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- PDB-8sme: Structure of SPO1 phage Tad2 in apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sme
タイトルStructure of SPO1 phage Tad2 in apo state
要素Gp34.65
キーワードVIRAL PROTEIN / gcADPR / Thoeris / anti-phage
機能・相同性Protein of unknown function DUF2829 / Thoeris anti-defense 2-like domain / metal ion binding / Thoeris anti-defense 2
機能・相同性情報
生物種Okubovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. ...Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
資金援助European Union, イスラエル, ドイツ, 米国, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
Israel Science Foundation イスラエル
German Research Foundation (DFG) ドイツ
The Pew Charitable Trusts 米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Phages overcome bacterial immunity via diverse anti-defence proteins.
著者: Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Lu, A. / Ragucci, A.E. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Kranzusch, P.J. / Amitai, G. / Sorek, R.
履歴
登録2023年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gp34.65
B: Gp34.65


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2512
ポリマ－20,2512
非ポリマー00
水362
1
A: Gp34.65
B: Gp34.65

A: Gp34.65
B: Gp34.65


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5024
ポリマ－40,5024
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
Buried area6260 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.402, 108.402, 74.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Gp34.65


分子量: 10125.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Okubovirus (ウイルス) / 遺伝子: 34.65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6V311
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, dioxane, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→46.94 Å / Num. obs: 11073 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27 % / Biso Wilson estimate: 72.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.36→2.45 Å / 冗長度: 26.7 % / Num. unique obs: 1126 / CC1/2: 0.425 / Rpim(I) all: 0.815 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→46.94 Å / SU ML: 0.446 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.4925
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2987 1103 10 %
Rwork0.2629 9931 -
obs0.2664 11034 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→46.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1281 0 0 2 1283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00231312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42051770
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0409188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0019224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.213454
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.470.43311320.40631194X-RAY DIFFRACTION98.59
2.47-2.60.39161340.3621202X-RAY DIFFRACTION99.85
2.6-2.760.41611350.40461216X-RAY DIFFRACTION99.93
2.76-2.970.38821370.35541227X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.270.34081360.31941227X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.750.32311390.29111249X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.710.2421390.21971259X-RAY DIFFRACTION100
4.72-46.940.27971510.22621357X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17686573991-0.760456555380.9923751091531.64461003684-0.7298689276780.7428300934650.170328159864-1.054432175740.584154254610.377898350756-0.3626533627130.194354629171-0.213036890575-0.113424952056-1.05483097983E-50.593801245128-0.0560386554835-0.01540889092110.8343224149950.07796441765420.644085946131-37.815909370423.3934082692-6.93231446921
20.808610537765-0.6892439214630.6014158728971.837475223-1.496431436111.185993439170.304012503862-0.100880346772-0.0268771431529-0.176116337635-0.456853496203-0.237872981111-0.1616201192930.235168636427-0.009169894154340.3861542364510.04756365733620.0295152442410.7718905937110.1238882237660.633830409351-33.074321028622.3620551086-11.2935838632
30.0570600235652-0.0654194754666-0.0125218229760.126299548392-0.08034772178760.1684887249030.678488850055-1.25881732824-0.02469936352810.225647528035-0.505806190291-0.111518865018-0.3708445305910.4244607037140.003010121454130.690584688844-0.0066181538692-0.003819291664171.05874598070.2854808719990.814476131602-28.23819335125.82334526196-3.09212393068
40.285488792104-0.2654023531840.1063426319390.327706449807-0.3595717238130.6216392961061.01004799118-1.32261300156-1.3186326588-0.158310402632-0.210222638964-0.621407672470.3001242929220.0667857157787-0.0002426288109250.6135311022310.01700985550610.07447859624381.116342960320.218872784041.02206329844-25.68168330140.648968236674-7.17379911013
52.35571696443-2.47608639199-0.9437314447633.23972122211.624780705530.975558906781-0.0197674999923-0.393965918704-1.48828619141-0.471465931411-0.4410522658950.199312831045-0.1608317608070.216078358305-0.2338681661670.6085294684190.03784776246370.03863526306611.006295689490.312529848680.849718619067-26.67013530421.00659820865-14.3240383019
60.2445523449020.00413502201468-0.04888486243470.00763101076305-0.01520501365310.02510666064661.678302020080.282343317044-0.679650521201-0.581748062141-0.173193092267-1.209693426160.2235150276080.1278214230340.001099071858271.066018480820.215017526883-0.1582578521921.306567574170.4445908067421.36133038832-6.678401631456.40737073034-12.3550296382
70.414317849374-0.0479977864559-0.197049663757-0.004461029313420.006560234453230.08436322921561.11631990695-0.6522446727330.372864383920.7701608211120.3864556591271.276760210580.0209624597983-0.6745691871710.02366406566440.4909339899580.05642273211790.140243206241.081745374810.4616035171140.915479309887-9.2536022404512.3546053147-12.3293701466
80.515372233356-0.055665113419-0.2118308298852.29356860991-0.2754864479280.09467188323240.6943437933951.31274207067-0.348424023504-0.377133197127-0.81050170110.364534256938-0.21992966334-0.137974011988-0.1127437445470.6663137643390.1895221105740.005721888242061.233448740580.1688556512770.609070989769-25.6579549956.07258001088-17.213054367
90.105023511790.0204808800049-0.09971469732480.0148666264241-0.06659374134850.188884559860.6431681782650.438684073228-0.246911101743-0.359893375234-0.9082959478590.694064335471-0.545527848624-1.659871611410.000289623298560.6645245766870.00160656467706-0.06852635452281.025438797260.158332591360.903428795043-32.08956541661.31478025471-6.50603810798
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 51 )AA5 - 511 - 47
22chain 'A' and (resid 52 through 89 )AA52 - 8948 - 85
33chain 'B' and (resid 3 through 15 )BB3 - 151 - 13
44chain 'B' and (resid 16 through 22 )BB16 - 2214 - 20
55chain 'B' and (resid 23 through 36 )BB23 - 3621 - 34
66chain 'B' and (resid 37 through 44 )BB37 - 4435 - 42
77chain 'B' and (resid 45 through 59 )BB45 - 5943 - 47
88chain 'B' and (resid 60 through 81 )BB60 - 8148 - 69
99chain 'B' and (resid 82 through 89 )BB82 - 8970 - 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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