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- EMDB-41044: Structure of mechanically activated ion channel OSCA2.3 in peptidiscs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41044
タイトルStructure of mechanically activated ion channel OSCA2.3 in peptidiscs
マップデータOSCA2.3 in peptidisc postprocessed with LocalDeblur
試料
  • 複合体: OSCA2.3 in peptidisc
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein HYP1
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: PALMITIC ACID
キーワードmechanically activated ion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能
CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
CSC1-like protein HYP1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jojoa-Cruz S / Burendei B / Lee WH / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL143297 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structure of mechanically activated ion channel OSCA2.3 reveals mobile elements in the transmembrane domain.
著者: Sebastian Jojoa-Cruz / Batuujin Burendei / Wen-Hsin Lee / Andrew B Ward /
要旨: Members of the OSCA/TMEM63 family are mechanically activated ion channels and structures of some OSCA members have revealed the architecture of these channels and structural features that are ...Members of the OSCA/TMEM63 family are mechanically activated ion channels and structures of some OSCA members have revealed the architecture of these channels and structural features that are potentially involved in mechanosensation. However, these structures are all in a similar state and information about the motion of different elements of the structure is limited, preventing a deeper understanding of how these channels work. Here, we used cryoelectron microscopy to determine high-resolution structures of Arabidopsis thaliana OSCA1.2 and OSCA2.3 in peptidiscs. The structure of OSCA1.2 matches previous structures of the same protein in different environments. Yet, in OSCA2.3, the TM6a-TM7 linker adopts a different conformation that constricts the pore on its cytoplasmic side. Furthermore, coevolutionary sequence analysis uncovered a conserved interaction between the TM6a-TM7 linker and the beam-like domain (BLD). Our results reveal conformational heterogeneity and differences in conserved interactions between the TMD and BLD among members of the OSCA family.
履歴
登録2023年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41044.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈OSCA2.3 in peptidisc postprocessed with LocalDeblur
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 206. Å		1.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 206. Å		1.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 206. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0184
最小 - 最大-0.0033752986 - 0.16212064
平均 (標準偏差)0.00004148409 (±0.0038050876)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 206.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: OSCA2.3 in peptidisc postprocessed with DeepEMhancer "highRes" model

ファイルemd_41044_additional_1.map
注釈OSCA2.3 in peptidisc postprocessed with DeepEMhancer "highRes" model
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: OSCA2.3 in peptidisc half map 1

ファイルemd_41044_half_map_1.map
注釈OSCA2.3 in peptidisc half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: OSCA2.3 in peptidisc half map 2

ファイルemd_41044_half_map_2.map
注釈OSCA2.3 in peptidisc half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OSCA2.3 in peptidisc

全体名称: OSCA2.3 in peptidisc
要素
  • 複合体: OSCA2.3 in peptidisc
    • タンパク質・ペプチド: CSC1-like protein HYP1
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: PALMITIC ACID

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超分子 #1: OSCA2.3 in peptidisc

超分子名称: OSCA2.3 in peptidisc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 159 KDa

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分子 #1: CSC1-like protein HYP1

分子名称: CSC1-like protein HYP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The last 10 residues (GTGTLEVLFQ) are leftover of a linker and protease site.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 80.848078 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLLSALLTSV GINLGLCFLF FTLYSILRKQ PSNVTVYGPR LVKKDGKSQQ SNEFNLERLL PTAGWVKRAL EPTNDEILSN LGLDALVFI RVFVFSIRVF SFASVVGIFI LLPVNYMGTE FEEFFDLPKK SMDNFSISNV NDGSNKLWIH FCAIYIFTAV V CSLLYYEH ...文字列:
MLLSALLTSV GINLGLCFLF FTLYSILRKQ PSNVTVYGPR LVKKDGKSQQ SNEFNLERLL PTAGWVKRAL EPTNDEILSN LGLDALVFI RVFVFSIRVF SFASVVGIFI LLPVNYMGTE FEEFFDLPKK SMDNFSISNV NDGSNKLWIH FCAIYIFTAV V CSLLYYEH KYILTKRIAH LYSSKPQPQE FTVLVSGVPL VSGNSISETV ENFFREYHSS SYLSHIVVHR TDKLKVLMND AE KLYKKLT RVKSGSISRQ KSRWGGFLGM FGNNVDVVDH YQKKLDKLED DMRLKQSLLA GEEVPAAFVS FRTRHGAAIA TNI QQGIDP TQWLTEAAPE PEDVHWPFFT ASFVRRWISN VVVLVAFVAL LILYIVPVVL VQGLANLHQL ETWFPFLKGI LNMK IVSQV ITGYLPSLIF QLFLLIVPPI MLLLSSMQGF ISHSQIEKSA CIKLLIFTVW NSFFANVLSG SALYRVNVFL EPKTI PRVL AAAVPAQASF FVSYVVTSGW TGLSSEILRL VPLLWSFITK LFGKEDDKEF EVPSTPFCQE IPRILFFGLL GITYFF LSP LILPFLLVYY CLGYIIYRNQ LLNVYAAKYE TGGKFWPIVH SYTIFSLVLM HIIAVGLFGL KELPVASSLT IPLPVLT VL FSIYCQRRFL PNFKSYPTQC LVNKDKADER EQNMSEFYSE LVVAYRDPAL SASQDSRDIS PGTGTLEVLF Q

UniProtKB: CSC1-like protein HYP1

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分子 #2: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #3: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris
150.0 mMsodium chlorideNaCl
2.0 mMdithiothreitol
グリッド材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5323 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2683410
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 180640
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6mgv


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: SwissModel / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8t57:
Structure of mechanically activated ion channel OSCA2.3 in peptidiscs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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