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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sxd | ||||||
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タイトル | Campylobacter jejuni keto-acid reductoisomerase in complex with intermediate and NADP+ | ||||||
![]() | Ketol-acid reductoisomerase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Ketol-acid reductoisomerase / enzyme / biofuel / drug target | ||||||
機能・相同性 | ![]() ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / isomerase activity / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lin, X. / Lonhienne, T. / Guddat, L.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mapping of the Reaction Trajectory catalyzed by Class I Ketol-Acid Reductoisomerase 著者: Lin, X. / Lonhienne, T. / Lv, Y. / Kurz, J. / McGeary, R. / Schenk, G. / Guddat, L.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35868.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ilvC, CW563_00670 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A5T0UG45, ketol-acid reductoisomerase (NADP+) |
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-非ポリマー , 6種, 42分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NCA.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NCA.gif)
![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-WXU / 分子量: 132.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NCA / | #5: 化合物 | ChemComp-NDP / | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20 mM 2-acetolactate, 10 mM NADP+, 0.1 M sodium HEPES pH=8.1, 20% w/v PEG10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月29日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) water-cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→46.22 Å / Num. obs: 11706 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 69.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 22.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.59→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.932 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1407 / Rpim(I) all: 0.298 / Rrim(I) all: 0.979 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7LAT 解像度: 2.59→37.74 Å / SU ML: 0.3668 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.597 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.59→37.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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