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- PDB-8svk: Crystal structure of Bax D71N core domain BH3-groove dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8svk
タイトルCrystal structure of Bax D71N core domain BH3-groove dimer
要素Apoptosis regulator BAX
キーワードAPOPTOSIS / BAX / BCL2
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / protein insertion into mitochondrial membrane / BAX complex / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / protein insertion into mitochondrial membrane / BAX complex / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / positive regulation of B cell apoptotic process / development of secondary sexual characteristics / NTRK3 as a dependence receptor / Sertoli cell proliferation / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / B cell homeostatic proliferation / glycosphingolipid metabolic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / retinal cell programmed cell death / B cell negative selection / BAK complex / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / mitochondrial permeability transition pore complex / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / apoptotic process involved in mammary gland involution / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / regulation of nitrogen utilization / B cell apoptotic process / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / fertilization / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / calcium ion transport into cytosol / motor neuron apoptotic process / channel activity / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / epithelial cell apoptotic process / myeloid cell homeostasis / BH domain binding / execution phase of apoptosis / hypothalamus development / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / thymocyte apoptotic process / pore complex / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / BH3 domain binding / germ cell development / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / vagina development / B cell homeostasis / negative regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to axon injury / blood vessel remodeling / ectopic germ cell programmed cell death / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / supramolecular fiber organization / negative regulation of fibroblast proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / release of sequestered calcium ion into cytosol / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / homeostasis of number of cells within a tissue / response to salt stress / Hsp70 protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein binding / kidney development / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / neuron migration / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to toxic substance / cellular response to virus / cerebral cortex development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / positive regulation of neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Miller, M.S. / Czabotar, P.E. / Colman, P.M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Sequence differences between BAX and BAK core domains manifest as differences in their interactions with lipids.
著者: Miller, M.S. / Cowan, A.D. / Brouwer, J.M. / Smyth, S.T. / Peng, L. / Wardak, A.Z. / Uren, R.T. / Luo, C. / Roy, M.J. / Shah, S. / Tan, Z. / Reid, G.E. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2023年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator BAX
B: Apoptosis regulator BAX
C: Apoptosis regulator BAX
D: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,94412
ポリマ－35,8854
非ポリマー1,0598
水36020
1
A: Apoptosis regulator BAX
B: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4556
ポリマ－17,9422
非ポリマー5134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9180 Å2
手法PISA
2
C: Apoptosis regulator BAX
D: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4896
ポリマ－17,9422
非ポリマー5474
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area8520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.393, 67.393, 140.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-313-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 8971.242 Da / 分子数: 4 / 変異: C62S, D71N, C126S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAX, BCL2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07812

-
非ポリマー , 5種, 28分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953651 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953651 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→44.93 Å / Num. obs: 18223 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 11.43
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.25-2.392.70728670.3682.8481
2.39-2.551.60727260.6371.6911
2.55-2.750.9925260.8221.0451
2.75-3.020.56523600.9290.5951
3.02-3.370.28921490.9810.3051
3.37-3.890.13818900.9950.1451
3.89-4.750.0716250.9980.0741
4.75-6.690.06813020.9980.0711
6.69-44.930.0377810.0321

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→44.93 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2871 912 5.01 %
Rwork0.2543 --
obs0.2559 18217 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2313 0 69 20 2402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4523223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.308898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.370.35691270.33732399X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.520.37161270.33212424X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.710.30181300.28252456X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.980.3361280.28492427X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.420.31611300.27972474X-RAY DIFFRACTION100
3.42-4.30.26021310.22882489X-RAY DIFFRACTION100
4.3-44.930.26161390.23172636X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4232-3.7004-2.72364.39095.94110.0304-0.3986-0.5260.7838-0.59361.1215-0.9462-0.37370.8804-0.50010.69290.04950.13050.5657-0.12070.723218.4008-16.088644.3517
27.6805-3.2557-3.30544.85974.97538.48350.0164-0.1718-0.00450.5789-0.1816-0.0394-0.15150.4933-0.41870.49050.1582-0.01530.47360.11360.784123.1611-26.855838.516
35.9113.7662-1.62726.15-1.6423.5741-0.0459-0.0939-1.17220.3647-0.0852-1.02180.38550.44620.14330.26610.05780.01430.51580.0290.531314.8961-25.00333.9033
46.19913.82890.10935.0966-2.44043.35130.05181.34940.4218-0.610.14991.3595-0.3608-0.6524-0.49110.52560.0493-0.04080.4839-0.00340.6151-14.5738.7664.4406
52.60273.1712-0.30798.4275-1.62212.66840.1845-0.526-0.3318-0.63470.75391.20870.8702-1.4018-0.78920.4514-0.0016-0.04450.80140.12890.8784-24.9576-3.93817.4777
67.0813-0.5752-1.32253.2842.1785.5154-0.7429-1.2288-1.50731.3348-0.21980.03971.20160.75480.34110.66490.0020.08530.5550.21951.0042-13.8826-8.997426.791
77.8546-1.06713.39445.3599-3.03756.2634-0.66571.3635-1.26571.00333.16610.12511.12822.55440.39370.69470.3326-0.16740.68680.07320.8948-6.2805-11.09111.6073
84.5621-2.0041-1.39222.59741.24778.125-0.0904-0.71140.8667-0.17030.4949-0.2312-0.33940.80490.38170.4298-0.038-0.17810.4369-0.00380.6167-14.0680.234820.3956
94.5351-0.1162-8.44745.0485-0.72177.3428-0.63710.2535-1.0577-0.34650.38220.67041.7058-0.28970.44780.4766-0.0047-0.07830.49860.00590.7709-16.675-8.897311.3848
103.97460.9295-0.27213.38352.88393.078-0.30311.6459-0.4537-1.67390.2264-0.74460.430.1027-0.12940.65130.04410.05440.5077-0.05240.5583-4.53324.47281.6513
119.7666-6.85164.99131.9635-9.76088.9041-1.34825.92884.4460.1724-1.8631-8.2437-1.23322.17092.88381.32420.16350.0921.6370.77232.6333.441616.38194.4507
123.3749-1.2396-0.67223.10340.6874.91490.67330.49990.8214-0.8379-1.0282-0.5278-0.69420.05650.27130.7654-0.0680.03940.51730.10931.1708-8.383518.49128.8369
134.6484-0.60662.68355.2388-2.41742.6043-0.401-3.49211.93092.93130.62132.5691-2.6394-1.6817-0.58430.69090.3154-0.16070.307-0.30771.2249-21.378114.919411.2538
142.12790.54710.24042.39411.51714.120.2148-0.30050.06880.02130.0467-0.33070.2320.2501-0.13820.4751-0.0311-0.06430.34820.00790.575-5.24068.847413.3886
155.76472.64914.9014.6158-0.48246.47891.0165-2.3127-1.69281.25220.24920.03180.6391-1.3182-0.84610.65820.12720.07840.50250.05790.780110.4616-28.233441.544
164.71770.6593.743.16541.58674.81060.7388-1.81490.1140.3371-1.02441.48121.7986-3.76520.26170.6089-0.1034-0.05840.70750.24561.481-4.9157-31.961430.2715
175.75670.91690.93632.90550.76679.96140.27970.2183-0.5926-0.24430.13451.1663-0.1678-1.51-0.06530.54850.0711-0.04610.93620.31380.7463-5.512-20.125321.2522
185.34632.72624.76887.34820.14667.2375-0.15780.0363-0.23530.24250.31070.3164-0.01440.0546-0.0170.17120.02450.08860.35510.10340.4613.15-22.554625.9489
196.7815-0.62981.18286.23256.54936.6176-0.2407-0.37950.49660.7185-0.16721.73340.0163-2.03870.8970.4978-0.01010.11050.74840.20190.7642-3.9646-21.053633.9362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 72 through 86 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 87 through 100 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 101 through 124 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 53 through 72 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 73 through 81 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 82 through 98 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 99 through 106 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 107 through 126 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 54 through 73 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 74 through 82 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 83 through 87 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 88 through 100 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 101 through 106 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 107 through 126 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 54 through 72 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 73 through 81 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 82 through 101 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 102 through 127 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 53 through 71 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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