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- PDB-8su4: F198S epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+, inorganic pyr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8su4 | ||||||
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Title | F198S epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+, inorganic pyrophosphate, and benzyl triethyl ammonium cation | ||||||
![]() | Epi-isozizaene synthase | ||||||
![]() | LYASE / Terpene / Terpenoid / Isoprenoid / Terpene cyclase / Terpene synthase | ||||||
Function / homology | ![]() epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / terpene synthase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces coelicolor A3 | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eaton, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Reprogramming the Cyclization Cascade of epi -Isozizaene Synthase to Generate Alternative Terpene Products. Authors: Eaton, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 191.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 123.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8su0C ![]() 8su1C ![]() 8su2C ![]() 8su3C ![]() 8su5C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 43655.918 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F198S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 214 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/BTM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/BTM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-POP / | #6: Chemical | ChemComp-BTM / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Bis-Tris (pH 6.4), 200 mM (NH4)2SO4, 28% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.43→75.13 Å / Num. obs: 67562 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.43→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3292 / CC1/2: 0.719 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.43→75.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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