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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t1y | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Porphyromonas gingivalis Sialidase (PG_0352) Bound to Neu5Ac2en (DANA) | ||||||
要素 | Sialidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / sialidase / neuraminidase / carbohydrate binding / virulence factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å | ||||||
データ登録者 | Clark, N.D. / Malkowski, M.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023 タイトル: Functional and structural analyses reveal that a dual domain sialidase protects bacteria from complement killing through desialylation of complement factors. 著者: Clark, N.D. / Pham, C. / Kurniyati, K. / Sze, C.W. / Coleman, L. / Fu, Q. / Zhang, S. / Malkowski, M.G. / Li, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t1y.cif.gz | 253.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8t1y.ent.gz | 167.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8t1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8t1y_validation.pdf.gz | 830.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8t1y_full_validation.pdf.gz | 832.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8t1y_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8t1y_validation.cif.gz | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/8t1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/8t1y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 56538.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: PG_0352 / プラスミド: pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star (DE3) / 参照: UniProt: Q7MX62 |
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#2: 糖 | ChemComp-DAN / |
-非ポリマー , 4種, 246分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.7 M ammonium citrate tribasic, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→44 Å / Num. obs: 37392 / % possible obs: 98.76 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 36.56 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1458 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.1692 / Net I/σ(I): 7.33 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.217 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.904 / Num. unique obs: 3718 / CC1/2: 0.752 / CC star: 0.927 / Rpim(I) all: 0.5112 / Rrim(I) all: 1.042 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8FEB 解像度: 2.14→44 Å / SU ML: 0.2936 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3684 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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