PDB-8t8v: Crystal structure of Terrestrivirus inositol pyrophosphate kinase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t8v

タイトル

Crystal structure of Terrestrivirus inositol pyrophosphate kinase in complex with ADP

要素

Kinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Virus / Kinase / inositol phosphate / myo-inositol / soil

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 3-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Terrestrivirus sp. (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t8v.cif.gz	66.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t8v.ent.gz	45 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t8v_validation.pdf.gz	785.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t8v_full_validation.pdf.gz	785.5 KB	表示
XML形式データ	8t8v_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	8t8v_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t8uC 8t8wC 8t8xC 8t8yC 8t8zC 8t90C 8t91C 8t92C 8t93C 8t95C 8t96C 8t97C 8t98C 8t99C 8tf9C 8tfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kinase

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.706, 104.656, 102.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-526- HOH
2	1	A-613- HOH

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 28688.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Terrestrivirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: Terrestrivirus9_15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G4ZNY6
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4 and 10% Ethylene Glycol in presence of 5mM ADP and 10mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 23739 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	3.8	0.739	1167	0.629	0.879	0.416	0.852	0.964	99.6
1.98-2.02	3.8	0.553	1185	0.746	0.925	0.313	0.639	0.898	99.6
2.02-2.06	3.8	0.479	1166	0.783	0.937	0.271	0.553	0.938	99.3
2.06-2.1	3.8	0.391	1194	0.852	0.959	0.222	0.452	0.936	99.3
2.1-2.15	3.7	0.313	1181	0.896	0.972	0.177	0.361	0.99	99.5
2.15-2.2	3.7	0.254	1168	0.914	0.977	0.145	0.294	0.95	98.4
2.2-2.25	3.5	0.223	1162	0.911	0.976	0.133	0.261	0.953	97.6
2.25-2.31	3.6	0.176	1154	0.939	0.984	0.105	0.206	0.907	97.6
2.31-2.38	4	0.157	1190	0.947	0.986	0.086	0.18	0.925	99.7
2.38-2.46	4	0.128	1193	0.959	0.989	0.07	0.147	0.888	99.8
2.46-2.54	3.9	0.106	1200	0.968	0.992	0.058	0.122	0.898	99.6
2.54-2.65	3.9	0.093	1194	0.965	0.991	0.051	0.107	0.89	99.1
2.65-2.77	3.9	0.072	1191	0.974	0.993	0.039	0.082	0.911	98.9
2.77-2.91	3.8	0.058	1178	0.978	0.994	0.032	0.067	0.892	98.6
2.91-3.1	3.6	0.049	1181	0.974	0.993	0.028	0.057	0.922	98.1
3.1-3.33	3.3	0.038	1141	0.982	0.996	0.022	0.044	0.863	94.5
3.33-3.67	3.9	0.034	1198	0.985	0.996	0.019	0.039	0.857	98.9
3.67-4.2	3.8	0.034	1219	0.988	0.997	0.018	0.039	0.898	99.3
4.2-5.29	3.6	0.035	1233	0.992	0.998	0.02	0.041	0.972	98.9
5.29-50	3.6	0.042	1244	0.993	0.998	0.025	0.049	1.15	94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→36.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 3.36 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23214	1106	5 %	RANDOM
R_work	0.19862	-	-	-
obs	0.20035	20981	90.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.381 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.96→36.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1764	0	39	159	1962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.249	1.641	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.243	1.586	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.587	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.202	23.367	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.905	15	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.114	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.236	2.013	882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.236	2.007	881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.191	2.998	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.19	3.006	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.369	2.238	984
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.363	2.22	976
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.352	3.246	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.674	37.351	7630
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.621	37.328	7624
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.006 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	51	-
R_work	0.264	827	-
obs	-	-	49.69 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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