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- PDB-8t7i: Structure of the S1CE variant of Fab F1 (FabS1CE-F1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t7i
タイトルStructure of the S1CE variant of Fab F1 (FabS1CE-F1)
要素(S1CE variant of Fab F1 ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / enhanced crystallization / EphA2 binding / expressed protein / Fab
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Enderle, L. / Blazer, L. / Adams, J.J. / Sicheri, F. / Sidhu, S.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Engineered antigen-binding fragments for enhanced crystallization of antibody:antigen complexes.
著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Filippova, E.V. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Enderle, L. / Ben-David, M. / Radley, E.H. / Mao, D.Y.L. / Pau, V. / Orlicky, S. / Sicheri, F. / Kurinov, I. / ...著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Filippova, E.V. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Enderle, L. / Ben-David, M. / Radley, E.H. / Mao, D.Y.L. / Pau, V. / Orlicky, S. / Sicheri, F. / Kurinov, I. / Atwell, S. / Kossiakoff, A.A. / Sidhu, S.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2018
タイトル: Locking the Elbow: Improved Antibody Fab Fragments as Chaperones for Structure Determination.
著者: Bailey, L.J. / Sheehy, K.M. / Dominik, P.K. / Liang, W.G. / Rui, H. / Clark, M. / Jaskolowski, M. / Kim, Y. / Deneka, D. / Tang, W.J. / Kossiakoff, A.A.
#2: ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Rapid and robust antibody Fab fragment crystallization utilizing edge-to-edge beta-sheet packing.
著者: Lieu, R. / Antonysamy, S. / Druzina, Z. / Ho, C. / Kang, N.R. / Pustilnik, A. / Wang, J. / Atwell, S.
履歴
登録2023年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S1CE variant of Fab F1 heavy chain
B: S1CE variant of Fab F1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,02714
ポリマ－48,6622
非ポリマー36512
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.000, 74.000, 219.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-304-

CL

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 S1CE variant of Fab F1 heavy chain


分子量: 25401.334 Da / 分子数: 1 / 変異: SSASTK replaced by FNQIK / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fab produced by randomization of CDR regions and selected by phage display. Fabs utilize IMGT (LeClerc et al., Dev Comp Immunol. 2003 Jan;27(1):55-77) numbering.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTa / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 S1CE variant of Fab F1 light chain


分子量: 23260.754 Da / 分子数: 1 / 変異: spHAGLSSP replaced by QGTTS; Q165S, K167Y / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fab produced by randomization of CDR regions and selected by phage display. Fabs utilize IMGT (LeClerc et al., Dev Comp Immunol. 2003 Jan;27(1):55-77) numbering.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTa / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 4種, 95分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane, pH 6.5, 200 mM sodium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→74 Å / Num. obs: 20950 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 42.67 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.525 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2408 / CC1/2: 0.628 / Rpim(I) all: 0.635 / Rrim(I) all: 1.655 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DVN

3dvn


解像度: 2.6→61.32 Å / SU ML: 0.2964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6884
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2568 1467 7.92 %
Rwork0.2008 17058 -
obs0.2052 18525 94.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→61.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3148 0 15 83 3246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00833231
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08234411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.84741091
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.690.32071190.2741383X-RAY DIFFRACTION78.31
2.69-2.80.34221500.25351746X-RAY DIFFRACTION99.89
2.8-2.930.27581530.24171766X-RAY DIFFRACTION99.28
2.93-3.080.28271540.2291789X-RAY DIFFRACTION99.74
3.08-3.280.32391510.22211753X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.530.24181330.20541564X-RAY DIFFRACTION87.07
3.53-3.880.27671370.19741589X-RAY DIFFRACTION88.74
3.88-4.450.20131410.15691641X-RAY DIFFRACTION90.5
4.45-5.60.21081590.16671848X-RAY DIFFRACTION100
5.6-61.320.26241700.21181979X-RAY DIFFRACTION99.17
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79857458793-0.2143587621950.3745797713551.75457295919-1.132550191816.398006722690.08152707718140.904221366224-0.217547842786-1.222266820870.1760519845220.3201362929420.774892572004-0.116064808332-0.2173267662561.04924042188-0.122416452379-0.192951078130.63589009666-0.03577986198990.52426781993118.2587114734-7.7062317280419.7741206798
25.48586611482-0.523435713688-1.439633910140.554017398305-0.3452163109713.125883958370.0618740961133-0.1972370146510.1619884291390.1592474717470.02439899416890.220954584199-0.110632832258-0.00640887566799-0.0895569078090.299524770402-0.0243460637525-0.01916463536250.1664835765650.02850644932350.51011789970914.30888656132.9721123359952.969391371
34.3012536958-0.7481234447860.06360818408623.524174933441.519895290383.649922451720.05064741788520.7335939795930.635055969914-0.9417485904330.0998372682225-0.0752174495327-1.08362139757-0.290835441195-0.1110673412651.08257893923-0.0170015687138-0.1504090004630.7405584334960.185418039080.54205312198815.327159497713.304270022617.5433904468
41.668307947440.1558866972410.5906117995922.671613214321.410091023723.819050208790.02235983309510.1360129804760.225124618773-0.4750070321270.1517786489060.195949629012-0.3348292113150.106126147808-0.1841492776450.277764097169-0.0201813791065-0.01671189124010.1944715555740.03575276896330.47756195908523.490232990514.813464350248.2022728708
52.81915540151-0.8364891833491.529905577524.57403756804-0.1866707896734.70931427387-0.0597560597722-0.02084224527810.310939501778-0.0008428676644180.1456866295480.147110977284-0.341984740343-0.127861742692-0.07200655074150.205105392806-0.0113424058050.03948094634350.187941809651-0.002798451254920.3978554996624.590415451215.704321153653.2356944503
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 148 )AA1 - 1481 - 139
22chain 'A' and (resid 149 through 239 )AA149 - 239140 - 230
33chain 'B' and (resid 4 through 116 )BC4 - 1161 - 82
44chain 'B' and (resid 117 through 181 )BC117 - 18183 - 147
55chain 'B' and (resid 182 through 231 )BC182 - 231148 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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