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- PDB-8su2: F96H epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+ and risedronate -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8su2 | ||||||
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Title | F96H epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+ and risedronate | ||||||
![]() | Epi-isozizaene synthase | ||||||
![]() | LYASE / Terpene / Terpenoid / Isoprenoid / Terpene cyclase / terpene synthase | ||||||
Function / homology | epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / : / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / metal ion binding / Chem-RIS / Epi-isozizaene synthase![]() | ||||||
Biological species | Streptomyces coelicolor A3 | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eaton, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Reprogramming the Cyclization Cascade of epi -Isozizaene Synthase to Generate Alternative Terpene Products. Authors: Eaton, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 176.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 119.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8su0C ![]() 8su1C ![]() 8su3C ![]() 8su4C ![]() 8su5C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 43706.984 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F96H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 253 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/RIS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/RIS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-GOL / | ||
#4: Chemical | ChemComp-RIS / | ||
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Bis-Tris (pH 6.5), 200 mM (NH4)2SO4, 30% (w/v) PEG 3350, 100 mM NaBr |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 18, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.33→51.04 Å / Num. obs: 79951 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 12.72 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.33→1.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3937 / CC1/2: 0.894 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.33→51.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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