PDB-8su3: F95S epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+, inorganic pyro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8su3

タイトル

F95S epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+, inorganic pyrophosphate, and benzyl triethyl ammonium cation

要素

Epi-isozizaene synthase

キーワード

LYASE / Terpene / Terpenoid / Isoprenoid / Terpene cyclase / Terpene synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / terpene synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor A3

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Eaton, S.A. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Reprogramming the Cyclization Cascade of epi -Isozizaene Synthase to Generate Alternative Terpene Products.
著者: Eaton, S.A. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2023年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8su3.ent.gz	121.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8su3_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8su3_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	8su3_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	8su3_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/8su3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/8su3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8su0C 8su1C 8su2C 8su4C 8su5C C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Epi-isozizaene synthase

ヘテロ分子

44.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.593, 46.811, 75.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.898, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Epi-isozizaene synthase / EIZS / Sesquiterpene cyclase / Sesquiterpene synthase 分子量: 43655.914 Da / 分子数: 1 / 変異: F95S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) 遺伝子: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K499, epi-isozizaene synthase

#1: タンパク質

Epi-isozizaene synthase / EIZS / Sesquiterpene cyclase / Sesquiterpene synthase

分子量: 43655.914 Da / 分子数: 1 / 変異: F95S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
遺伝子: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K499, epi-isozizaene synthase

-
非ポリマー , 6種, 307分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-BTM / N-benzyl-N,N-diethylethanaminium / ベンジルトリエチルアミニウム分子量: 192.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₂N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.34 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Bis-Tris (pH 6.6), 200 mM (NH4)2SO4, 30% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→74.54 Å / Num. obs: 87503 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 12.81 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.29→1.31 Å / R_merge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4199 / CC_1/2: 0.805

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.29→74.54 Å / SU ML: 0.1172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.4413 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1615	4277	4.89 %
R_work	0.1504	83193	-
obs	0.151	87470	97.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→74.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2728	0	43	299	3070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	2883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1248	3946
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	416
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.4557	1026

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.29-1.3	0.2518	138	0.2425	2692	X-RAY DIFFRACTION	95.06
1.3-1.32	0.2527	159	0.2296	2707	X-RAY DIFFRACTION	96.56
1.32-1.34	0.2245	157	0.224	2703	X-RAY DIFFRACTION	96.52
1.34-1.35	0.2399	143	0.2033	2723	X-RAY DIFFRACTION	96.82
1.35-1.37	0.2402	149	0.1963	2722	X-RAY DIFFRACTION	96.63
1.37-1.39	0.2058	135	0.1931	2783	X-RAY DIFFRACTION	97.23
1.39-1.41	0.1791	141	0.1781	2738	X-RAY DIFFRACTION	97.59
1.41-1.43	0.1885	137	0.1723	2797	X-RAY DIFFRACTION	98.29
1.43-1.45	0.1855	140	0.1697	2794	X-RAY DIFFRACTION	98.13
1.45-1.48	0.1719	141	0.1629	2758	X-RAY DIFFRACTION	98.04
1.48-1.5	0.1959	151	0.1629	2770	X-RAY DIFFRACTION	98.48
1.5-1.53	0.2104	133	0.1631	2799	X-RAY DIFFRACTION	98.22
1.53-1.56	0.1664	140	0.1493	2809	X-RAY DIFFRACTION	98.63
1.56-1.59	0.1646	143	0.1498	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.59-1.62	0.1614	166	0.1395	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.62-1.66	0.1484	135	0.1409	2836	X-RAY DIFFRACTION	99.17
1.66-1.7	0.1524	142	0.1397	2795	X-RAY DIFFRACTION	98.92
1.7-1.75	0.1653	147	0.1376	2807	X-RAY DIFFRACTION	98.83
1.75-1.8	0.1643	149	0.1464	2821	X-RAY DIFFRACTION	98.8
1.8-1.86	0.1667	138	0.1408	2766	X-RAY DIFFRACTION	98.91
1.86-1.93	0.1548	172	0.1398	2799	X-RAY DIFFRACTION	98.54
1.93-2	0.1573	140	0.142	2795	X-RAY DIFFRACTION	98.66
2-2.09	0.1575	139	0.1422	2789	X-RAY DIFFRACTION	97.63
2.09-2.21	0.1485	154	0.1431	2789	X-RAY DIFFRACTION	97.68
2.21-2.34	0.1555	122	0.1375	2786	X-RAY DIFFRACTION	96.36
2.34-2.52	0.1692	132	0.152	2739	X-RAY DIFFRACTION	96.34
2.52-2.78	0.155	148	0.1555	2728	X-RAY DIFFRACTION	95.11
2.78-3.18	0.1536	126	0.1481	2734	X-RAY DIFFRACTION	94.76
3.18-4.01	0.1377	139	0.1365	2777	X-RAY DIFFRACTION	95.64
4.01-74.54	0.143	121	0.1483	2838	X-RAY DIFFRACTION	94.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.447241788191	-0.000655716466536	-0.0727436983163	0.561199283819	-0.123700282318	0.796236637551	-0.00554929603627	-0.0231669217033	0.0307337467842	0.0662163832573	-0.0218731560354	-0.0374849944872	-0.074967303179	0.0760284762592	0.0282132583981	0.124619920359	-0.00834198993835	-0.00554156765103	0.112452564554	-0.00371582561813	0.112376883584	4.82196249548	7.60623781721	20.8135044705
2	1.5460392491	0.38535447702	0.907464777608	1.10912963829	0.162527020354	2.02148671074	0.0113228050716	-0.114318377451	-0.00200080851337	0.169595344642	-0.0417736056875	0.0146927717621	-0.0419759342582	-0.159230202707	0.0405974261082	0.143351394478	0.0070243787298	0.0208033954422	0.115283421512	-0.0179458143175	0.113442114417	-7.00654879198	9.72056453567	30.928350779
3	3.71786960962	-1.53738406788	1.41406536341	1.3183044927	-0.424063457456	1.5581630925	0.0086761212785	-0.0677201909548	-0.0688840475518	0.0986542544401	-0.00232015123668	0.0335628211001	0.116733591928	-0.0129217120987	-0.021388169439	0.14700995501	-0.0148997843747	0.0134045090841	0.103389631936	0.00553665160028	0.0940189672435	-3.1084972568	-5.22650087154	27.3428286129
4	4.97721162523	-2.51677675876	0.1803820316	6.19887418083	-1.34736193099	2.52318776862	-0.0991921942551	-0.0786534731649	-0.247306382297	0.0713275316354	0.108144863244	-0.0937769733557	0.2184675114	-0.00152674867473	-0.0130802817361	0.146303914948	-0.00663207848185	0.00672342017139	0.090566144595	-0.0033515877468	0.100988201708	4.3186156273	-12.9835798393	20.4352123887
5	2.07190735547	-0.855744309639	0.253507117713	2.20653979851	-0.13651950441	1.73447124241	-0.0611370725894	0.00795627659638	0.00825610870004	0.0475560379196	0.0060688871647	0.142826207675	0.0795276035318	-0.225401362884	0.0440648083725	0.113860076665	-0.0197463069772	0.013088255883	0.138578714744	-0.00899787133918	0.104528993357	-12.2925065848	-0.257870995048	14.0213180705
6	4.41930515179	-0.581510673719	0.927486034141	0.727456284716	-0.137174482995	1.10412455651	0.00263982720431	-0.0138864263371	-0.152209251887	0.0122711829827	0.0107723097454	-0.0344549794256	0.0722842808568	0.0468944976649	-0.019431118227	0.119138538024	-0.00922106816888	0.00637873061627	0.0874852358759	-0.00349683079369	0.0901659719058	4.30254318031	-6.28190000704	12.1204239445
7	3.90043127727	-1.19493906016	-0.749954207452	3.64854053932	-0.405929991631	2.98044742138	-0.0509924116399	0.0736265369516	-0.338090208756	0.0946401001889	-0.0205405676109	-0.1054030829	0.329530421872	0.354103314356	0.02970156785	0.156950824549	0.0310491611846	0.000423020157731	0.173917897212	-0.00566876998157	0.174468286997	14.7720352278	-15.3330927236	18.6832437133
8	5.83922087186	-2.17530636374	1.97652444736	1.67782706855	-0.620165286829	2.54520241318	0.0841174475964	0.193014026353	-0.069142445675	-0.0790705873591	-0.045772111783	-0.0120292726838	0.148011956085	0.144833613182	-0.0559767162697	0.154721418078	-0.019781822396	0.0118125895115	0.106771598733	-0.019637823572	0.121700336538	0.156900388518	-8.71100795402	2.66115982673
9	6.17009140312	-0.0540774722719	0.664144533818	1.01131044274	-0.0457950164964	1.08339160288	-0.0329916568599	0.164805203319	0.0709688111298	-0.0575933431725	0.0200562754805	0.0829572102357	-0.0336610102415	-0.0878138188726	0.00866390671065	0.113843034646	-0.00445207660591	-0.00522615228441	0.0959120332238	0.00137357503691	0.0690823723191	-6.37526653011	3.50077622464	5.72292796107
10	5.88148259353	0.0558936236445	2.07339992115	3.86125697886	-0.776112970349	2.19461715922	0.00824435477016	-0.0629502532609	0.0355551707371	0.150607520438	-0.027981016851	-0.175098154909	-0.042729892024	0.284405536724	0.0154140616104	0.122405207312	-0.0172282399666	0.00133709393484	0.165641074754	-0.00552649066892	0.136547474392	19.8595788855	3.9549555533	22.6299081622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 126 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 127 through 154 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 155 through 181 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 182 through 199 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 200 through 222 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 223 through 250 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 251 through 268 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 269 through 301 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 302 through 335 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 336 through 355 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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