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- PDB-8szk: The cryo-EM structure of PPP2R5A/HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8szk
タイトルThe cryo-EM structure of PPP2R5A/HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC complex
要素
  • Core-binding factor subunit beta
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform
  • Virion infectivity factor
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV Vif / Cul5 E3 ligase / PPP2R5A
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / protein phosphatase type 2A complex ...RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / protein phosphatase type 2A complex / lymphocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / Transcriptional regulation by RUNX2 / protein phosphatase regulator activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / myeloid cell differentiation / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / definitive hemopoiesis / Co-stimulation by CD28 / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / M band / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RUNX3 regulates p14-ARF / chromosome, centromeric region / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cell maturation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / viral life cycle / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / RHO GTPases Activate Formins / RAF activation / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Regulation of RUNX3 expression and activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / PKR-mediated signaling / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Z disc / virion component / kinase binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein polyubiquitination / Negative regulation of MAPK pathway / Regulation of RUNX2 expression and activity / osteoblast differentiation / Separation of Sister Chromatids / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like ...Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Armadillo-like helical / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion infectivity factor / Core-binding factor subunit beta / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Hu, Y. / Xiong, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into PPP2R5A degradation by HIV-1 Vif.
著者: Yingxia Hu / Krista A Delviks-Frankenberry / Chunxiang Wu / Fidel Arizaga / Vinay K Pathak / Yong Xiong /
要旨: HIV-1 Vif recruits host cullin-RING-E3 ubiquitin ligase and CBFβ to degrade the cellular APOBEC3 antiviral proteins through diverse interactions. Recent evidence has shown that Vif also degrades the ...HIV-1 Vif recruits host cullin-RING-E3 ubiquitin ligase and CBFβ to degrade the cellular APOBEC3 antiviral proteins through diverse interactions. Recent evidence has shown that Vif also degrades the regulatory subunits PPP2R5(A-E) of cellular protein phosphatase 2A to induce G2/M cell cycle arrest. As PPP2R5 proteins bear no functional or structural resemblance to A3s, it is unclear how Vif can recognize different sets of proteins. Here we report the cryogenic-electron microscopy structure of PPP2R5A in complex with HIV-1 Vif-CBFβ-elongin B-elongin C at 3.58 Å resolution. The structure shows PPP2R5A binds across the Vif molecule, with biochemical and cellular studies confirming a distinct Vif-PPP2R5A interface that partially overlaps with those for A3s. Vif also blocks a canonical PPP2R5A substrate-binding site, indicating that it suppresses the phosphatase activities through both degradation-dependent and degradation-independent mechanisms. Our work identifies critical Vif motifs regulating the recognition of diverse A3 and PPP2R5A substrates, whereby disruption of these host-virus protein interactions could serve as potential targets for HIV-1 therapeutics.
履歴
登録2023年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: Core-binding factor subunit beta
G: Virion infectivity factor
D: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,8845
ポリマ－124,8845
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 Core-binding factor subunit beta / CBF-beta / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 beta subunit / PEA2-beta / PEBP2-beta / SL3-3 ...CBF-beta / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 beta subunit / PEA2-beta / PEBP2-beta / SL3-3 enhancer factor 1 subunit beta / SL3/AKV core-binding factor beta subunit


分子量: 23644.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13951
#4: タンパク質 Virion infectivity factor / Vif / SOR protein


分子量: 20982.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: vif / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12504
#5: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform / PP2A B subunit isoform B'-alpha / PP2A B subunit isoform B56-alpha / PP2A B subunit isoform PR61- ...PP2A B subunit isoform B'-alpha / PP2A B subunit isoform B56-alpha / PP2A B subunit isoform PR61-alpha / PR61alpha / PP2A B subunit isoform R5-alpha


分子量: 56266.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R5A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15172
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PPP2R5A in complex with HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate NY5) (ヒト免疫不全ウイルス)11698
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 500511 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0087564
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.03910220
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.635978
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0521114
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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