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- PDB-8t6f: Crystal structure of human MBP-Myeloid cell leukemia 1 (Mcl-1) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t6f
タイトルCrystal structure of human MBP-Myeloid cell leukemia 1 (Mcl-1) in complex with BRD810 inhibitor
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein/Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 Chimera
キーワードAPOPTOSIS / Inhibitor / MCL1 / MBP-fusion / BRD810
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / response to cytokine / negative regulation of autophagy / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / release of cytochrome c from mitochondria / cell chemotaxis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / outer membrane-bounded periplasmic space / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / periplasmic space / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / : / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Poncet-Montange, G. / Lemke, C.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Cancer / 年: 2024
タイトル: BRD-810 is a highly selective MCL1 inhibitor with optimized in vivo clearance and robust efficacy in solid and hematological tumor models.
著者: Rauh, U. / Wei, G. / Serrano-Wu, M. / Kosmidis, G. / Kaulfuss, S. / Siegel, F. / Thede, K. / McFarland, J. / Lemke, C.T. / Werbeck, N. / Nowak-Reppel, K. / Pilari, S. / Menz, S. / Ocker, M. / ...著者: Rauh, U. / Wei, G. / Serrano-Wu, M. / Kosmidis, G. / Kaulfuss, S. / Siegel, F. / Thede, K. / McFarland, J. / Lemke, C.T. / Werbeck, N. / Nowak-Reppel, K. / Pilari, S. / Menz, S. / Ocker, M. / Zhang, W. / Davis, K. / Poncet-Montange, G. / Roth, J. / Daniels, D. / Kaushik, V.K. / Hubbard, B. / Ziegelbauer, K. / Golub, T.R.
履歴
登録2023年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein/Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 Chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6096
ポリマ－57,3111
非ポリマー1,2985
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.301, 136.957, 38.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein/Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 Chimera


分子量: 57310.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q07820
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 409分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-YI7 / (3aM,9S,15R)-4-chloro-3-ethyl-7-{3-[(6-fluoronaphthalen-1-yl)oxy]propyl}-2-methyl-15-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-2,10,11,12,13,15-hexahydropyrazolo[4',3':9,10][1,6]oxazacycloundecino[8,7,6-hi]indole-8-carboxylic acid


分子量: 703.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H44ClFN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3.75 mg/mL MBP-MCL1, 17.5 mM HEPES pH 7.5, 8% PEG 3350, 5% MPD, 5% DMSO, 2.5% PEG400, 75mM NaCl, 25mM Magnesium Formate, 0.75mM DTT, 0.75 mM Maltose, 0.5mM ANJ810, 0.375% glycerol, ~10-4 ...詳細: 3.75 mg/mL MBP-MCL1, 17.5 mM HEPES pH 7.5, 8% PEG 3350, 5% MPD, 5% DMSO, 2.5% PEG400, 75mM NaCl, 25mM Magnesium Formate, 0.75mM DTT, 0.75 mM Maltose, 0.5mM ANJ810, 0.375% glycerol, ~10-4 diluted microseeds, equilibrated against 1.5M NaCl in a EasyXtal 15-Well DropGuard Crystallization Tool

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→80 Å / Num. obs: 74575 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 25.74 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3580 / CC1/2: 0.909 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→79.86 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 3735 5.02 %
Rwork0.1883 --
obs0.1898 74453 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→79.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4042 0 88 405 4535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.476618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007758
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.580.34411310.29822482X-RAY DIFFRACTION96
1.58-1.61742577X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.620.2591230.25492547X-RAY DIFFRACTION99
1.62-1.640.2911380.24852593X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.670.28311250.24662630X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.70.30051280.25862561X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.720.2951510.27282586X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.33811260.26922577X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.780.31881420.25332587X-RAY DIFFRACTION99
1.78-1.820.31651190.24732655X-RAY DIFFRACTION99
1.82-1.860.28011340.22982564X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.90.24791420.22222600X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.940.26491290.21562601X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.990.24741270.20882624X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.040.24811440.21022598X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.10.22911320.21962625X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.170.23741370.21442596X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.250.25591480.19792639X-RAY DIFFRACTION99
2.25-2.340.21751420.19032583X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.450.21021410.20132637X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.570.2441450.19532641X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.740.24141300.19122670X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.950.22371550.19752622X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.240.21071530.18662646X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.710.19331140.16772703X-RAY DIFFRACTION100
3.71-4.680.18521480.14152725X-RAY DIFFRACTION100
4.68-79.860.16161570.15892849X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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