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- PDB-8t08: Preholo-Proteasome from Pre1-1 Pre4-1 Double Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t08
タイトルPreholo-Proteasome from Pre1-1 Pre4-1 Double Mutant
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...) x 7
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 7
  • Proteasome assembly chaperone 2
  • Proteasome chaperone 1
  • Proteasome maturation factor UMP1
キーワードHYDROLASE / Preholo-proteasome / core particle
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proteasome core complex assembly / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 ...regulation of proteasome core complex assembly / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome chaperone 1, fungi / Proteasome chaperone 1 superfamily / POC1 chaperone / Proteasome maturation factor Ump1 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome assembly chaperone 2, eukaryotic / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Proteasome beta subunit, C-terminal ...Proteasome chaperone 1, fungi / Proteasome chaperone 1 superfamily / POC1 chaperone / Proteasome maturation factor Ump1 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome assembly chaperone 2, eukaryotic / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 ...Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome chaperone 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Walsh Jr., R.M. / Rawson, S. / Schnell, H. / Velez, B. / Hanna, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)DP5-OD019800 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of the preholoproteasome reveals late steps in proteasome core particle biogenesis.
著者: Richard M Walsh / Shaun Rawson / Helena M Schnell / Benjamin Velez / Tamayanthi Rajakumar / John Hanna /
要旨: Assembly of the proteasome's core particle (CP), a barrel-shaped chamber of four stacked rings, requires five chaperones and five subunit propeptides. Fusion of two half-CP precursors yields a ...Assembly of the proteasome's core particle (CP), a barrel-shaped chamber of four stacked rings, requires five chaperones and five subunit propeptides. Fusion of two half-CP precursors yields a complete structure but remains immature until active site maturation. Here, using Saccharomyces cerevisiae, we report a high-resolution cryogenic electron microscopy structure of preholoproteasome, a post-fusion assembly intermediate. Our data reveal how CP midline-spanning interactions induce local changes in structure, facilitating maturation. Unexpectedly, we find that cleavage may not be sufficient for propeptide release, as residual interactions with chaperones such as Ump1 hold them in place. We evaluated previous models proposing that dynamic conformational changes in chaperones drive CP fusion and autocatalytic activation by comparing preholoproteasome to pre-fusion intermediates. Instead, the data suggest a scaffolding role for the chaperones Ump1 and Pba1/Pba2. Our data clarify key aspects of CP assembly, suggest that undiscovered mechanisms exist to explain CP fusion/activation, and have relevance for diseases of defective CP biogenesis.
履歴
登録2023年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-1
B: Proteasome subunit alpha type-2
C: Proteasome subunit alpha type-3
D: Proteasome subunit alpha type-4
E: Proteasome subunit alpha type-5
F: Proteasome subunit alpha type-6
G: Proteasome subunit alpha type-7
H: Proteasome maturation factor UMP1
I: Proteasome subunit beta type-2
J: Proteasome subunit beta type-3
K: Proteasome subunit beta type-4
L: Proteasome subunit beta type-5
M: Proteasome subunit beta type-6
N: Proteasome subunit beta type-1
O: Proteasome chaperone 1
P: Proteasome assembly chaperone 2
Q: Proteasome subunit beta type-7
R: Proteasome subunit alpha type-1
S: Proteasome subunit alpha type-2
T: Proteasome subunit alpha type-3
U: Proteasome subunit alpha type-4
V: Proteasome subunit alpha type-5
W: Proteasome subunit alpha type-6
X: Proteasome subunit alpha type-7
Y: Proteasome maturation factor UMP1
Z: Proteasome subunit beta type-2
a: Proteasome subunit beta type-3
b: Proteasome subunit beta type-4
c: Proteasome subunit beta type-5
d: Proteasome subunit beta type-6
e: Proteasome subunit beta type-1
f: Proteasome chaperone 1
g: Proteasome assembly chaperone 2
h: Proteasome subunit beta type-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)919,93634
ポリマ－919,93634
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 ARBSCTDUEVFWGX

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7- ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7-alpha / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / ...Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 ...Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-7 / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / ...Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex

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タンパク質 , 3種, 6分子 HYOfPg

#8: タンパク質 Proteasome maturation factor UMP1


分子量: 16777.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P38293
#15: タンパク質 Proteasome chaperone 1 / Proteasome biogenesis-associated protein 1


分子量: 30718.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: Q05778
#16: タンパク質 Proteasome assembly chaperone 2 / Alpha-1-proteinase inhibitor-degradation deficient protein 66 / Proteasome biogenesis-associated protein 2


分子量: 30762.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P36040

-
Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 IZJaKbLcMdNeQh

#9: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2 / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3 / Proteasome component PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 ...Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22605.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P22141
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-5 / Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteasome component PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2


分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5


分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex
#17: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7 / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 27716.293 Da / 分子数: 2
Mutation: Deletion of 15 C-terminal residues 252-266 (WDFAKDIKGYGTQKI)
由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508/ S288c / 参照: UniProt: P30657

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Preholo-Proteasome from Pre1-1 Pre4-1 Double Mutant / タイプ: COMPLEX
詳細: Pre1-1 mutation is S142F in Proteasome subunit beta type-4. Pre4-1 Mutation is the deletion of the last 15 residues from the C-terminus of Proteasome subunit beta type-7. This double mutation ...詳細: Pre1-1 mutation is S142F in Proteasome subunit beta type-4. Pre4-1 Mutation is the deletion of the last 15 residues from the C-terminus of Proteasome subunit beta type-7. This double mutation allows for the accumulation of a population of Preholo-Proteasome. This late stage 20S assembley intermediate includes two copies of chaperones UMP1 and PBA1 and 2 in addition to all 28 subunits of the 20S core particle.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.918 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
緩衝液pH: 7.5
詳細: Fluorinated Fos-Choline was added to the sample immediately prior to deposition on a grid for plunge freezing.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris Buffer1
21 mMEDTA1
3100 mMSodium ChlorideNaCl1
試料濃度: 2.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: PELCO easiGLOW / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 47169 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.8 sec. / 電子線照射量: 54.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 33116
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM4.1b画像取得
4RELION4.1CTF補正
7Coot0.93モデルフィッティングIterative Manual Fitting
8ISOLDE1.0b4.dev0モデルフィッティングIterative Rebuilding
9UCSF Chimera1.15モデルフィッティングRigid body of starting
11PHENIX1.191-1.19.2-4158モデル精密化Real Space Refinment
13cryoSPARC最終オイラー角割当
15cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3905259
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68930 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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