PDB-8sx2: PARP4 catalytic domain bound to EB47

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sx2

タイトル

PARP4 catalytic domain bound to EB47

要素

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / PARP family /

ADP-ribosyltransferase / marylation / vault

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of telomerase activity / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity /

転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの /

NAD+ ADP-ribosyltransferase activity /

nucleotidyltransferase activity / protein modification process / spindle microtubule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Frigon, L. / Pascal, J.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical analysis of the PARP1-homology region of PARP4/vault PARP.
著者: Frigon, L. / Pascal, J.M.

履歴

登録	2023年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sx2.cif.gz	261.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sx2.ent.gz	211.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/8sx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/8sx2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8swyC 8swzC 8sx1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

ヘテロ分子

75.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.905, 72.265, 160.978
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP4 / 193 kDa vault protein / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 4 / ARTD4 / PARP- ...193 kDa vault protein / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 4 / ARTD4 / PARP-related/IalphaI-related H5/proline-rich / PH5P / Poly [ADP-ribose] polymerase 4 / PARP-4 / Vault poly(ADP-ribose) polymerase / VPARP 分子量: 37259.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP4, ADPRTL1, KIAA0177, PARPL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UKK3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-UHB / 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide 分子量: 537.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₄H₂₇N₉O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 23% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, and 600 uM EB47

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→65.93 Å / Num. obs: 29266 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.203 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.211 / Χ²: 1.06 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.95→3.13 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 2.235 / Num. measured all: 36612 / Num. unique obs: 2510 / CC_1/2: 0.541 / R_pim(I) all: 0.6 / R_rim(I) all: 2.316 / Χ²: 0.89 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→19.99 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.63 / 位相誤差: 30.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2616	1553	5.31 %
R_work	0.2153	-	-
obs	0.2178	29266	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→19.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4856	0	78	37	4971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5026
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.099	6796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.271	1957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	793
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	906

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.04	0.372	132	0.3458	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.15	0.3595	119	0.3217	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.28	0.4273	155	0.3095	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.43	0.3342	127	0.27	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.61	0.3121	151	0.2419	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.83	0.2959	154	0.2179	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.13	0.2816	135	0.2064	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.53	0.237	146	0.1797	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
4.54-5.18	0.1952	149	0.1665	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-6.49	0.2254	139	0.2168	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
6.49-19.99	0.2214	146	0.1916	2512	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4273	0.8945	0.7522	1.594	1.1449	2.2793	-0.0528	-0.4103	0.9565	-0.0809	-0.1352	0.1734	-0.1409	-0.1361	-0	0.8637	-0.0561	0.0202	0.9301	-0.0736	1.0998	-45.2561	24.1898	27.7987
2	2.5121	-1.2562	-0.6605	1.0458	0.6379	1.8485	0.2146	-0.3651	1.086	-0.4197	0.2866	-0.3975	-0.6254	0.7232	-0	0.9591	-0.1264	0.2064	0.9278	-0.0717	1.0891	-19.6558	21.9616	23.5131
3	4.1451	-1.0923	-1.542	1.7942	2.1157	4.1031	0.1575	0.7592	0.7673	-0.7862	-0.0005	-0.0465	-0.8206	0.1704	0.0004	1.0868	-0.1191	0.0349	0.8833	0.1752	1.0047	-27.3311	19.8038	14.7851
4	0.2886	-0.2232	0.8169	0.1938	-0.6876	2.4214	0.1352	0.0696	-0.0221	0.1426	0.0934	0.0583	0.1856	0.0606	0.0005	0.8049	0.0172	0.0714	0.7588	0.0051	0.7128	12.0091	-21.7799	30.2841
5	1.6545	0.6782	0.2219	2.7588	-0.243	0.715	-0.1325	-0.2691	-0.6386	-0.0907	-0.1041	-0.309	0.1616	0.2703	-0	0.7743	0.0583	0.0018	0.8596	-0.0086	0.6612	12.4829	-17.9443	21.0662
6	3.3179	-1.1135	-0.8584	3.4587	-1.47	2.2703	0.1513	-0.5306	-0.2327	0.145	-0.2201	0.7621	0.2611	-0.3806	-0	0.6412	-0.0125	0.0621	0.7296	-0.0558	0.5408	-12.1861	-15.0386	20.3187
7	2.4622	-1.0319	-0.0962	6.2394	-1.6696	3.0095	0.0541	0.3677	0.0036	-0.4828	-0.1217	-0.0008	0.0967	0.0818	-0	0.5967	-0.0685	0.0402	0.7262	-0.0434	0.495	-4.8563	-9.9549	11.5384
8	0.3569	0.484	0.423	0.6981	0.6209	0.5545	-0.2006	1.0796	-1.0413	0.6618	-0.1106	-0.0968	0.1273	-1.2196	0	0.8409	0.0494	-0.0584	1.2501	-0.1025	1.0721	-32.5382	30.4505	56.3623

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'B' and resid 262 through 394)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 395 through 432 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 433 through 566 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 243 through 309 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 310 through 394 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 395 through 432 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 433 through 563 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'B' and resid 243 through 261)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)