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- PDB-8t27: Crystal Structure of Porphyromonas gingivalis Sialidase (PG_0352)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t27
タイトルCrystal Structure of Porphyromonas gingivalis Sialidase (PG_0352) D219A mutant bound to 6'-Sialyllactose (only Neu5Ac visible)
要素Sialidase, putative
キーワードHYDROLASE / sialidase / neuraminidase / carbohydrate binding / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / exo-alpha-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Clark, N.D. / Malkowski, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)5R01DE023080-10 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Functional and structural analyses reveal that a dual domain sialidase protects bacteria from complement killing through desialylation of complement factors.
著者: Clark, N.D. / Pham, C. / Kurniyati, K. / Sze, C.W. / Coleman, L. / Fu, Q. / Zhang, S. / Malkowski, M.G. / Li, C.
履歴
登録2023年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,91910
ポリマ－56,4941
非ポリマー1,4249
水8,431468
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.717, 56.791, 80.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sialidase, putative


分子量: 56494.340 Da / 分子数: 1 / 変異: D219A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: PG_0352 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q7MX62

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 473分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0333 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→41.67 Å / Num. obs: 103559 / % possible obs: 97.56 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 16.26 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07685 / Rpim(I) all: 0.05282 / Rrim(I) all: 0.09363 / Net I/σ(I): 11.96
反射 シェル解像度: 1.41→1.461 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.9888 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 10087 / CC1/2: 0.372 / CC star: 0.737 / Rpim(I) all: 0.6683 / Rrim(I) all: 1.198 / % possible all: 95.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.8.7モデル構築
PHASER2.8.2位相決定
xia23.8.6データスケーリング
DIALS3.8データ削減
xia23.8.6データ削減
JBluIce-EPICSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8FEB

8feb


解像度: 1.41→41.67 Å / SU ML: 0.1587 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4804
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1801 5276 5.1 %
Rwork0.1561 98201 -
obs0.1574 103477 97.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→41.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 95 468 4445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01474423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46326032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1284647
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0139808
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8057664
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.41-1.430.27781760.33158X-RAY DIFFRACTION94.21
1.43-1.440.2891710.27743186X-RAY DIFFRACTION95.89
1.44-1.460.27831820.2613189X-RAY DIFFRACTION95.6
1.46-1.480.28571710.24743208X-RAY DIFFRACTION96.16
1.48-1.50.25731690.2353219X-RAY DIFFRACTION95.6
1.5-1.520.2541540.22413186X-RAY DIFFRACTION96.34
1.52-1.540.23311650.20723267X-RAY DIFFRACTION96.16
1.54-1.560.23561530.20173225X-RAY DIFFRACTION96.93
1.56-1.590.21171620.19613254X-RAY DIFFRACTION96.63
1.59-1.620.21811670.19133215X-RAY DIFFRACTION96.71
1.62-1.640.22561900.18513207X-RAY DIFFRACTION96.73
1.64-1.670.20831600.18273292X-RAY DIFFRACTION97.16
1.67-1.70.22511750.18243214X-RAY DIFFRACTION97.3
1.7-1.740.20221670.18893289X-RAY DIFFRACTION97.77
1.74-1.780.20091940.17863265X-RAY DIFFRACTION97.52
1.78-1.820.19451790.16473264X-RAY DIFFRACTION97.81
1.82-1.860.18761520.15743292X-RAY DIFFRACTION97.92
1.86-1.910.14991690.14563284X-RAY DIFFRACTION97.79
1.91-1.970.17582000.14143248X-RAY DIFFRACTION98.15
1.97-2.030.16031590.14353319X-RAY DIFFRACTION97.94
2.03-2.110.17561850.14683245X-RAY DIFFRACTION97.64
2.11-2.190.17611740.14673321X-RAY DIFFRACTION98.42
2.19-2.290.18321800.14093304X-RAY DIFFRACTION98.56
2.29-2.410.16581990.14253281X-RAY DIFFRACTION98.84
2.41-2.560.16551780.14533350X-RAY DIFFRACTION99.16
2.56-2.760.18561840.15263328X-RAY DIFFRACTION99.29
2.76-3.040.1891670.14973365X-RAY DIFFRACTION99.46
3.04-3.480.1651850.14463397X-RAY DIFFRACTION99.69
3.48-4.380.14871890.12673391X-RAY DIFFRACTION99.86
4.38-41.670.15582200.1463438X-RAY DIFFRACTION99.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.736317742130.5921688981630.4375362625291.349174622030.3149078130230.944243369949-0.1381503079320.269991471880.101000851928-0.1886209085130.05114624920590.166475758901-0.0558694553817-0.1124793981190.08747226302820.2071949848910.0336774043067-0.0323584877410.239882424380.01166951888090.240658003829-3.979568605057.8636500611814.6086308905
23.81735505327-1.153344470181.07803480241.77286526219-0.6993099021771.29363868046-0.00546101414329-0.02312073704470.2644369913630.0752090008498-0.00966727910717-0.0702904430596-0.0998036539237-0.08842581694250.02166501150110.1277353718570.02684178126670.001698678352610.1277432365650.01097346360160.172507370643-0.16039195320416.723905824918.2553351151
33.09606643855-0.823894357050.3893021592340.485716706002-0.2647647889920.5791443853530.0458745002758-0.142757318308-0.059811337815-0.01712313608490.0534880077630.138457774139-0.0215780975615-0.12056852106-0.1077147936380.142540242148-0.000391232318161-0.007117889266080.1121966613390.02065062828350.1890072140130.9245720626439.1253779136819.5295773759
41.114774657940.2444866709750.4038991571641.199356155620.5062426560142.501886850430.00108645893237-0.01457691330450.073315834036-0.06480671013870.0295829440269-0.0275274577917-0.086140180792-0.0104497726283-0.02919880427170.1085345400340.002015718912380.005577749462180.1086644028750.008456578216060.13098921824827.26718780652.4726579107312.0664941864
50.6932875845780.03039531786440.07010585731880.9100364050110.411536019341.088060721630.0148933019670.00415971499559-0.0209943315685-0.0252615347532-0.00153451261651-0.07078620905090.04584420767370.0801223088857-0.01907003005920.1002805304980.0103231913682-0.003566469440930.118658521722-0.0008697600644430.12370006420736.6120216422-12.600647425314.5847108578
62.639686673650.0937046992649-0.1333272590071.03794838071-0.0785302525040.998259010293-0.0316382674108-0.0684600587766-0.1796232134290.07008582200490.02394741830090.03077274367170.1205269029650.01039980213110.0001167385928410.1471773215330.00362378327115-0.008091776620620.1051665796130.005287348276020.12827845936827.4953964462-19.351626593626.1989873506
70.766297676852-0.301801537563-0.1194422175021.95825971735-0.760225538331.82094354230.00785134612402-0.0773084356703-0.01399210876440.1975960683590.0293155833490.0975853710812-0.0209590843653-0.0308899955212-0.03501282918010.1012024998610.002619946833480.01164190624810.129330337471-0.002521441576540.1108661662717.0869060126-4.7404967453430.3979287097
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 20 through 48 )20 - 481 - 29
22chain 'A' and (resid 49 through 151 )49 - 15130 - 132
33chain 'A' and (resid 152 through 189 )152 - 189133 - 170
44chain 'A' and (resid 190 through 257 )190 - 257171 - 238
55chain 'A' and (resid 258 through 363 )258 - 363239 - 344
66chain 'A' and (resid 364 through 436 )364 - 436345 - 417
77chain 'A' and (resid 437 through 523 )437 - 523418 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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