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Yorodumi- PDB-8su1: F96H epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+ and pamidronate -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8su1 | ||||||
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Title | F96H epi-Isozizaene Synthase: complex with 3 Mg2+ and pamidronate | ||||||
Components | Epi-isozizaene synthase | ||||||
Keywords | LYASE / Terpene / Terpenoid / Isoprenoid / Terpene cyclase / Terpene synthase | ||||||
Function / homology | epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / : / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / metal ion binding / PAMIDRONATE / Epi-isozizaene synthase Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces coelicolor A3 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.37 Å | ||||||
Authors | Eaton, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2023 Title: Reprogramming the Cyclization Cascade of epi -Isozizaene Synthase to Generate Alternative Terpene Products. Authors: Eaton, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8su1.cif.gz | 176 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8su1.ent.gz | 119.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8su1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/8su1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/8su1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8su0C 8su2C 8su3C 8su4C 8su5C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43706.984 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F96H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces coelicolor A3(2) (bacteria) Gene: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9K499, epi-isozizaene synthase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-210 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Bis-Tris (pH 7.0), 200 mM (NH4)2SO4, 26% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 18, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.37→74 Å / Num. obs: 74716 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 12.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.37→1.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 3544 / CC1/2: 0.927 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.37→39.78 Å / SU ML: 0.109 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 15.3298 / Stereochemistry target values: CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.37→39.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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