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万見
- PDB-8ste: Cryo-EM structure of NKCC1 Fu_CTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ste
タイトルCryo-EM structure of NKCC1 Fu_CTD
要素Solute carrier family 12 member 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / cotransporter / dimer / ion / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 12 member 1/2 / Solute carrier family 12 member 2 / Amino acid permease, N-terminal / Amino acid permease N-terminal / SLC12A transporter family / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FUN / Solute carrier family 12 member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Moseng, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RES224174 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Inhibition mechanism of NKCC1 involves the carboxyl terminus and long-range conformational coupling.
著者: Mitchell A Moseng / Chih-Chia Su / Kerri Rios / Meng Cui / Meinan Lyu / Przemyslaw Glaza / Philip A Klenotic / Eric Delpire / Edward W Yu /
要旨: The Na-K-2Cl cotransporter-1 (NKCC1) is an electroneutral Na-dependent transporter responsible for simultaneously translocating Na, K, and Cl ions into cells. In human tissue, NKCC1 plays a critical ...The Na-K-2Cl cotransporter-1 (NKCC1) is an electroneutral Na-dependent transporter responsible for simultaneously translocating Na, K, and Cl ions into cells. In human tissue, NKCC1 plays a critical role in regulating cytoplasmic volume, fluid intake, chloride homeostasis, and cell polarity. Here, we report four structures of human NKCC1 (hNKCC1), both in the absence and presence of loop diuretic (bumetanide or furosemide), using single-particle cryo-electron microscopy. These structures allow us to directly observe various novel conformations of the hNKCC1 dimer. They also reveal two drug-binding sites located at the transmembrane and cytosolic carboxyl-terminal domains, respectively. Together, our findings enable us to delineate an inhibition mechanism that involves a coupled movement between the cytosolic and transmembrane domains of hNKCC1.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_recording / Item: _em_image_recording.film_or_detector_model
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 12 member 2
B: Solute carrier family 12 member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0424
ポリマ－90,3812
非ポリマー6612
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 12 member 2


分子量: 45190.438 Da / 分子数: 2 / 断片: NKCC1 Fu_CTD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC12A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8C9GPS0
#2: 化合物 ChemComp-FUN / 5-(AMINOSULFONYL)-4-CHLORO-2-[(2-FURYLMETHYL)AMINO]BENZOIC ACID / Furosemide / フロセミド


分子量: 330.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11ClN2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NKCC1_Fu_CTD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 304440 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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