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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sj0 | ||||||
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タイトル | Structure of ternary complex of cGAS with dsDNA and bound 2'-dATP | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/DNA / IMMUNE SYSTEM / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of immune response / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, S. / Sohn, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural basis for 2'-5'/3'-5'-cGAMP synthesis by cGAS. 著者: Wu, S. / Gabelli, S.B. / Sohn, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 387.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 311.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8eaeC ![]() 8g10C ![]() 8g1jC ![]() 8g23C ![]() 8gimC ![]() 8ginC ![]() 8gioC ![]() 8gipC ![]() 8girC ![]() 8gisC ![]() 8gitC ![]() 8shkC ![]() 8shuC ![]() 8shyC ![]() 8shzC ![]() 8si0C ![]() 8sj1C ![]() 8sj2C ![]() 8sj8C ![]() 8sktC ![]() 4lezS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 6分子 ACEFIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 42640.254 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 147-507) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 詳細 (発現宿主): His*6-MBP-Tev-AgeI-mcGAS CAT, Kanamycin resistance 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 5514.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 40分子 ![](data/chem/img/DTP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 32% MPD, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 PH範囲: 6.0-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月6日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9202 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→29.8 Å / Num. obs: 36058 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 242193 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.67 Å / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.745 / Num. measured all: 27336 / Num. unique obs: 4192 / CC1/2: 0.791 / Rpim(I) all: 0.313 / Rrim(I) all: 0.809 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 2.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4LEZ 解像度: 2.55→29.8 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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