PDB-8t2d: Ubiquitin variant i53:Mutant T12Y.T14E.L67R with 53BP1 Tudor domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t2d

タイトル

Ubiquitin variant i53:Mutant T12Y.T14E.L67R with 53BP1 Tudor domain

要素

Tumor protein p53 binding protein 1
Ubiquitin variant i53

キーワード

PROTEIN BINDING / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear body / DNA damage response / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.751 Å

データ登録者

Partridge, J.R. / Holden, J.K. / Wibowo, A.S. / Mulichak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Functional screening in human HSPCs identifies optimized protein-based enhancers of Homology Directed Repair.
著者: Perez-Bermejo, J.A. / Efagene, O. / Matern, W.M. / Holden, J.K. / Kabir, S. / Chew, G.M. / Andreoletti, G. / Catton, E. / Ennis, C.L. / Garcia, A. / Gerstenberg, T.L. / Hill, K.A. / Jain, A. ...

履歴

登録	2023年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t2d.cif.gz	117.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t2d.ent.gz	69.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/8t2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/8t2d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8svgC 8svhC 8sviC 8svjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (4)

登録構造単位

B: Ubiquitin variant i53

A: Tumor protein p53 binding protein 1

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.511, 46.855, 91.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin variant i53 分子量: 8794.099 Da / 分子数: 1 / 変異: T12Y, T14E, L67R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39
#2: タンパク質	Tumor protein p53 binding protein 1 分子量: 13916.683 Da / 分子数: 1 / Fragment: Tudor Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53BP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6NNK5
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.15 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M Trimethylamine N-oxide dehydrate, 13% w/v PEG MME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97939 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.751→29.85 Å / Num. obs: 17557 / % possible obs: 98.89 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 33.26 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06022 / R_pim(I) all: 0.02474 / R_rim(I) all: 0.0653 / Net I/σ(I): 12.41
反射シェル	解像度: 1.751→1.813 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique obs: 1636 / CC_1/2: 0.386 / R_pim(I) all: 0.9374 / % possible all: 94.24

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
Coot		モデル構築
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.751→29.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 10.124 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2725	843	4.818 %
R_work	0.2224	16654	-
all	0.225	-	-
obs	-	17497	98.915 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.643 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.232 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.488 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.255 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.751→29.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1535	0	0	38	1573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	1.649	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.452	1.578	3513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.225	5	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.676	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.266	10	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.709	10	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	351
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	905
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.93	3.066	757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.929	3.06	756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.25	5.476	941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.256	5.48	942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.836	3.585	804
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.837	3.584	804
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.024	6.368	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.021	6.371	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.841	33.92	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.844	33.94	1692

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.751-1.796	0.407	55	0.365	1169	0.366	1307	0.881	0.889	93.6496	0.368
1.796-1.845	0.327	50	0.34	1131	0.339	1217	0.881	0.904	97.0419	0.344
1.845-1.898	0.372	56	0.317	1140	0.32	1211	0.896	0.915	98.7614	0.317
1.898-1.956	0.391	59	0.335	1104	0.338	1185	0.864	0.907	98.1435	0.331
1.956-2.02	0.254	53	0.287	1079	0.285	1134	0.954	0.938	99.8236	0.273
2.02-2.091	0.331	62	0.27	1052	0.274	1121	0.91	0.948	99.3756	0.256
2.091-2.169	0.258	40	0.229	1026	0.23	1067	0.961	0.966	99.9063	0.205
2.169-2.257	0.282	53	0.246	974	0.248	1032	0.951	0.959	99.5155	0.226
2.257-2.357	0.281	58	0.221	955	0.224	1016	0.95	0.971	99.7047	0.2
2.357-2.471	0.277	51	0.213	894	0.217	948	0.956	0.974	99.6835	0.192
2.471-2.604	0.226	42	0.211	861	0.212	907	0.972	0.97	99.559	0.191
2.604-2.761	0.265	31	0.21	833	0.212	864	0.946	0.972	100	0.189
2.761-2.95	0.313	40	0.215	770	0.219	810	0.947	0.969	100	0.198
2.95-3.183	0.268	45	0.218	717	0.221	762	0.955	0.97	100	0.204
3.183-3.483	0.27	33	0.228	677	0.23	712	0.965	0.968	99.7191	0.217
3.483-3.888	0.297	39	0.213	616	0.218	655	0.949	0.97	100	0.205
3.888-4.476	0.207	28	0.179	546	0.181	574	0.971	0.979	100	0.183
4.476-5.452	0.381	20	0.183	479	0.189	500	0.929	0.98	99.8	0.193
5.452-7.585	0.187	15	0.229	388	0.227	406	0.975	0.969	99.2611	0.227
7.585-29.85	0.192	13	0.217	242	0.216	255	0.958	0.968	100	0.244

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1898	0.0563	-0.6329	4.5365	-1.0276	2.3078	-0.0322	-0.0434	0.0479	-0.639	0.1954	0.0193	0.3245	0.0868	-0.1631	0.268	-0.0596	-0.0314	0.029	-0.0078	0.0201	-10.3117	-3.7673	-5.4841
2	0.5494	0.0417	0.393	1.4887	-0.2472	0.7662	-0.0258	0.0581	0.109	-0.1971	-0.0655	-0.1567	0.0432	-0.0138	0.0913	0.1762	0.0112	0.0359	0.0271	0.0283	0.0592	-11.527	16.0583	-15.4487

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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