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- PDB-8feb: Crystal Structure of Porphyromonas gingivalis Sialidase (PG_0352) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8feb
タイトルCrystal Structure of Porphyromonas gingivalis Sialidase (PG_0352)
要素Sialidaseノイラミニダーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / sialidase (ノイラミニダーゼ) / neuraminidase (ノイラミニダーゼ) / carbohydrate binding (炭水化物) / virulence factor (病原性因子)
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / ノイラミニダーゼ / intracellular membrane-bounded organelle / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Sialidase family / ノイラミニダーゼ / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Clark, N.D. / Malkowski, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)5R01DE023080-10 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Functional and structural analyses reveal that a dual domain sialidase protects bacteria from complement killing through desialylation of complement factors.
著者: Clark, N.D. / Pham, C. / Kurniyati, K. / Sze, C.W. / Coleman, L. / Fu, Q. / Zhang, S. / Malkowski, M.G. / Li, C.
履歴
登録2022年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1785
ポリマ－56,5381
非ポリマー6404
水8,215456
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.629, 56.818, 79.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sialidase / ノイラミニダーゼ


分子量: 56538.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
遺伝子: PG_0352 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q7MX62

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非ポリマー , 5種, 460分子

#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 M Ammonium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→46.23 Å / Num. obs: 47211 / % possible obs: 98.42 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.87 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08266 / Rpim(I) all: 0.04909 / Rrim(I) all: 0.09651 / Net I/σ(I): 10.67
反射 シェル解像度: 1.84→1.906 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3557 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / Num. unique obs: 4717 / CC1/2: 0.89 / CC star: 0.97 / Rpim(I) all: 0.2124 / Rrim(I) all: 0.4157 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2XIA2 3.8.0-g3d570883-tags-v3.8.0-0データ削減
DIALSDIALS 3.8.0-gdc8ae182e-releaseデータ削減
PHENIX1.2.0.1-4487位相決定
Coot0.9.8.5モデル構築
PHENIX1.2.0.1-4487精密化
Aimless0.7.9データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→46.23 Å / SU ML: 0.1719 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.0793
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1888 4555 5.08 %
Rwork0.1557 85193 -
obs0.1574 47199 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→46.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3858 0 43 456 4357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00754222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9255754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0634607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3003627
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.860.26931800.23332649X-RAY DIFFRACTION88.63
1.86-1.880.23051330.21562763X-RAY DIFFRACTION93.84
1.88-1.90.23151460.20342855X-RAY DIFFRACTION94.64
1.9-1.930.21751290.19252823X-RAY DIFFRACTION95.32
1.93-1.950.23031540.19442859X-RAY DIFFRACTION95.44
1.95-1.980.20921630.18552794X-RAY DIFFRACTION95.76
1.98-2.010.22611440.1912823X-RAY DIFFRACTION95.22
2.01-2.040.27451660.17992866X-RAY DIFFRACTION95.53
2.04-2.070.20361430.17342826X-RAY DIFFRACTION95.81
2.07-2.10.21991350.16782855X-RAY DIFFRACTION94.35
2.1-2.140.23711440.17192814X-RAY DIFFRACTION95.24
2.14-2.180.19961430.16732810X-RAY DIFFRACTION93.98
2.18-2.220.20791360.15762793X-RAY DIFFRACTION92.9
2.22-2.270.21211320.15652675X-RAY DIFFRACTION89.39
2.27-2.320.19751490.15572775X-RAY DIFFRACTION95.37
2.32-2.370.18341740.15532879X-RAY DIFFRACTION96.55
2.37-2.430.19851490.15732894X-RAY DIFFRACTION97.81
2.43-2.490.20761440.15822873X-RAY DIFFRACTION96.7
2.49-2.570.22241520.16462918X-RAY DIFFRACTION96.94
2.57-2.650.23311730.16062885X-RAY DIFFRACTION97.2
2.65-2.750.19641370.16152837X-RAY DIFFRACTION96.46
2.75-2.860.16271620.15272868X-RAY DIFFRACTION95.92
2.86-2.980.18861730.15292843X-RAY DIFFRACTION96.48
2.99-3.140.17521440.15142850X-RAY DIFFRACTION95.93
3.14-3.340.181460.14932804X-RAY DIFFRACTION93.3
3.34-3.60.16251600.13352897X-RAY DIFFRACTION98.61
3.6-3.960.1461640.12482954X-RAY DIFFRACTION99.05
3.96-4.530.14441800.11542869X-RAY DIFFRACTION98.74
4.53-5.710.13461520.12812974X-RAY DIFFRACTION98.49
5.71-46.230.20921480.17452868X-RAY DIFFRACTION96.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.85030888102-0.7630881931930.2632023536791.29116121293-0.473236976920.7642416982280.0189730478731-0.03071300623690.1362427442970.03164721686860.04212723514650.132468542283-0.0751919033319-0.186096672915-0.03594743997920.1387394098270.03353710020870.01157085607760.126612833790.01532121977060.127870419732-0.92765016411914.518508367917.8671657186
20.808932018421-0.119415601656-0.2069146757710.771005807389-0.07081721912490.8459745014590.0023876681367-0.0543180639377-0.0283803821460.04856598901520.0120687576698-0.01439226330030.04084644606950.0286958192874-0.01272115762610.0812226122315-0.00414850653558-0.01086196732220.0714632904113-0.003638747301480.045302117729327.7042086721-8.6948402798420.745420537
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 23 through 189 )23 - 1891 - 167
22chain 'A' and (resid 190 through 523 )190 - 523168 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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