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- PDB-8smf: Structure of SPO1 phage Tad2 in complex with 1''-3' gcADPR -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8smf

タイトル

Structure of SPO1 phage Tad2 in complex with 1''-3' gcADPR

要素

Gp34.65

キーワード

VIRAL PROTEIN / gcADPR / Thoeris / anti-phage

機能・相同性

Protein of unknown function DUF2829 / Thoeris anti-defense 2-like domain / metal ion binding / Chem-OJC / Thoeris anti-defense 2

機能・相同性情報

生物種

Okubovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. ...

資金援助

European Union,

イスラエル,

ドイツ,

米国, 5件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)		European Union
Israel Science Foundation		イスラエル
German Research Foundation (DFG)		ドイツ
The Pew Charitable Trusts		米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation		米国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Phages overcome bacterial immunity via diverse anti-defence proteins.
著者: Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Lu, A. / Ragucci, A.E. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Kranzusch, P.J. / Amitai, G. / Sorek, R.

履歴

登録	2023年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8smf.cif.gz	342.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8smf.ent.gz	231.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8smf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8smdC 8smeSC 8smgC 8ttoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

-
集合体

登録構造単位

B: Gp34.65

C: Gp34.65

F: Gp34.65

A: Gp34.65

D: Gp34.65

E: Gp34.65

H: Gp34.65

G: Gp34.65

ヘテロ分子

83.2 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

B: Gp34.65

C: Gp34.65

A: Gp34.65

D: Gp34.65

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

F: Gp34.65

E: Gp34.65

H: Gp34.65

G: Gp34.65

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.389, 82.472, 90.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.880, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-249- HOH
2	1	F-252- HOH
3	1	A-250- HOH
4	1	A-254- HOH

-
要素

#1: タンパク質	Gp34.65 分子量: 10125.479 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Okubovirus (ウイルス) / 遺伝子: 34.65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6V311
#2: 化合物	ChemComp-OJC / (2R,3R,3aS,5S,6R,7S,8R,11R,13S,15aR)-2-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,6,7,11,13-pentahydroxyoctahydro-2H,5H,11H,13H-5,8-epoxy-11lambda~5~,13lambda~5~-furo[2,3-g][1,3,5,9,2,4]tetraoxadiphosphacyclotetradecine-11,13-dione 分子量: 541.300 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₁N₅O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: magnesium nitrate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46.06 Å / Num. obs: 65939 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.77 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3546 / CC_1/2: 0.634 / R_pim(I) all: 0.63 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8SME

8sme

解像度: 1.75→46.06 Å / SU ML: 0.2375 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.1768
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2414	1995	3.04 %
R_work	0.2077	63719	-
obs	0.2088	65714	98.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5054	0	142	599	5795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	5337
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7926	7225
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0487	768
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	883
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5672	1807

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.3918	139	0.3302	4425	X-RAY DIFFRACTION	95.88
1.79-1.84	0.3121	140	0.2732	4455	X-RAY DIFFRACTION	96.76
1.84-1.9	0.2761	142	0.2543	4547	X-RAY DIFFRACTION	98.76
1.9-1.96	0.2699	144	0.2431	4569	X-RAY DIFFRACTION	99.14
1.96-2.03	0.2781	142	0.2323	4542	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.03-2.11	0.2844	142	0.2088	4576	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.11-2.2	0.2172	143	0.1939	4562	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.2-2.32	0.2286	145	0.1985	4595	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.32-2.47	0.2593	141	0.2071	4524	X-RAY DIFFRACTION	98.63
2.47-2.66	0.2429	140	0.2135	4465	X-RAY DIFFRACTION	96.38
2.66-2.92	0.2163	145	0.2057	4582	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.92-3.35	0.2449	145	0.1947	4621	X-RAY DIFFRACTION	99.52
3.35-4.22	0.2069	144	0.1749	4654	X-RAY DIFFRACTION	99.48
4.22-46.06	0.2242	143	0.2051	4602	X-RAY DIFFRACTION	97.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.279734351298	-0.266993625498	0.0784921229931	1.09616475481	-0.990684298003	1.63604401158	0.0618856257545	0.205632341078	0.239743860319	-0.138402735825	-0.203056625162	-0.430379362257	-0.0688397881506	0.350980296118	-0.000183409205914	0.248426338697	-0.00199674429478	0.00770137601326	0.281250525584	0.0200650268831	0.257592169519	23.1830243405	2.7559094477	39.9785701116
2	-0.0560270537979	-0.152938240826	0.123142390578	0.760875795962	0.359079272931	0.488324539434	-0.192595046624	0.293765857045	-0.0861361719708	-0.203129147818	0.317377062486	-0.168210754122	0.177859955099	1.07891293775	0.0762643011644	0.450287311341	0.0578090628952	-0.110299237148	0.275712540659	-0.0284936637263	0.28112588219	29.3692901238	-12.1870784785	61.9934640563
3	0.409614066187	0.125932608443	0.874172166701	0.492490782404	-0.471140165162	1.06914427828	-0.0532446525573	0.0957881016842	-0.0381840929208	0.0308585029954	-0.0169392337214	-0.00128425775223	-0.175593856313	0.0481520458385	-0.000846157004658	0.206964266991	0.00299624498211	-0.0336325739955	0.210194409	-0.00758964249822	0.175386910069	18.9032804125	1.1447618753	48.0948820661
4	0.434067932353	0.140067978067	-0.0358428233087	0.276641402275	-0.117213662708	0.542510517107	-0.292706095082	0.069652045091	0.531525655	-0.457111284446	0.0929852628721	0.391169086665	-0.12910232286	0.041036220379	-0.00694891341289	0.239002957401	-0.0527876896177	-0.0035287040943	0.238362963987	0.0443640983851	0.205398687949	16.3403580331	4.08693322468	33.7266634516
5	0.413091909045	0.171938406342	0.265374093054	0.211564202151	0.508349020782	0.853826345837	0.0979221094055	0.329749377917	-0.114426686634	-0.442826171513	0.104727893844	-0.0622200486031	0.108549217736	0.226277011407	0.00343621823721	0.250345225726	0.00236141737873	0.0402507098141	0.268831819643	-0.026256096813	0.183872065989	16.806910245	-9.14492054044	27.1755055956
6	1.0821211768	-0.419775584841	-0.624712163139	0.0697746744245	-0.172563094822	0.529145437379	0.0403691977281	0.126278718948	-0.219453891253	-0.399776321519	-0.00421902102885	0.00708424942671	0.721484869464	0.242296772235	-2.89468446052E-5	0.338588396963	-0.00724975467616	-0.0221541026447	0.202563795476	-0.00826307868804	0.189316515051	12.0511606764	-17.9106352673	32.1794452294
7	1.16523364068	0.226130143577	-0.559374786654	1.03692830767	-0.419572875489	0.735010257434	-0.214189180318	0.174450257891	0.243339115738	-0.275005959746	0.0229823231439	0.0284797035071	-0.484819565205	-0.388328121732	-0.415762123406	0.291886136188	0.113270134692	-0.121425557751	0.288448092144	-0.0123169642534	0.229196032176	-1.71307285822	-2.5641113015	28.9156873578
8	1.02357697452	-0.496197433202	-0.0518932229614	0.322099103318	0.170848137102	0.462041848886	0.0230592145342	-0.0148675658063	-0.155861686151	-0.41395234295	0.0749218444708	0.486785485838	0.234282058408	-0.360749545365	-0.000872912185278	0.282378683671	-0.0378908120079	0.0125704857188	0.263760851323	0.0432204903241	0.255748142191	2.67953673348	-13.9159937482	34.5771355839
9	0.0113832532677	0.0884640261834	-0.0127742733761	0.393300226413	0.294981046245	0.413637474053	-0.151949469367	0.150131601075	0.113864785093	0.168004221839	0.139988845354	0.0328300566471	0.148258789537	0.0293042171746	-0.000131299555785	0.201282331049	0.0150387620362	0.0109580336002	0.237455558933	-0.0043736550864	0.173972601505	11.6786698399	-9.72734545644	38.9639347208
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4	4	chain 'B' and (resid 77 through 88 )	B	D	77 - 88	74 - 85
5	5	chain 'C' and (resid 4 through 15 )	C	F	4 - 15	2 - 13
6	6	chain 'C' and (resid 16 through 30 )	C	F	16 - 30	14 - 28
7	7	chain 'C' and (resid 31 through 58 )	C	F	31 - 58	29 - 46
8	8	chain 'C' and (resid 59 through 69 )	C	F	59 - 69	47 - 57
9	9	chain 'C' and (resid 70 through 81 )	C	F	70 - 81	58 - 69
10	10	chain 'C' and (resid 82 through 88 )	C	F	82 - 88	70 - 76
11	11	chain 'F' and (resid 4 through 15 )	F	H	4 - 15	2 - 13
12	12	chain 'F' and (resid 16 through 30 )	F	H	16 - 30	14 - 28
13	13	chain 'F' and (resid 31 through 36 )	F	H	31 - 36	29 - 34
14	14	chain 'F' and (resid 37 through 59 )	F	H	37 - 59	35 - 52
15	15	chain 'F' and (resid 60 through 81 )	F	H	60 - 81	53 - 74
16	16	chain 'F' and (resid 82 through 89 )	F	H	82 - 89	75 - 82
17	17	chain 'A' and (resid 4 through 30 )	A	I	4 - 30	1 - 27
18	18	chain 'A' and (resid 31 through 76 )	A	I	31 - 76	28 - 68
19	19	chain 'A' and (resid 77 through 88 )	A	I	77 - 88	69 - 80
20	20	chain 'D' and (resid 4 through 15 )	D	J	4 - 15	1 - 12
21	21	chain 'D' and (resid 16 through 30 )	D	J	16 - 30	13 - 27
22	22	chain 'D' and (resid 31 through 36 )	D	J	31 - 36	28 - 33
23	23	chain 'D' and (resid 37 through 43 )	D	J	37 - 43	34 - 40
24	24	chain 'D' and (resid 44 through 59 )	D	J	44 - 59	41 - 50
25	25	chain 'D' and (resid 60 through 69 )	D	J	60 - 69	51 - 60
26	26	chain 'D' and (resid 70 through 76 )	D	J	70 - 76	61 - 67
27	27	chain 'D' and (resid 77 through 81 )	D	J	77 - 81	68 - 72
28	28	chain 'D' and (resid 82 through 88 )	D	J	82 - 88	73 - 79
29	29	chain 'E' and (resid 5 through 16 )	E	K	5 - 16	1 - 12
30	30	chain 'E' and (resid 17 through 22 )	E	K	17 - 22	13 - 18
31	31	chain 'E' and (resid 23 through 35 )	E	K	23 - 35	19 - 31
32	32	chain 'E' and (resid 36 through 45 )	E	K	36 - 45	32 - 41
33	33	chain 'E' and (resid 46 through 55 )	E	K	46 - 55	42 - 51
34	34	chain 'E' and (resid 56 through 76 )	E	K	56 - 76	52 - 72
35	35	chain 'E' and (resid 77 through 88 )	E	K	77 - 88	73 - 84
36	36	chain 'H' and (resid 4 through 16 )	H	L	4 - 16	1 - 13
37	37	chain 'H' and (resid 17 through 41 )	H	L	17 - 41	14 - 38
38	38	chain 'H' and (resid 42 through 69 )	H	L	42 - 69	39 - 54
39	39	chain 'H' and (resid 70 through 81 )	H	L	70 - 81	55 - 66
40	40	chain 'H' and (resid 82 through 89 )	H	L	82 - 89	67 - 74
41	41	chain 'G' and (resid 5 through 16 )	G	M	5 - 16	1 - 12
42	42	chain 'G' and (resid 17 through 30 )	G	M	17 - 30	13 - 26
43	43	chain 'G' and (resid 31 through 36 )	G	M	31 - 36	27 - 32
44	44	chain 'G' and (resid 37 through 43 )	G	M	37 - 43	33 - 39
45	45	chain 'G' and (resid 44 through 59 )	G	M	44 - 59	40 - 51
46	46	chain 'G' and (resid 60 through 69 )	G	M	60 - 69	52 - 61
47	47	chain 'G' and (resid 70 through 76 )	G	M	70 - 76	62 - 68
48	48	chain 'G' and (resid 77 through 84 )	G	M	77 - 84	69 - 76
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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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