PDB-8t26: Crystal Structure of Porphyromonas gingivalis Sialidase (PG_0352)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t26

タイトル

Crystal Structure of Porphyromonas gingivalis Sialidase (PG_0352) D219A mutant bound to 3'-Sialyllactose (only Neu5Ac visible)

要素

Sialidase, putative

キーワード

HYDROLASE / sialidase / neuraminidase / carbohydrate binding / virulence factor

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Clark, N.D. / Malkowski, M.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Functional and structural analyses reveal that a dual domain sialidase protects bacteria from complement killing through desialylation of complement factors.
著者: Clark, N.D. / Pham, C. / Kurniyati, K. / Sze, C.W. / Coleman, L. / Fu, Q. / Zhang, S. / Malkowski, M.G. / Li, C.

履歴

登録	2023年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t26.cif.gz	283.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t26.ent.gz	186.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8t26_validation.pdf.gz	847.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t26_full_validation.pdf.gz	849 KB	表示
XML形式データ	8t26_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	8t26_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/8t26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/8t26	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8febSC 8t1yC 8t1zC 8t24C 8t27C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sialidase, putative

ヘテロ分子

57.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.484, 56.829, 80.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.300, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Sialidase, putative 分子量: 56494.340 Da / 分子数: 1 / 変異: D219A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: PG_0352 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q7MX62

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 糖

ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 糖

ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 492分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0333 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→46.08 Å / Num. obs: 103256 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.6 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1183 / R_pim(I) all: 0.06275 / R_rim(I) all: 0.1345 / Net I/σ(I): 8.66
反射シェル	解像度: 1.421→1.472 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.9658 / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 10239 / CC_1/2: 0.648 / CC star: 0.887 / R_pim(I) all: 0.5106 / R_rim(I) all: 1.096 / % possible all: 98.65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
xia2		データスケーリング
DIALS		データ削減
xia2		データ削減
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8FEB

8feb

解像度: 1.42→46.08 Å / SU ML: 0.1779 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.6779
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1876	5321	5.16 %
R_work	0.1628	97760	-
obs	0.1641	103081	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→46.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3892	0	60	489	4441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4465
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1079	6100
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1085	640
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0118	831
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.0704	684

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.44	0.3389	155	0.313	3172	X-RAY DIFFRACTION	97.51
1.44-1.45	0.3279	177	0.2937	3233	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.45-1.47	0.3054	185	0.2718	3198	X-RAY DIFFRACTION	99.24
1.47-1.49	0.2582	170	0.2556	3255	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.49-1.51	0.2999	172	0.2497	3227	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.51-1.53	0.244	198	0.2287	3244	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.53-1.55	0.2694	168	0.2145	3212	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.55-1.58	0.2003	173	0.2044	3304	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.58-1.6	0.2123	177	0.1948	3196	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.6-1.63	0.2148	179	0.1919	3247	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.63-1.65	0.2216	197	0.1875	3241	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.65-1.68	0.2256	176	0.1859	3243	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.68-1.72	0.2123	171	0.1874	3294	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.72-1.75	0.2252	176	0.1791	3214	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.75-1.79	0.237	192	0.18	3278	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.79-1.83	0.2213	178	0.1747	3247	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.83-1.88	0.2125	154	0.1598	3277	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.88-1.93	0.1789	186	0.1481	3242	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.93-1.99	0.1752	169	0.1492	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.05	0.1603	162	0.1506	3303	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.05-2.12	0.196	180	0.1507	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.21	0.1693	173	0.1487	3248	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.21-2.31	0.1583	181	0.1422	3270	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.31-2.43	0.1935	180	0.148	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.58	0.1474	180	0.1472	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.78	0.1743	178	0.1554	3269	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.78-3.06	0.1872	168	0.1576	3280	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.06-3.5	0.1758	190	0.1496	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-4.41	0.149	188	0.1355	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
4.41-46.08	0.1727	188	0.1566	3377	X-RAY DIFFRACTION	99.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.94272182712	0.443303009852	0.656737146594	0.574799161629	0.217923861418	0.525971579182	-0.183464025374	0.236841643627	0.200193522432	-0.11662210997	0.0646722393925	0.126836051708	-0.123312794233	-0.0557412885822	0.121440682237	0.251019237022	0.0324506549962	-0.0273300304376	0.273240430357	0.0123159972201	0.271145628809	-4.56387339841	7.7970931522	14.0758838608
2	4.01000912779	-1.15480860695	1.12888758797	1.90671237601	-0.602600023881	1.0889364932	-0.0481100267746	-0.0907638522541	0.249378063009	0.108257184293	0.0255333410838	-0.054072403976	-0.0680443126876	-0.10013923957	0.0210370731327	0.132635226516	0.0323162995845	0.0093599848374	0.136191238979	0.00761376797027	0.160091214585	-0.685801645865	16.8425614167	17.9025916621
3	3.48282316675	-0.867314515946	0.425040766634	0.489188148785	-0.331699005711	0.65263936589	0.0261040585457	-0.168009736664	-0.0990008668112	0.00379975400059	0.0719025004231	0.140267455481	-0.0578305883817	-0.163555469234	-0.105016450449	0.136190728311	0.0078415104094	0.00519299635455	0.0914637681785	0.01674422217	0.165324363231	0.546393729724	9.25806054959	19.6653155817
4	0.566825576336	-0.132137051055	-0.0181795727369	0.744742803459	0.0221899938148	0.806005656259	0.0125538847353	0.00581745850644	0.00929185183715	-0.0278283939844	0.0134841745727	-0.0632056484719	-0.00377471571046	0.0528277746642	-0.0256501116101	0.104344593126	-0.00443194239364	0.00776070773619	0.119099263863	-0.00228352391808	0.116233438804	32.6968417787	-6.43327964955	13.5743206439
5	3.44065764728	0.319512352541	0.0915733820061	1.23719128854	-0.0580759510774	1.20170707069	0.00654581589769	-0.102101237976	-0.198513090272	0.0742764195249	0.00227088847751	0.0334972203769	0.143614166633	0.00763728158328	-0.0119248157007	0.131091014327	0.00416883289453	-0.000364691663084	0.0805408323728	0.00607110172717	0.104391431205	27.5294331459	-19.2529770427	26.1959423962
6	1.1961739303	-0.334468531657	0.108269597206	1.91774183119	-0.816548853299	2.94641722691	0.0110294707052	-0.0857458233021	-0.0233568775281	0.190330575487	0.0203417859117	0.0877432515628	0.0055684775654	-0.0475035265239	-0.0285582732971	0.0885544484417	0.00184860247207	0.0230267769653	0.104804296029	-0.0036234783649	0.0942416659922	16.8656776804	-4.94493929315	30.2465434622

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 20 through 48 )	20 - 48	1 - 29
2	2	chain 'A' and (resid 49 through 151 )	49 - 151	30 - 132
3	3	chain 'A' and (resid 152 through 189 )	152 - 189	133 - 170
4	4	chain 'A' and (resid 190 through 363 )	190 - 363	171 - 344
5	5	chain 'A' and (resid 364 through 436 )	364 - 436	345 - 417
6	6	chain 'A' and (resid 437 through 523 )	437 - 523	418 - 504

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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