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- PDB-8smd: Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in complex with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8smd | ||||||||||||||||||
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Title | Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in complex with 1''-3' gcADPR | ||||||||||||||||||
![]() | ABC transporter ATPase | ||||||||||||||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / gcADPR / Thoeris / anti-phage | ||||||||||||||||||
Function / homology | Chem-OJC / ABC transporter ATPase![]() | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. ...Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||||||||||||||
Funding support | European Union, ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Phages overcome bacterial immunity via diverse anti-defence proteins. Authors: Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Lu, A. / Ragucci, A.E. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Kranzusch, P.J. / Amitai, G. / Sorek, R. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 139.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 91 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8smeC ![]() 8smfC ![]() 8smgC ![]() 8ttoC ![]() 7uavS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 14331.078 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.65 % / Description: Cubes |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: magnesium chloride, Tris-HCl pH 8.5, 1,6-hexanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 19, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→42.92 Å / Num. obs: 17522 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 53.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Redundancy: 13.3 % / Num. unique obs: 1381 / CC1/2: 0.451 / Rpim(I) all: 0.698 / % possible all: 96.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7UAV Resolution: 2.1→42.92 Å / SU ML: 0.3377 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.5479 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→42.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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