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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sk6 | ||||||
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タイトル | human liver mitochondrial Delta(3,5)-Delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase | ||||||
![]() | Delta(3,5)-Delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase, mitochondrial | ||||||
![]() | ISOMERASE / human / liver / mitochondrial / Delta(3 / 5)-Delta(2 / 4)-dienoyl-CoA isomerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() delta(3,5)-delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase activity / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / Mitochondrial protein degradation / Peroxisomal protein import / peroxisome / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome ...delta(3,5)-delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase activity / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / Mitochondrial protein degradation / Peroxisomal protein import / peroxisome / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | ||||||
![]() | Zhang, Z. / Tringides, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-Resolution Structural Proteomics of Mitochondria Using the 'Build and Retrieve' Methodology. 著者: Zhemin Zhang / Marios L Tringides / Christopher E Morgan / Masaru Miyagi / Jason A Mears / Charles L Hoppel / Edward W Yu / ![]() 要旨: The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of ...The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of single particle cryo-EM to identify multiple proteins from three enriched heterogeneous fractions prepared from human liver mitochondrial lysate. We simultaneously identify and solve high-resolution structures of nine essential mitochondrial enzymes with key metabolic functions, including fatty acid catabolism, reactive oxidative species clearance, and amino acid metabolism. Our methodology also identified multiple distinct members of the acyl-CoA dehydrogenase family. This work highlights the potential of cryo-EM to explore tissue proteomics at the atomic level. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 231 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 58.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 85 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40556MC ![]() 8sgpC ![]() 8sgrC ![]() 8sgsC ![]() 8sgvC ![]() 8shsC ![]() 8sk8C ![]() 8skrC ![]() 8sksC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35859.137 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q13011, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Delta(3,5)-Delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8862 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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