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- PDB-8spe: Crystal structure of Bax core domain BH3-groove dimer - tetrameri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8spe
タイトルCrystal structure of Bax core domain BH3-groove dimer - tetrameric fraction P31
要素Apoptosis regulator BAX
キーワードAPOPTOSIS / BAX / BCL2
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / spermatid differentiation / Sertoli cell proliferation / NTRK3 as a dependence receptor / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / development of secondary sexual characteristics / positive regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / B cell homeostatic proliferation / glycosphingolipid metabolic process / retinal cell programmed cell death / B cell negative selection / BAK complex / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / Transcriptional regulation by RUNX2 / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / regulation of nitrogen utilization / B cell apoptotic process / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / fertilization / calcium ion transport into cytosol / epithelial cell apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / motor neuron apoptotic process / execution phase of apoptosis / thymocyte apoptotic process / hypothalamus development / pore complex / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / BH3 domain binding / vagina development / negative regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / B cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / blood vessel remodeling / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of protein binding / ovarian follicle development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to salt stress / release of sequestered calcium ion into cytosol / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Hsp70 protein binding / homeostasis of number of cells within a tissue / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / response to gamma radiation / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / kidney development / positive regulation of protein-containing complex assembly / cerebral cortex development / cellular response to virus / response to toxic substance / neuron migration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / nuclear envelope / positive regulation of neuron apoptotic process / retina development in camera-type eye / channel activity / regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Miller, M.S. / Cowan, A.D. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Sequence differences between BAX and BAK core domains manifest as differences in their interactions with lipids.
著者: Miller, M.S. / Cowan, A.D. / Brouwer, J.M. / Smyth, S.T. / Peng, L. / Wardak, A.Z. / Uren, R.T. / Luo, C. / Roy, M.J. / Shah, S. / Tan, Z. / Reid, G.E. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator BAX
B: Apoptosis regulator BAX
C: Apoptosis regulator BAX
D: Apoptosis regulator BAX
Q: Apoptosis regulator BAX
R: Apoptosis regulator BAX
S: Apoptosis regulator BAX
T: Apoptosis regulator BAX
G: Apoptosis regulator BAX
H: Apoptosis regulator BAX
U: Apoptosis regulator BAX
V: Apoptosis regulator BAX
E: Apoptosis regulator BAX
F: Apoptosis regulator BAX
I: Apoptosis regulator BAX
J: Apoptosis regulator BAX
K: Apoptosis regulator BAX
L: Apoptosis regulator BAX
M: Apoptosis regulator BAX
N: Apoptosis regulator BAX
O: Apoptosis regulator BAX
P: Apoptosis regulator BAX
W: Apoptosis regulator BAX
X: Apoptosis regulator BAX
Y: Apoptosis regulator BAX
Z: Apoptosis regulator BAX
a: Apoptosis regulator BAX
b: Apoptosis regulator BAX
c: Apoptosis regulator BAX
d: Apoptosis regulator BAX
e: Apoptosis regulator BAX
f: Apoptosis regulator BAX
g: Apoptosis regulator BAX
h: Apoptosis regulator BAX
i: Apoptosis regulator BAX
j: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,06752
ポリマ－323,00036
非ポリマー1,06716
水68538
1
A: Apoptosis regulator BAX
B: Apoptosis regulator BAX
C: Apoptosis regulator BAX
D: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,27510
ポリマ－35,8894
非ポリマー3866
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Q: Apoptosis regulator BAX
R: Apoptosis regulator BAX
S: Apoptosis regulator BAX
T: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8894
ポリマ－35,8894
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Apoptosis regulator BAX
H: Apoptosis regulator BAX
U: Apoptosis regulator BAX
V: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8894
ポリマ－35,8894
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: Apoptosis regulator BAX
F: Apoptosis regulator BAX
I: Apoptosis regulator BAX
J: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,31210
ポリマ－35,8894
非ポリマー4236
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
K: Apoptosis regulator BAX
L: Apoptosis regulator BAX
M: Apoptosis regulator BAX
N: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0166
ポリマ－35,8894
非ポリマー1272
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
O: Apoptosis regulator BAX
P: Apoptosis regulator BAX
W: Apoptosis regulator BAX
X: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8894
ポリマ－35,8894
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
Y: Apoptosis regulator BAX
Z: Apoptosis regulator BAX
a: Apoptosis regulator BAX
b: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8894
ポリマ－35,8894
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
c: Apoptosis regulator BAX
d: Apoptosis regulator BAX
e: Apoptosis regulator BAX
f: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9545
ポリマ－35,8894
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
g: Apoptosis regulator BAX
h: Apoptosis regulator BAX
i: Apoptosis regulator BAX
j: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9545
ポリマ－35,8894
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.355, 141.355, 110.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 ...
Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 8972.228 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAX, BCL2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07812
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M NaMES pH 5.6, 27% PEG MME550, 0.01 M Zinc sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.27 Å / Num. obs: 108680 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.788 / Num. measured all: 28318 / Num. unique obs: 5174 / CC1/2: 0.464 / Rpim(I) all: 0.829 / Rrim(I) all: 1.973 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→35.43 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2562 1992 1.83 %
Rwork0.2289 --
obs0.2294 108680 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18907 0 40 38 18985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01219242
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67625863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1696807
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342913
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.33741400.32067315X-RAY DIFFRACTION95
2.36-2.420.34361440.30557680X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.490.33251400.28387606X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.580.29861420.27897617X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.670.36941420.28077693X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.770.34261420.27487649X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.90.30951450.26167616X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.050.28011440.27917644X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.240.26711440.25937639X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.490.26961380.2457669X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.840.23981400.20887628X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.40.24571440.20167675X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.540.23351440.19877614X-RAY DIFFRACTION100
5.54-35.430.21430.19677643X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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