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- EMDB-40919: The cryo-EM structure of PPP2R5A/HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40919
タイトルThe cryo-EM structure of PPP2R5A/HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC complex
マップデータ
試料
  • 複合体: PPP2R5A in complex with HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Core-binding factor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform
キーワードHIV Vif / Cul5 E3 ligase / PPP2R5A / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / protein phosphatase type 2A complex ...RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / protein phosphatase type 2A complex / lymphocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / Transcriptional regulation by RUNX2 / protein phosphatase regulator activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / myeloid cell differentiation / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / definitive hemopoiesis / Co-stimulation by CD28 / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / M band / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RUNX3 regulates p14-ARF / chromosome, centromeric region / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cell maturation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / viral life cycle / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / RHO GTPases Activate Formins / RAF activation / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Regulation of RUNX3 expression and activity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / PKR-mediated signaling / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Z disc / virion component / kinase binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein polyubiquitination / Negative regulation of MAPK pathway / Regulation of RUNX2 expression and activity / osteoblast differentiation / Separation of Sister Chromatids / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like ...Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Armadillo-like helical / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion infectivity factor / Core-binding factor subunit beta / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Hu Y / Xiong Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into PPP2R5A degradation by HIV-1 Vif.
著者: Yingxia Hu / Krista A Delviks-Frankenberry / Chunxiang Wu / Fidel Arizaga / Vinay K Pathak / Yong Xiong /
要旨: HIV-1 Vif recruits host cullin-RING-E3 ubiquitin ligase and CBFβ to degrade the cellular APOBEC3 antiviral proteins through diverse interactions. Recent evidence has shown that Vif also degrades the ...HIV-1 Vif recruits host cullin-RING-E3 ubiquitin ligase and CBFβ to degrade the cellular APOBEC3 antiviral proteins through diverse interactions. Recent evidence has shown that Vif also degrades the regulatory subunits PPP2R5(A-E) of cellular protein phosphatase 2A to induce G2/M cell cycle arrest. As PPP2R5 proteins bear no functional or structural resemblance to A3s, it is unclear how Vif can recognize different sets of proteins. Here we report the cryogenic-electron microscopy structure of PPP2R5A in complex with HIV-1 Vif-CBFβ-elongin B-elongin C at 3.58 Å resolution. The structure shows PPP2R5A binds across the Vif molecule, with biochemical and cellular studies confirming a distinct Vif-PPP2R5A interface that partially overlaps with those for A3s. Vif also blocks a canonical PPP2R5A substrate-binding site, indicating that it suppresses the phosphatase activities through both degradation-dependent and degradation-independent mechanisms. Our work identifies critical Vif motifs regulating the recognition of diverse A3 and PPP2R5A substrates, whereby disruption of these host-virus protein interactions could serve as potential targets for HIV-1 therapeutics.
履歴
登録2023年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40919.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 200 pix.
= 220. Å		1.1 Å/pix.
x 200 pix.
= 220. Å		1.1 Å/pix.
x 200 pix.
= 220. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.0016312819 - 2.0388997
平均 (標準偏差)0.0019068767 (±0.03346807)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 220.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40919_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40919_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PPP2R5A in complex with HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC

全体名称: PPP2R5A in complex with HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC
要素
  • 複合体: PPP2R5A in complex with HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Core-binding factor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform

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超分子 #1: PPP2R5A in complex with HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC

超分子名称: PPP2R5A in complex with HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.147781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVMKPQDSG SSANEQAVQ

UniProtKB: Elongin-B

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分子 #2: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.84342 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MYVKLISSDG HEFIVKREHA LTSGTIKAML SGPGQFAENE TNEVNFREIP SHVLSKVCMY FTYKVRYTNS STEIPEFPIA PEIALELLM AANFLDC

UniProtKB: Elongin-C

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分子 #3: Core-binding factor subunit beta

分子名称: Core-binding factor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.644197 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPMPRVVP DQRSKFENEE FFRKLSRECE IKYTGFRDRP HEERQARFQN ACRDGRSEIA FVATGTNLSL QFFPASWQG EQRQTPSREY VDLEREAGKV YLKAPMILNG VCVIWKGWID LQRLDGMGCL EFDEERAQQE DALAQQAFEE A RRRTREFE ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPMPRVVP DQRSKFENEE FFRKLSRECE IKYTGFRDRP HEERQARFQN ACRDGRSEIA FVATGTNLSL QFFPASWQG EQRQTPSREY VDLEREAGKV YLKAPMILNG VCVIWKGWID LQRLDGMGCL EFDEERAQQE DALAQQAFEE A RRRTREFE DRDRSHREEM EARRQQDPSP GSNLGGGDDL KLR

UniProtKB: Core-binding factor subunit beta

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分子 #4: Virion infectivity factor

分子名称: Virion infectivity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 20.98224 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MENRWQVMIV WQVDRMRINT WKRLVKHHMY ISRKAKDWFY RHHYESTNPK ISSEVHIPLG DAKLVITTYW GLHTGERDWH LGQGVSIEW RKKRYSTQVD PDLADQLIHL HYFDCFSESA IRNTILGRIV SPRCEYQAGH NKVGSLQYLA LAALIKPKQI K PPLPSVRK LTEDRWNK

UniProtKB: Virion infectivity factor

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分子 #5: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.266555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSSSPPAGA ASAAISASEK VDGFTRKSVR KAQRQKRSQG SSQFRSQGSQ AELHPLPQLK DATSNEQQEL FCQKLQQCCI LFDFMDSVS DLKSKEIKRA TLNELVEYVS TNRGVIVESA YSDIVKMISA NIFRTLPPSD NPDFDPEEDE PTLEASWPHI Q LVYEFFLR ...文字列:
MSSSSPPAGA ASAAISASEK VDGFTRKSVR KAQRQKRSQG SSQFRSQGSQ AELHPLPQLK DATSNEQQEL FCQKLQQCCI LFDFMDSVS DLKSKEIKRA TLNELVEYVS TNRGVIVESA YSDIVKMISA NIFRTLPPSD NPDFDPEEDE PTLEASWPHI Q LVYEFFLR FLESPDFQPS IAKRYIDQKF VQQLLELFDS EDPRERDFLK TVLHRIYGKF LGLRAFIRKQ INNIFLRFIY ET EHFNGVA ELLEILGSII NGFALPLKAE HKQFLMKVLI PMHTAKGLAL FHAQLAYCVV QFLEKDTTLT EPVIRGLLKF WPK TCSQKE VMFLGEIEEI LDVIEPTQFK KIEEPLFKQI SKCVSSSHFQ VAERALYFWN NEYILSLIEE NIDKILPIMF ASLY KISKE HWNPTIVALV YNVLKTLMEM NGKLFDDLTS SYKAERQREK KKELEREELW KKLEELKLKK ALEKQNSAYN MHSIL SNTS AE

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 500511
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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