0.023	0.057	0.752	97.6
5.38-6.78	7.2	0.051	621	0.995	0.999	0.021	0.056	0.675	98.9
6.78-50	7.9	0.064	671	0.994	0.998	0.025	0.068	1.384	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.5→37.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 7.416 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22339	606	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17334	-	-	-
obs	0.17593	11245	97.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.217 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→37.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1764	0	53	117	1934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.442	1.659	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.218	1.596	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.419	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.763	23.367	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.274	15	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.946	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.301	3.716	867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.259	3.707	866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.894	5.555	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.894	5.568	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.463	4.021	992
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.466	4.025	988
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.179	5.898	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.125	68.806	7530
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.124	68.804	7531
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	35	-
R_work	0.227	749	-
obs	-	-	86.92 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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