PDB-8t1b: Cryo-EM structure of full-length human TRPV4 in apo state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t1b

タイトル

Cryo-EM structure of full-length human TRPV4 in apo state

要素

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4/Enhanced green fluorescent protein chimera

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / transient receptor potential V family member 4 / TRP / channel / TRPV4 / TRP channels

機能・相同性

機能・相同性情報

stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / calcium ion import into cytosol / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response ...stretch-activated, monoatomic cation-selective, calcium channel activity / blood vessel endothelial cell delamination / osmosensor activity / vasopressin secretion / positive regulation of striated muscle contraction / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / calcium ion import into cytosol / negative regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of microtubule depolymerization / hyperosmotic salinity response / regulation of response to osmotic stress / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / osmosensory signaling pathway / cellular hypotonic response / cortical microtubule organization / cellular hypotonic salinity response / multicellular organismal-level water homeostasis / positive regulation of vascular permeability / cellular response to osmotic stress / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / cell volume homeostasis / calcium ion import / cell-cell junction assembly / TRP channels / regulation of aerobic respiration / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of macrophage chemotaxis / cytoplasmic microtubule / diet induced thermogenesis / beta-tubulin binding / microtubule polymerization / alpha-tubulin binding / response to mechanical stimulus / monoatomic cation channel activity / SH2 domain binding / bioluminescence / filopodium / actin filament organization / generation of precursor metabolites and energy / adherens junction / protein kinase C binding / positive regulation of JNK cascade / calcium ion transmembrane transport / response to insulin / calcium channel activity / cilium / ruffle membrane / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / actin filament binding / negative regulation of neuron projection development / lamellipodium / glucose homeostasis / actin binding / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / growth cone / actin cytoskeleton organization / microtubule binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / calmodulin binding / response to hypoxia / apical plasma membrane / focal adhesion / lipid binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / endoplasmic reticulum / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Nadezhdin, K.D. / Talyzina, I.A. / Neuberger, A. / Sobolevsky, A.I.

資金援助

米国,

ドイツ, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)	R01 AR078814	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01 CA206573	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	R01 NS083660	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	R01 NS107253	米国
German Research Foundation (DFG)	464295817	ドイツ
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	R01 HL096647	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of human TRPV4 in complex with GTPase RhoA.
著者: Kirill D Nadezhdin / Irina A Talyzina / Aravind Parthasarathy / Arthur Neuberger / David X Zhang / Alexander I Sobolevsky /

要旨: Transient receptor potential (TRP) channel TRPV4 is a polymodal cellular sensor that responds to moderate heat, cell swelling, shear stress, and small-molecule ligands. It is involved in ...

履歴

登録	2023年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t1b.cif.gz	534 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t1b.ent.gz	433.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t1b_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t1b_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	8t1b_validation.xml.gz	102.8 KB	表示
CIF形式データ	8t1b_validation.cif.gz	141.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/8t1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/8t1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	40958MC 40959C 40960C 40961C 40962C 8t1cC 8t1dC 8t1eC 8t1fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (3) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4/Enhanced green fluorescent protein chimera

B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4/Enhanced green fluorescent protein chimera

C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4/Enhanced green fluorescent protein chimera

D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4/Enhanced green fluorescent protein chimera

ヘテロ分子

553 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, not applicable

#1: タンパク質	Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4/Enhanced green fluorescent protein chimera / TrpV4 / Osm-9-like TRP channel 4 / OTRPC4 / Transient receptor potential protein 12 / TRP12 / ...TrpV4 / Osm-9-like TRP channel 4 / OTRPC4 / Transient receptor potential protein 12 / TRP12 / Vanilloid receptor-like channel 2 / Vanilloid receptor-like protein 2 / VRL-2 / Vanilloid receptor-related osmotically-activated channel / VR-OAC 分子量: 127717.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: TRPV4, VRL2, VROAC, egfp / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HBA0, UniProt: C5MKY7
#2: 化合物	... ChemComp-9ZR / [(2~{R})-2-[(~{Z})-hexadec-9-enoyl]oxy-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propyl] (~{Z})-docos-13-enoate 分子量: 815.175 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₆H₈₉NO₈P
#3: 化合物	ChemComp-YJ0 / (2R)-2-{[(4-O-hexopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(25R)-5beta,14beta,17beta-spirostan-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside 分子量: 1165.315 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₆H₉₂O₂₅
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: full-length human TRPV4 in apo state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 0.51 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Human embryonic kidney 293 / プラスミド: pEG BacMam

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	150 mM	sodium chloride	NaCl	1
2	20 mM	tris(hydroxymethyl)aminomethane		1
3	1 mM	beta-Mercaptoethanol		1
4	0.01 %	glyco-diosgenin		1

試料

濃度: 3.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: human TRPV4

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5456
画像スキャン	横: 5760 / 縦: 4092

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1285028

3次元再構成

解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37266 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

空間: REAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	48144
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.158	87756
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	12.656	18884
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.123	3452
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	6588

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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