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万見
- PDB-8sza: Cryo-EM Structure of NINJ1 Filament at 2.75 Angstrom Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sza
タイトルCryo-EM Structure of NINJ1 Filament at 2.75 Angstrom Resolution
要素Ninjurin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / NINJ1 Filament / Plasma Membrane Rupture Protein / Cholesterol Binding Protein / Lipid Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroptosis / pyroptotic cell death / cell adhesion mediator activity / membrane destabilizing activity / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / cytolysis / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / tissue regeneration / programmed necrotic cell death / muscle cell differentiation ...ferroptosis / pyroptotic cell death / cell adhesion mediator activity / membrane destabilizing activity / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / cytolysis / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / tissue regeneration / programmed necrotic cell death / muscle cell differentiation / cellular hyperosmotic response / heterotypic cell-cell adhesion / lipopolysaccharide binding / synaptic membrane / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / nervous system development / angiogenesis / killing of cells of another organism / cell adhesion / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CHOLESTEROL / Ninjurin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Sahoo, B. / Dai, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateStartup Grant 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: How NINJ1 mediates plasma membrane rupture and why NINJ2 cannot.
著者: Bibekananda Sahoo / Zongjun Mou / Wei Liu / George Dubyak / Xinghong Dai /
要旨: Ninjurin-1 (NINJ1) is an active executioner of plasma membrane rupture (PMR), a process previously thought to be a passive osmotic lysis event in lytic cell death. Ninjurin-2 (NINJ2) is a close ...Ninjurin-1 (NINJ1) is an active executioner of plasma membrane rupture (PMR), a process previously thought to be a passive osmotic lysis event in lytic cell death. Ninjurin-2 (NINJ2) is a close paralog of NINJ1 but cannot mediate PMR. Using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we show that NINJ1 and NINJ2 both assemble into linear filaments that are hydrophobic on one side but hydrophilic on the other. This structural feature and other evidence point to a PMR mechanism by which NINJ1 filaments wrap around and solubilize membrane fragments and, less frequently, form pores in the plasma membrane. In contrast to the straight NINJ1 filament, the NINJ2 filament is curved toward the intracellular space, preventing its circularization or even assembly on a relatively flat membrane to mediate PMR. Mutagenesis studies further demonstrate that the NINJ2 filament curvature is induced by strong association with lipids, particularly a cholesterol molecule, at the cytoplasmic leaflet of the lipid bilayer.
履歴
登録2023年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年12月18日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32024年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.42025年2月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ninjurin-1
B: Ninjurin-1
C: Ninjurin-1
D: Ninjurin-1
E: Ninjurin-1
F: Ninjurin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,98112
ポリマ－115,6616
非ポリマー2,3206
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Ninjurin-1 / Nerve injury-induced protein 1


分子量: 19276.896 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NINJ1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92982
#2: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ninjurin-1 in complex with Cholesterol / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 282383 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0024908
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5836720
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.217678
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.033870
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.002786

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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