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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8smg | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of SPO1 phage Tad2 in complex with 1''-2' gcADPR | ||||||||||||||||||
要素 | Gp34.65 | ||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / gcADPR / Thoeris / anti-phage | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF2829 / Protein of unknown function (DUF2829) / metal ion binding / Chem-MF6 / Thoeris anti-defense 2 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Okubovirus (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. ...Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||||||||||||||
資金援助 | European Union, イスラエル, ドイツ, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Phages overcome bacterial immunity via diverse anti-defence proteins. 著者: Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Lu, A. / Ragucci, A.E. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Kranzusch, P.J. / Amitai, G. / Sorek, R. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8smg.cif.gz | 97.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8smg.ent.gz | 61.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8smg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10125.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Okubovirus (ウイルス) / 遺伝子: 34.65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6V311 #2: 化合物 | ChemComp-MF6 / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.15 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, glycerol, ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→39.29 Å / Num. obs: 15065 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.5 % / Biso Wilson estimate: 53.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 26.8 % / Num. unique obs: 1204 / CC1/2: 0.743 / Rpim(I) all: 0.719 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8SME 解像度: 2.1→39.29 Å / SU ML: 0.2866 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.9576 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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