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- PDB-8swc: RNase H complex with ASO (OOO) and RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8swc
タイトルRNase H complex with ASO (OOO) and RNA
要素
  • PO ASO
  • RNA (5'-R(*UP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*AP*GP*G)-3')
  • Ribonuclease H1
キーワードHYDROLASE/RNA / Complex of DNA(ASO) and RNA OOO stereochemistry (PO-backbone) RNase H / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / RNA catabolic process / ribonuclease H / RNA nuclease activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H1, eukaryote / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Caulimovirus viroplasmin / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease H1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Cho, Y.-J. / Iwamoto, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RNase H/RNA/PO-ASO complex at an atomic level
著者: Iwamoto, N. / Cho, Y.-J.
履歴
登録2023年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H1
B: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*AP*GP*G)-3')
C: PO ASO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6209
ポリマ－46,2143
非ポリマー4066
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Chromatography including SEC and MS confirmed its complex formation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area12700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.617, 100.617, 82.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 / DNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Ribonuclease H1 / RNase H1 / Ribonuclease H type II


分子量: 33218.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASEH1, RNH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60930, ribonuclease H
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*GP*CP*GP*AP*GP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*AP*GP*UP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 6614.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 PO ASO


分子量: 6380.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 11分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2:1 complex : precipitant (0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 8% w/v PEG4000), cryoprotection: mother liquor + 25% v/v glycerol, 1 minute

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→43.57 Å / Num. obs: 13859 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 75.44 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 2.67→2.8 Å / Num. unique obs: 1677 / CC1/2: 0.871

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QK9

2qk9


解像度: 2.68→38.48 Å / SU ML: 0.4417 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.449
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 720 5.24 %
Rwork0.1915 13032 -
obs0.193 13752 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→38.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1168 772 107 5 2052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032164
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64893104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022253
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9028570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.890.35111310.30252548X-RAY DIFFRACTION98.53
2.89-3.180.35411300.28392594X-RAY DIFFRACTION99.71
3.18-3.640.27181660.23152552X-RAY DIFFRACTION99.89
3.64-4.580.19721560.18462621X-RAY DIFFRACTION100
4.58-38.480.17521370.15022717X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.179869312252.76107332702-0.150544534945.54379903058-3.940135592634.522011618250.0929901787423-1.31318626955-0.5925960149430.667938811871-0.1580617616650.5569098356030.163392025928-0.3652470915630.03499870657590.780032699043-0.176592997702-0.03405897152240.69159143218-0.0748309043360.592602453462-63.497127390511.79586061521.27288667808
26.285147391861.36830358864-1.035695556865.894774766692.216922438685.99423123884-0.196906443602-0.186918121352-0.6916704151480.208207609086-0.200008957293-0.7260993111940.4372909130130.4539335706050.460986751380.8816757723290.0727953599519-0.01786787712540.5828196551760.09603460807410.716124780787-49.55506871249.15510292557-8.86733414277
34.38015317254-4.21573892119-0.5972345595054.534492173132.257933068086.557455110240.617019990940.160901294023-0.454759807302-0.0918226355075-0.41105642620.7441172993680.248259343713-0.796474949862-0.06780368783250.646744245609-0.138018215288-0.09071357616880.5723458669960.03172937811740.652065101574-62.290680614613.0223468269-6.74034935896
47.099423995294.07744924413-1.149537781297.83519767794-1.349452876835.406098368340.115046984019-0.3022014792060.318517047650.36095924763-0.1150705257040.351914792892-0.623223928676-0.4337517432350.0802733719140.6555448612680.007653182434120.06316070684990.662559557785-0.02581618513610.481730662229-58.129330812626.05969213210.801631626883
56.477335723512.185216599971.038124935056.64124320596-1.103166811088.48923804923-0.0948575815803-0.347360223820.332482048555-0.229447723040.05542309293740.7188582213940.0177990405355-1.358314132550.07003788425620.595015043713-0.02669887489770.02280927598370.617559745382-0.03914120274940.677413547685-62.523531449124.1236636128-2.00154257417
60.098920608533-0.129123182963-0.589261323041.29090032688-0.1625525577874.485223978010.8399992662280.7639949250422.37753194842-0.064892267890.5850269244491.611569931351.793039162540.945829926254-1.239218333340.899482019888-0.09426222908830.1342404491870.974914285903-0.005761244897171.30555580217-56.69267840857.009008918329.74943117528
75.95232012326-2.32714753658-6.526385162556.435506228920.9416584340088.41014032371-0.389791172727-0.393167462109-0.571230450271-0.0741508794828-0.2602771248830.6720688398091.535644322840.3451043892240.4270899515190.977905803731-0.222581000792-0.1274539284750.731537852904-0.01274535154710.780094413366-57.77288256944.02623737794-5.46067397545
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 138 through 149 )138 - 1491 - 12
22chain 'A' and (resid 150 through 163 )150 - 16313 - 26
33chain 'A' and (resid 164 through 199 )164 - 19927 - 62
44chain 'A' and (resid 200 through 238 )200 - 23863 - 101
55chain 'A' and (resid 239 through 260 )239 - 260102 - 123
66chain 'A' and (resid 261 through 267 )261 - 267124 - 130
77chain 'A' and (resid 268 through 286 )268 - 286131 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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