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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8su5 | ||||||
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タイトル | F198T epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+, inorganic pyrophosphate, and benzyl triethyl ammonium cation | ||||||
![]() | Epi-isozizaene synthase | ||||||
![]() | LYASE / Terpene / Terpenoid / Isoprenoid / Terpene cyclase / Terpene synthase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor A3 | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eaton, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Reprogramming the Cyclization Cascade of epi -Isozizaene Synthase to Generate Alternative Terpene Products. 著者: Eaton, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43669.941 Da / 分子数: 1 / 変異: F198T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 294分子 ![](data/chem/img/BTM.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
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![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-BTM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-POP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Bis-Tris (pH 6.3), 200 mM (NH4)2SO4, 30% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→29.33 Å / Num. obs: 116473 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 15.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2826 / CC1/2: 0.72 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→29.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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