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- PDB-8t5p: SARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF3 TRAF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t5p
タイトルSARS-CoV-2 ORF3a peptide in complex with TRAF3 TRAF domain
要素
  • ORF3a protein
  • TNF receptor-associated factor 3
キーワードSIGNALING PROTEIN/VIRAL PROTEIN / signaling protein-viral protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lysosome / symbiont-mediated activation of host reticulophagy / Maturation of protein 3a / regulation of interferon-beta production / TRAF3 deficiency - HSE / SARS-CoV-2 modulates autophagy / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / CD40 receptor complex / regulation of defense response to virus ...host cell lysosome / symbiont-mediated activation of host reticulophagy / Maturation of protein 3a / regulation of interferon-beta production / TRAF3 deficiency - HSE / SARS-CoV-2 modulates autophagy / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / CD40 receptor complex / regulation of defense response to virus / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / inorganic cation transmembrane transport / voltage-gated calcium channel complex / host cell endoplasmic reticulum / toll-like receptor 4 signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / monoatomic ion channel activity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling adaptor activity / voltage-gated potassium channel complex / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / regulation of cytokine production / molecular function activator activity / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasmic side of plasma membrane / ubiquitin-protein transferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / ubiquitin protein ligase activity / Ovarian tumor domain proteases / TRAF3-dependent IRF activation pathway / host cell endosome / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / defense response to virus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / cell surface receptor signaling pathway / endosome / endosome membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / signal transduction / mitochondrion / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / Protein 3a, betacoronavirus / 3a-like viroporin, transmembrane domain, alpha/betacoronavirus / 3a-like viroporin, cytosolic domain, alpha/betacoronavirus / Betacoronavirus viroporin / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin trans-membrane (TM) domain profile. / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin cytosolic (CD) domain profile. ...TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / Protein 3a, betacoronavirus / 3a-like viroporin, transmembrane domain, alpha/betacoronavirus / 3a-like viroporin, cytosolic domain, alpha/betacoronavirus / Betacoronavirus viroporin / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin trans-membrane (TM) domain profile. / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin cytosolic (CD) domain profile. / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
ORF3a protein / TNF receptor-associated factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Busscher, B.M. / Xiao, T.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI141350 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127609 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: SARS-CoV-2 ORF3a-Mediated NF-kappa B Activation Is Not Dependent on TRAF-Binding Sequence.
著者: Busscher, B.M. / Befekadu, H.B. / Liu, Z. / Xiao, T.S.
履歴
登録2023年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 3
B: TNF receptor-associated factor 3
C: TNF receptor-associated factor 3
D: TNF receptor-associated factor 3
E: TNF receptor-associated factor 3
F: TNF receptor-associated factor 3
G: ORF3a protein
H: ORF3a protein
I: ORF3a protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,5439
ポリマ－132,5439
非ポリマー00
水48627
1
A: TNF receptor-associated factor 3
B: TNF receptor-associated factor 3
C: TNF receptor-associated factor 3
G: ORF3a protein
H: ORF3a protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5295
ポリマ－66,5295
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8690 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area27950 Å2
手法PISA
2
D: TNF receptor-associated factor 3
E: TNF receptor-associated factor 3
F: TNF receptor-associated factor 3
I: ORF3a protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0144
ポリマ－66,0144
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area27770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.350, 83.750, 83.800
Angle α, β, γ (deg.)60.030, 79.260, 83.800
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
TNF receptor-associated factor 3 / CD40 receptor-associated factor 1 / CRAF1 / CD40-binding protein / CD40BP / LMP1-associated protein ...CD40 receptor-associated factor 1 / CRAF1 / CD40-binding protein / CD40BP / LMP1-associated protein 1 / LAP1 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRAF3


分子量: 21833.135 Da / 分子数: 6 / 断片: TRAF domain (UNP residues 377-568) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF3, CAP-1, CRAF1, TRAFAMN / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q13114
#2: タンパク質・ペプチド ORF3a protein / ORF3a / Accessory protein 3a / Protein 3a / Protein U274 / Protein X1


分子量: 514.572 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 36-40 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 13% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.25 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.77 Å / Num. obs: 64645 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 55.89 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 11.11
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique obs: 4608 / CC1/2: 0.505 / Rpim(I) all: 0.928 / Rrim(I) all: 2.329 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4GHU

4ghu


解像度: 2.5→41.77 Å / SU ML: 0.432 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 30.4071
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 3087 4.78 %
Rwork0.1969 61540 -
obs0.1991 64627 97.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9201 0 0 27 9228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00819405
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.924912678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05231380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791611
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.95781260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.540.44761630.40342668X-RAY DIFFRACTION93.19
2.54-2.580.51261470.37842735X-RAY DIFFRACTION96.94
2.58-2.620.36121540.35242772X-RAY DIFFRACTION97.37
2.62-2.670.41571580.33512747X-RAY DIFFRACTION96.45
2.67-2.720.35091620.30582733X-RAY DIFFRACTION97.28
2.72-2.780.30891200.26912825X-RAY DIFFRACTION97.42
2.78-2.840.28741200.23852816X-RAY DIFFRACTION97.74
2.84-2.90.31541290.24372825X-RAY DIFFRACTION97.62
2.9-2.980.33461320.26842763X-RAY DIFFRACTION97.57
2.98-3.060.37791580.26622763X-RAY DIFFRACTION98.09
3.06-3.150.30671440.26572841X-RAY DIFFRACTION98.42
3.15-3.250.30621570.23242786X-RAY DIFFRACTION98.4
3.25-3.360.22321300.20742835X-RAY DIFFRACTION98.11
3.37-3.50.27191350.19952807X-RAY DIFFRACTION98.43
3.5-3.660.26621510.20212810X-RAY DIFFRACTION98.7
3.66-3.850.21851450.18572805X-RAY DIFFRACTION98.7
3.85-4.090.20141170.17132851X-RAY DIFFRACTION98.8
4.09-4.410.2021580.15212854X-RAY DIFFRACTION98.95
4.41-4.850.18411150.14192813X-RAY DIFFRACTION98.55
4.85-5.550.16641110.13782893X-RAY DIFFRACTION98.75
5.55-6.990.1821170.18832829X-RAY DIFFRACTION99.06
6.99-41.770.1831640.15762769X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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