+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t5f | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | De novo design of high-affinity protein binders to bioactive helical peptides | |||||||||
要素 | Parathyroid hormoneパラトルモン | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / Alpha-helical peptides / protein design (タンパク質設計) / diffusion (拡散) / deep learning | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type 1 parathyroid hormone receptor binding / parathyroid hormone receptor binding / negative regulation of bone mineralization involved in bone maturation / positive regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / response to parathyroid hormone / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / magnesium ion homeostasis / positive regulation of signal transduction ...type 1 parathyroid hormone receptor binding / parathyroid hormone receptor binding / negative regulation of bone mineralization involved in bone maturation / positive regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / response to parathyroid hormone / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / magnesium ion homeostasis / positive regulation of signal transduction / macromolecule biosynthetic process / response to fibroblast growth factor / phosphate ion homeostasis / cAMP metabolic process / response to vitamin D / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / Rho protein signal transduction / : / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of bone mineralization / response to cadmium ion / homeostasis of number of cells within a tissue / bone resorption / skeletal system development / positive regulation of glucose import / response to lead ion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / intracellular calcium ion homeostasis / cell-cell signaling / G alpha (s) signalling events / 遺伝子発現の調節 / response to ethanol / transcription by RNA polymerase II / receptor ligand activity / response to xenobiotic stimulus / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Torres, S.V. / Leung, P.J.Y. / Bera, A.K. / Baker, D. / Kang, A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: De novo design of high-affinity binders of bioactive helical peptides. 著者: Vazquez Torres, S. / Leung, P.J.Y. / Venkatesh, P. / Lutz, I.D. / Hink, F. / Huynh, H.H. / Becker, J. / Yeh, A.H. / Juergens, D. / Bennett, N.R. / Hoofnagle, A.N. / Huang, E. / MacCoss, M.J. ...著者: Vazquez Torres, S. / Leung, P.J.Y. / Venkatesh, P. / Lutz, I.D. / Hink, F. / Huynh, H.H. / Becker, J. / Yeh, A.H. / Juergens, D. / Bennett, N.R. / Hoofnagle, A.N. / Huang, E. / MacCoss, M.J. / Exposit, M. / Lee, G.R. / Bera, A.K. / Kang, A. / De La Cruz, J. / Levine, P.M. / Li, X. / Lamb, M. / Gerben, S.R. / Murray, A. / Heine, P. / Korkmaz, E.N. / Nivala, J. / Stewart, L. / Watson, J.L. / Rogers, J.M. / Baker, D. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t5f.cif.gz | 65.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8t5f.ent.gz | 41.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8t5f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/8t5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/8t5f | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8gjgC 8gjiC 8t5eC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4125.778 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01270 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH 4.5, and 1.26 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→40.84 Å / Num. obs: 11302 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 46.28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 15.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 738 / CC1/2: 0.545 / % possible all: 94.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→40.84 Å / SU ML: 0.2581 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 30.6883 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→40.84 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.9886687926 Å / Origin y: 56.4334783352 Å / Origin z: 4.06471552646 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |