PDB-8su5: F198T epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+, inorganic pyr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8su5

タイトル

F198T epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+, inorganic pyrophosphate, and benzyl triethyl ammonium cation

要素

Epi-isozizaene synthase

キーワード

LYASE / Terpene / Terpenoid / Isoprenoid / Terpene cyclase / Terpene synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor A3

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Eaton, S.A. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Reprogramming the Cyclization Cascade of epi -Isozizaene Synthase to Generate Alternative Terpene Products.
著者: Eaton, S.A. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2023年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8su5.cif.gz	179.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8su5.ent.gz	121.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8su5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/8su5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/8su5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8su0C 8su1C 8su2C 8su3C 8su4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
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硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Epi-isozizaene synthase

ヘテロ分子

44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.261, 47.238, 75.154
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.394, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Epi-isozizaene synthase / EIZS / Sesquiterpene cyclase / Sesquiterpene synthase 分子量: 43669.941 Da / 分子数: 1 / 変異: F198T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) 遺伝子: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K499, epi-isozizaene synthase

#1: タンパク質

Epi-isozizaene synthase / EIZS / Sesquiterpene cyclase / Sesquiterpene synthase

分子量: 43669.941 Da / 分子数: 1 / 変異: F198T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
遺伝子: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K499, epi-isozizaene synthase

-
非ポリマー , 6種, 294分子

#2: 化合物	ChemComp-BTM / N-benzyl-N,N-diethylethanaminium / ベンジルトリエチルアミニウム分子量: 192.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₂N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Bis-Tris (pH 6.3), 200 mM (NH4)2SO4, 30% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→29.33 Å / Num. obs: 116473 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.85 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.48→1.51 Å / R_merge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2826 / CC_1/2: 0.72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.48→29.33 Å / SU ML: 0.1621 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.384 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1787	3776	3.24 %
R_work	0.1676	112697	-
obs	0.1679	116473	96.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→29.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2702	0	37	287	3026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0119	2822
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2221	3856
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0899	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	495
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.1201	984

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.5	0.3154	129	0.2876	3594	X-RAY DIFFRACTION	84.29
1.5-1.52	0.313	135	0.2653	4103	X-RAY DIFFRACTION	94.68
1.52-1.54	0.2634	140	0.2567	4095	X-RAY DIFFRACTION	95.23
1.54-1.56	0.2578	140	0.2398	4207	X-RAY DIFFRACTION	95.66
1.56-1.59	0.2631	141	0.2339	4146	X-RAY DIFFRACTION	95.54
1.59-1.61	0.2718	142	0.2234	4154	X-RAY DIFFRACTION	95.3
1.61-1.64	0.2188	140	0.2125	4122	X-RAY DIFFRACTION	95.45
1.64-1.67	0.2364	141	0.204	4195	X-RAY DIFFRACTION	96.33
1.67-1.7	0.2028	141	0.1896	4129	X-RAY DIFFRACTION	95.08
1.7-1.73	0.2363	135	0.1806	4169	X-RAY DIFFRACTION	96.42
1.73-1.76	0.2133	137	0.1797	4175	X-RAY DIFFRACTION	96.81
1.76-1.8	0.2417	143	0.1805	4209	X-RAY DIFFRACTION	97.12
1.8-1.84	0.1905	139	0.1748	4256	X-RAY DIFFRACTION	97.06
1.84-1.89	0.2048	144	0.1704	4234	X-RAY DIFFRACTION	97.07
1.89-1.94	0.205	139	0.1659	4153	X-RAY DIFFRACTION	96.95
1.94-2	0.1777	142	0.1679	4205	X-RAY DIFFRACTION	97.07
2-2.06	0.1856	139	0.1616	4227	X-RAY DIFFRACTION	97.07
2.06-2.14	0.1752	140	0.1601	4224	X-RAY DIFFRACTION	96.44
2.14-2.22	0.1694	135	0.1594	4183	X-RAY DIFFRACTION	95.89
2.22-2.32	0.1507	145	0.1495	4188	X-RAY DIFFRACTION	97.44
2.32-2.45	0.1616	138	0.1585	4189	X-RAY DIFFRACTION	96.78
2.45-2.6	0.1648	144	0.165	4286	X-RAY DIFFRACTION	98.69
2.6-2.8	0.2081	139	0.1703	4275	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.8-3.08	0.1923	141	0.1747	4280	X-RAY DIFFRACTION	98.53
3.08-3.53	0.1506	141	0.1628	4231	X-RAY DIFFRACTION	97.63
3.53-4.44	0.1397	141	0.1343	4228	X-RAY DIFFRACTION	96.98
4.44-29.33	0.1374	145	0.1461	4240	X-RAY DIFFRACTION	98.08

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.86387339756	-1.25885820189	0.35726131625	3.33234414205	0.278091491025	1.64759830411	0.0938434246785	0.188980199094	0.0256974560497	-0.219083027706	-0.0535676639189	-0.170266723564	-0.0895207226923	0.210026250114	-0.0427468073857	0.118867400817	-0.016637904767	0.0162651963221	0.174081212274	0.0144400664032	0.131931214126	7.76290196136	4.79737104126	2.32677457849
2	0.799515896217	-0.278185788449	-1.45739763378	1.54598136262	0.684616572231	2.85868646073	0.125678783402	-0.203553058927	0.153054849185	0.135407232235	-0.0350645927916	-0.117500379455	-0.432164003185	0.350487525782	-0.0595638204533	0.263371530463	-0.0619406188181	-0.0122680684773	0.151930420288	-0.0185199138236	0.191479512337	8.7022941096	16.9933754021	22.6293325858
3	1.17144388362	0.136790736691	0.46992325081	0.497812824231	-0.41223476454	3.67118288936	0.0345995830564	-0.0354998152214	-0.00110429124488	0.0403055409529	-0.0408778807985	-0.00173703861049	-0.0618480992308	0.0923364463745	0.0164461686506	0.105491574446	-0.0047514498418	-0.00114924238079	0.0653188392112	-0.00155404043286	0.113753651083	3.18693249439	7.15197896681	20.7846519595
4	3.24052488893	-0.669259221248	0.426608351197	1.62190350474	-0.226506699475	3.10077464916	-0.0213170090539	-0.282816208625	-0.0710739436601	0.241998665126	-0.0847831605249	-0.0549357208998	0.129699446486	0.271058702552	0.0830070516941	0.188749128987	0.000622969030466	0.00196842306059	0.120033105036	0.0187545803451	0.114032407018	3.03347396606	-1.22112059242	36.9716911373
5	2.18062607789	-0.071145590164	0.754231355113	0.960851050637	0.0116724386248	2.84985848103	-0.00394352573441	-0.18198783496	0.059564370676	0.12876336751	-0.0418548869747	-0.0116596607534	-0.179536593883	-0.217872521065	0.0829464216775	0.171820281436	0.0154813189129	0.00891378937838	0.113097682031	-0.0222631360981	0.154556295188	-5.76964266348	9.83851058465	31.1529541762
6	3.96429705844	-1.13710371169	0.892396506608	1.28983610125	-0.393614327957	2.57557129066	0.00676588844509	-0.142030968834	-0.0821492674526	0.0954628690671	-0.0803011472303	-0.0412539758433	0.391725545826	0.0301973182268	0.0310028294733	0.187116563169	-0.00188021890315	0.017720194494	0.0853324829219	0.0197646673817	0.12244275953	-1.61449123634	-5.27944833012	27.6165227967
7	1.62059727377	-1.02114538911	-0.141687292501	2.27443950837	-0.549462670616	0.543211283411	-0.198549126537	-0.0957661273055	-0.278669120375	-0.0670011637215	0.0755788840023	-0.172276989502	0.842662397754	0.126215828306	-0.0358097853312	0.391577071003	0.0814880406745	0.0511012919423	0.121630259842	0.0140329804109	0.219101501659	5.35115045463	-12.6380745372	20.3998425857
8	1.5593828571	-0.0690134244028	0.473175039093	1.72948314257	0.202436582558	2.58014864693	-0.0542802649084	0.011076600711	-0.0808066773622	0.0436777842767	-0.0326335679044	0.154186801761	0.233932387534	-0.440402222254	0.101778825121	0.121684289101	-0.0244026648729	0.0231970681332	0.17075906376	-0.0143710818107	0.131608028362	-11.8368936701	-0.575329863764	14.5049259682
9	3.79914981855	-0.192283253772	0.450886542524	0.803180461256	0.156303238649	1.76340338293	-0.0820900657503	0.0506104099585	-0.190874360287	0.0411656337205	0.0250907277986	-0.030851998317	0.273274635957	0.136251436587	0.0126400264291	0.148775916187	0.0226795631945	0.0116957709535	0.083540586497	-0.00170970150636	0.116085127893	5.45760304457	-5.85924880828	11.8338089982
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13	4.05525802278	-0.0359613268529	1.18229035611	2.73553909883	-0.520971666124	1.81854828703	-0.112820543001	-0.217366874471	0.139616067809	0.183098298241	-0.0198799656428	-0.407970229015	-0.0326572181756	0.720413052549	0.0940934241927	0.128651237614	0.00351052023991	-0.0238948770493	0.308518140993	0.00890720476076	0.196134231657	20.524503829	4.87476986873	21.5830716208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 107 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 108 through 126 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 127 through 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 181 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 182 through 199 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 200 through 222 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 223 through 250 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 251 through 268 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 269 through 301 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 302 through 335 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 336 through 355 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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