PDB-8t8w: Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t8w

タイトル

Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ATP

要素

Kinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Virus / Kinase / inositol phosphate / soil

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Terrestrivirus sp. (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t8w.cif.gz	68.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t8w.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t8w_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t8w_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	8t8w_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	8t8w_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t8uC 8t8vC 8t8xC 8t8yC 8t8zC 8t90C 8t91C 8t92C 8t93C 8t95C 8t96C 8t97C 8t98C 8t99C 8tf9C 8tfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kinase

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.084, 104.244, 102.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-536- HOH
2	1	A-542- HOH
3	1	A-660- HOH

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 28688.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Terrestrivirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: Terrestrivirus9_15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G4ZNY6
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM ATP and 2mM CdCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 23314 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.953 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 300507

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	11.9	0.801	1164	0.871	0.965	0.238	0.837	0.924	99.9
2.03-2.07	12.8	0.652	1113	0.923	0.98	0.188	0.679	0.926	99.7
2.07-2.11	13.1	0.542	1167	0.955	0.988	0.154	0.564	0.948	99.9
2.11-2.15	13.4	0.446	1132	0.967	0.992	0.126	0.463	0.963	100
2.15-2.2	13.2	0.368	1150	0.976	0.994	0.104	0.382	0.946	99.9
2.2-2.25	13.1	0.328	1174	0.978	0.994	0.093	0.341	0.963	100
2.25-2.31	13	0.275	1127	0.986	0.996	0.079	0.286	0.962	100
2.31-2.37	12.4	0.213	1167	0.99	0.997	0.062	0.222	0.975	100
2.37-2.44	11.4	0.17	1164	0.992	0.998	0.052	0.178	0.938	99.8
2.44-2.52	13.5	0.156	1150	0.996	0.999	0.044	0.162	0.97	100
2.52-2.61	13.7	0.131	1143	0.996	0.999	0.037	0.136	0.948	100
2.61-2.71	13.7	0.115	1163	0.997	0.999	0.032	0.119	0.965	100
2.71-2.84	13.5	0.093	1168	0.997	0.999	0.026	0.096	0.947	100
2.84-2.99	13.3	0.082	1159	0.997	0.999	0.023	0.086	0.974	99.8
2.99-3.17	13	0.069	1171	0.998	0.999	0.02	0.072	0.959	100
3.17-3.42	12.3	0.061	1169	0.998	0.999	0.018	0.063	0.993	100
3.42-3.76	12.3	0.054	1179	0.998	1	0.016	0.057	1.011	100
3.76-4.31	13.6	0.051	1187	0.999	1	0.015	0.053	0.959	99.9
4.31-5.43	13	0.049	1200	0.996	0.999	0.014	0.051	0.908	99.8
5.43-50	11.8	0.047	1267	0.998	0.999	0.015	0.05	0.875	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2→37.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.823 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19528	1171	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15851	-	-	-
obs	0.16038	21798	98.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.936 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→37.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1764	0	44	185	1993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.736	1.648	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.463	1.586	3975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.076	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.973	23.367	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.616	15	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.005	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.935	2.548	882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.936	2.538	881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.331	3.789	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.329	3.802	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.45	3.135	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.323	3.097	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.699	4.405	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.974	31.746	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.565	30.595	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.048 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	63	-
R_work	0.239	1371	-
obs	-	-	84.55 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)