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- PDB-8smd: Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8smd
タイトルStructure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in complex with 1''-3' gcADPR
要素ABC transporter ATPase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / gcADPR / Thoeris / anti-phage
機能・相同性Chem-OJC / ABC transporter ATPase
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. ...Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
資金援助European Union, イスラエル, ドイツ, 米国, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
Israel Science Foundation イスラエル
German Research Foundation (DFG) ドイツ
The Pew Charitable Trusts 米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Phages overcome bacterial immunity via diverse anti-defence proteins.
著者: Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Lu, A. / Ragucci, A.E. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Kranzusch, P.J. / Amitai, G. / Sorek, R.
履歴
登録2023年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter ATPase
B: ABC transporter ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7454
ポリマ－28,6622
非ポリマー1,0832
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.969, 95.969, 95.969
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-328-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter ATPase


分子量: 14331.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: FDB51_07880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A846JTD7
#2: 化合物 ChemComp-OJC / (2R,3R,3aS,5S,6R,7S,8R,11R,13S,15aR)-2-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,6,7,11,13-pentahydroxyoctahydro-2H,5H,11H,13H-5,8-epoxy-11lambda~5~,13lambda~5~-furo[2,3-g][1,3,5,9,2,4]tetraoxadiphosphacyclotetradecine-11,13-dione


分子量: 541.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N5O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % / 解説: Cubes
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: magnesium chloride, Tris-HCl pH 8.5, 1,6-hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.92 Å / Num. obs: 17522 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 53.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 13.3 % / Num. unique obs: 1381 / CC1/2: 0.451 / Rpim(I) all: 0.698 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7UAV

7uav


解像度: 2.1→42.92 Å / SU ML: 0.3377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.5479
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 877 5.02 %
Rwork0.2012 16604 -
obs0.203 17481 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 70 60 2114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00132088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.39232812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0356303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0026357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5296792
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.230.38161400.30212689X-RAY DIFFRACTION97.59
2.23-2.40.32261470.25282738X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.640.31671440.30272745X-RAY DIFFRACTION99.97
2.64-3.020.31811450.26682763X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.810.24381500.21512777X-RAY DIFFRACTION100
3.81-42.920.1851510.15462892X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1109616937810.0288701787673-0.05812053190620.08866618080560.1891186943640.246146380956-0.05325617689290.761464469743-0.526657399638-0.7767995143460.119872583368-0.352995722311-0.212008917069-0.2257599510195.45188767712E-50.654364679781-0.00353409185478-0.1144796289310.564198796946-0.07003833322380.6621042868339.08768524473-9.99876839869-41.1773824647
20.674529254622-0.84125041478-0.5546312196541.040027733360.5837607458661.35341453556-0.1947010837780.2712531987150.643786785633-0.00202278726494-0.0547973619730.226239292501-0.187024215205-0.231282136385-0.0007047501308280.5259025731290.00328997161197-0.0869311566360.4536843817530.01867953599410.5901486820246.415199950631.22308182384-36.6239748297
30.184507873144-0.0737263498024-0.249420991481-0.02734147499170.02176924335570.333398030451-0.478283142646-0.817997574830.4377954287060.2959608010930.436490571135-0.171555017166-0.1732248315390.32519297575-0.04585023230950.636037732188-0.00199625988502-0.2089622571720.505396552612-0.06994274006930.84731693440921.161681532110.7751113533-25.12090606
40.3082545661610.2852691994890.5916938523690.660847732714-0.84874554220.0639401068988-0.0693348256725-0.3909057024470.1182293676480.267768352672-0.0188357826112-0.1923211634490.1093845297080.0967189048686-0.05320181076460.5235677167950.0504462483397-0.07290811424030.47820643498-0.06638965054710.5430390901220.8637529553-9.1407681299-22.0273983733
50.377940912842-0.6870693246930.6695090349140.951232779675-0.7955890488090.778671793194-0.482696276985-0.22164812750.2437576402630.2206416183410.3393905522470.197308645874-0.139905783183-0.1325440001469.88038961562E-50.6330915879340.0520707106188-0.04313953923720.58051718526-0.1323648535720.55948409708911.0385579037-4.09751771485-15.3088683611
66.94561496776-1.56798718316-1.057643874234.514877178332.097019143590.967124812628-0.208247855853-1.43332350806-0.3072865409391.302427388520.3660447603830.561031874494-0.539779735493-0.0390802274972-0.03923157484881.052735816390.0204424267368-0.008310565956580.785268716771-0.1705794928590.76796052504312.585325962613.1965770267-13.8751325903
70.406802657650.495768981235-0.566041710711.68828684333-0.7917590345641.4035637397-0.3216656128540.04792063823981.00895845849-0.3373411854170.003800437362540.831879638956-0.137576088372-0.5997069537020.0539268163890.4653239675010.10149254216-0.03911449766740.522065894647-0.06283746536310.7154552734632.32272419962-3.78266499074-23.6472767622
80.0338656603673-0.06402964475520.004799133465270.0981703146611-0.02522027923350.05194194212190.403897782934-1.31670023050.1449816519610.331060222246-0.1071480579030.8312788857010.3451540888050.156204551289-0.0009626367213890.72149949639-0.1478387317770.07865412875620.59626862229-0.0441642629310.754722926827-7.88482156414-16.0249597898-30.0438077696
9-0.06026231571430.021848480559-0.2441749181020.156132508398-0.2178161476690.28853503289-0.3614443738020.3104616884250.212721076016-0.1194188670220.2485470643950.06280934815130.1484020417080.0860674947304-8.02701019388E-50.486603809594-0.00711775374811-0.05347761573760.420063764049-0.02363988263850.54579114571116.4846056422-4.55446626165-32.5482888205
100.7275777919950.1094099465220.05277669438450.418662091376-0.09514934181230.6296320570580.08884411840820.0455268356575-0.199601024053-0.19487002178-0.110018873187-0.06709382968620.301785616520.1699708023451.14814793532E-50.4969451702950.0476079037656-0.03308610619660.37679284636-0.008816034766680.43259320722813.0061835736-18.7280002237-31.7308523517
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 14 )AA2 - 141 - 13
22chain 'A' and (resid 15 through 52 )AA15 - 5214 - 51
33chain 'A' and (resid 53 through 68 )AA53 - 6852 - 67
44chain 'A' and (resid 69 through 125 )AA69 - 12568 - 124
55chain 'B' and (resid 3 through 36 )BC3 - 361 - 34
66chain 'B' and (resid 37 through 47 )BC37 - 4735 - 45
77chain 'B' and (resid 48 through 57 )BC48 - 5746 - 55
88chain 'B' and (resid 58 through 62 )BC58 - 6256 - 60
99chain 'B' and (resid 63 through 90 )BC63 - 9061 - 88
1010chain 'B' and (resid 91 through 125 )BC91 - 12589 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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