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- PDB-8t56: Structure of mechanically activated ion channel OSCA1.2 in peptidiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t56
タイトルStructure of mechanically activated ion channel OSCA1.2 in peptidiscs
要素
  • Calcium permeable stress-gated cation channel 1
  • NSPr peptide
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mechanically activated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / monoatomic cation transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / PALMITIC ACID / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Calcium permeable stress-gated cation channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Burendei, B. / Jojoa-Cruz, S. / Lee, W.H. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL143297 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structure of mechanically activated ion channel OSCA2.3 reveals mobile elements in the transmembrane domain.
著者: Sebastian Jojoa-Cruz / Batuujin Burendei / Wen-Hsin Lee / Andrew B Ward /
要旨: Members of the OSCA/TMEM63 family are mechanically activated ion channels and structures of some OSCA members have revealed the architecture of these channels and structural features that are ...Members of the OSCA/TMEM63 family are mechanically activated ion channels and structures of some OSCA members have revealed the architecture of these channels and structural features that are potentially involved in mechanosensation. However, these structures are all in a similar state and information about the motion of different elements of the structure is limited, preventing a deeper understanding of how these channels work. Here, we used cryoelectron microscopy to determine high-resolution structures of Arabidopsis thaliana OSCA1.2 and OSCA2.3 in peptidiscs. The structure of OSCA1.2 matches previous structures of the same protein in different environments. Yet, in OSCA2.3, the TM6a-TM7 linker adopts a different conformation that constricts the pore on its cytoplasmic side. Furthermore, coevolutionary sequence analysis uncovered a conserved interaction between the TM6a-TM7 linker and the beam-like domain (BLD). Our results reveal conformational heterogeneity and differences in conserved interactions between the TMD and BLD among members of the OSCA family.
履歴
登録2023年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium permeable stress-gated cation channel 1
B: Calcium permeable stress-gated cation channel 1
C: NSPr peptide
D: NSPr peptide
E: NSPr peptide
F: NSPr peptide
G: NSPr peptide
H: NSPr peptide
I: NSPr peptide
J: NSPr peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,40146
ポリマ－213,92010
非ポリマー11,48136
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質 Calcium permeable stress-gated cation channel 1 / AtCSC1


分子量: 89031.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The last 10 residues (GTGTLEVLFQ) are leftover of a linker and protease site.
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CSC1, At4g22120, F1N20.220 / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5XEZ5
#2: タンパク質・ペプチド
NSPr peptide


分子量: 4482.132 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by Peptidisc Biotech / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 36分子

#3: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#4: 化合物...
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 化合物 ChemComp-LBN / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate


分子量: 760.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1OSCA1.2 in peptidiscCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2OSCA1.2COMPLEX#11RECOMBINANT
3peptidisc peptideCOMPLEX#21SYNTHETIC
分子量値: 0.176 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)3702
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F / プラスミド: pcDNA3.1
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
32 mMdithiothreitol1
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1805
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 36

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2Leginon画像取得
4Gctf1.06CTF補正For CryoSPARC
7Coot0.9モデルフィッティング
9cryoSPARC2初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13Coot0.9モデル精密化
14PHENIX1.18.2-3874モデル精密化
15Rosetta3.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1046049
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52250 / 詳細: SIDESPLITTER was used for reconstruction step / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6MGV

6mgv


Accession code: 6MGV / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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