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- PDB-8spf: Crystal structure of Bax core domain BH3-groove dimer - hexameric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8spf
タイトルCrystal structure of Bax core domain BH3-groove dimer - hexameric fraction with 2-stearoyl lysoPC
要素Apoptosis regulator BAX
キーワードAPOPTOSIS / BAX / BCL2
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / positive regulation of B cell apoptotic process / NTRK3 as a dependence receptor / Sertoli cell proliferation / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / development of secondary sexual characteristics / glycosphingolipid metabolic process / B cell homeostatic proliferation / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / retinal cell programmed cell death / B cell negative selection / BAK complex / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / Transcriptional regulation by RUNX2 / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / B cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / fertilization / calcium ion transport into cytosol / motor neuron apoptotic process / mitochondrial fusion / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / execution phase of apoptosis / apoptotic mitochondrial changes / hypothalamus development / thymocyte apoptotic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / pore complex / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / odontogenesis of dentin-containing tooth / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / germ cell development / BH3 domain binding / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / blood vessel remodeling / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to axon injury / Pyroptosis / cellular response to unfolded protein / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of fibroblast proliferation / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / supramolecular fiber organization / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / homeostasis of number of cells within a tissue / response to salt stress / release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of protein binding / Hsp70 protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of mitochondrial membrane potential / kidney development / response to gamma radiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / apoptotic signaling pathway / cerebral cortex development / cellular response to virus / response to toxic substance / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron migration / cellular response to UV / positive regulation of neuron apoptotic process / nuclear envelope / channel activity / retina development in camera-type eye / regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / DODECANE / nonane / N-OCTANE / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cowan, A.D. / Miller, M.S. / Czabotar, P.E. / Colman, P.M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Sequence differences between BAX and BAK core domains manifest as differences in their interactions with lipids.
著者: Miller, M.S. / Cowan, A.D. / Brouwer, J.M. / Smyth, S.T. / Peng, L. / Wardak, A.Z. / Uren, R.T. / Luo, C. / Roy, M.J. / Shah, S. / Tan, Z. / Reid, G.E. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Apoptosis regulator BAX
D: Apoptosis regulator BAX
A: Apoptosis regulator BAX
B: Apoptosis regulator BAX
E: Apoptosis regulator BAX
F: Apoptosis regulator BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,72915
ポリマ－53,8336
非ポリマー8959
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15060 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.134, 83.884, 100.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 CDABEF

#1: タンパク質
Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 8972.228 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAX, BCL2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07812

-
非ポリマー , 6種, 24分子

#2: 化合物 ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#6: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 1.4 M trisodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 26715 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 15.83
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.2-2.332.01640560.32.2791
2.33-2.491.12639970.6291.2241
2.49-2.690.58537700.8690.6331
2.69-2.950.31734830.9570.3441
2.95-3.290.13531530.9920.1471
3.29-3.80.0628180.9980.0661
3.8-4.650.03823890.9990.0411
4.65-6.530.03219040.9990.0351
6.53-500.022114510.0251

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3965: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→44.32 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3055 1992 7.5 %
Rwork0.2526 --
obs0.2566 26576 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3200 0 59 15 3274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0013321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3784450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8951166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.250.45021250.42291506X-RAY DIFFRACTION85
2.25-2.320.32981360.37571685X-RAY DIFFRACTION98
2.32-2.380.39131410.33931739X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.460.34231430.30891771X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.550.3441430.28731756X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.650.30061410.28591759X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.770.31751430.29361750X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.920.3581430.30431768X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.10.3661430.2991770X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.340.32091440.26091766X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.670.28941450.25771788X-RAY DIFFRACTION100
3.67-4.20.28931440.22911794X-RAY DIFFRACTION100
4.21-5.30.28321470.2251819X-RAY DIFFRACTION100
5.3-44.320.29831540.2381913X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.35663.66783.86218.25816.91721.99253.6201-5.064710.53951.1084-0.67745.0064-5.70160.2463-4.56281.3656-0.53860.72291.991-0.16252.53176.21817.94632.269
24.0775.3369-3.95927.2155-5.39687.6035-0.479-0.7134-1.1526-0.4088-0.2339-3.69980.01461.44331.01320.7933-0.02770.08350.98880.16830.88435.4224.12124.843
33.1640.91370.07588.3621-2.71127.0177-0.1593-0.26540.3986-0.56350.08880.9029-1.44860.10640.04340.7098-0.0009-0.06160.73070.19770.5949-3.6667.45231.276
42.2289-0.27820.23649.6433-2.78294.03160.653-0.1795-0.69790.5187-0.9673-1.9812-0.571.15040.26680.5264-0.00630.08020.94590.1490.55931.775-4.41834.298
52.69091.00783.59743.11062.11764.0761-0.23950.07590.10610.50080.86260.6425-0.25230.5234-0.36840.48560.06670.10320.81430.04450.7672-22.378-7.37335.112
64.05273.57121.79743.50071.85513.3643-1.8899-1.69870.37811.0977-0.5333-0.6318-1.3669-4.36882.25171.22810.0333-0.10511.0401-0.25691.2953-16.6254.76244.04
74.28250.81582.04386.31721.59324.0412-0.61710.37750.9556-0.94070.23270.29840.32240.57180.31030.68820.05050.04670.70890.0760.5085-13.082-3.87730.69
85.009-4.259-4.26916.73377.00836.33420.06890.15210.7150.07130.402-1.84610.35370.6846-0.34320.66690.0253-0.10280.7995-0.06490.91115.12210.8836.767
93.67270.169-4.34435.4135-1.08035.09080.25070.8531-0.20620.10370.02050.5214-1.3853-1.0236-0.36680.76850.17770.01640.7665-0.00510.7307-15.21624.65610.531
106.71124.74613.15647.60533.28524.9430.2432-0.0260.17710.0211-0.32960.581-0.9309-0.89380.09630.44720.03250.06670.6135-0.04470.4541-14.12115.4649.316
113.1782-4.2289-0.38844.67412.14885.86230.35870.2882-0.2678-1.3383-0.21120.3364-1.0274-0.7449-0.08130.610.0557-0.05680.8103-0.09710.7332-12.43419.6781.382
123.8962-1.75964.92767.8304-4.50177.11740.08620.9923-0.614-0.6413-0.3521-0.02611.75942.07960.52820.80050.2357-0.04760.9263-0.10190.73882.4780.6568.07
137.81520.4003-2.46035.382-0.91839.57440.43950.3895-0.38250.5012-0.0761-0.34661.02670.0824-0.30350.54240.0614-0.12780.40480.04380.3704-1.178.67612.682
144.81094.27744.12896.18225.28994.979-0.9313.51751.9707-2.178-2.26512.50150.03091.19432.90051.5045-0.07160.09681.60740.30641.2862-37.0229.76916.403
154.0003-4.16870.174410.4525-2.18247.0901-0.8114-0.55571.16530.62511.09260.1076-0.8736-0.7136-0.10890.72540.1994-0.0290.8926-0.00630.9714-29.9738.70333.235
164.58773.8294-1.16457.85172.49395.0315-0.9978-0.36140.503-0.10850.35463.53811.7146-0.70021.28251.00330.118-0.11681.25170.22761.1763-38.4815.55332.412
176.7345-2.4199-1.0319.34627.81866.63750.04050.43520.36170.8385-0.5218-0.00940.1819-1.29510.39031.3813-0.26730.02581.50450.30240.7907-28.627.0469.523
186.7312-1.7982-0.27017.1919-4.51756.6662-0.7379-1.3699-0.70161.64731.81913.05331.04190.2967-2.08911.1227-0.35170.0012.0980.270.7684-26.0565.51317.942
197.53983.1365-4.25457.4723-4.64059.10531.2611-1.64630.30711.459-1.01860.082-0.71811.1573-0.2410.6094-0.08170.02430.9442-0.02380.5519-9.56-2.21842.584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN E AND RESID 82:87 )E82 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN E AND RESID 88:106 )E88 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN E AND RESID 107:126 )E107 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN F AND RESID 50:81 )F50 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN F AND RESID 82:99 )F82 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 100:106 )F100 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN F AND RESID 107:126 )F107 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 53:72 )A53 - 72
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 73:99 )A73 - 99
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 100:124 )A100 - 124
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 54:72 )B54 - 72
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 73:99 )B73 - 99
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 100:124 )B100 - 124
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 59:72 )C59 - 72
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 73:124 )C73 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 54:73 )D54 - 73
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 74:106 )D74 - 106
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 107:121 )D107 - 121
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 49:81 )E49 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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