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- PDB-8sij: Crystal structure of F. varium tryptophanase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sij
タイトルCrystal structure of F. varium tryptophanase
要素Tryptophanase 1
キーワードLYASE / PLP-dependent enzyme / tryptophan indole-lyase / tryptophanase
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophanase activity / tryptophanase
類似検索 - 分子機能
Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K9E / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tryptophanase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium varium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Graboski, A.L. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135218 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137286 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Mechanism-based inhibition of gut microbial tryptophanases reduces serum indoxyl sulfate.
著者: Graboski, A.L. / Kowalewski, M.E. / Simpson, J.B. / Cao, X. / Ha, M. / Zhang, J. / Walton, W.G. / Flaherty, D.P. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2023年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophanase 1
B: Tryptophanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7886
ポリマ－109,1202
非ポリマー6684
水1,08160
1
A: Tryptophanase 1
B: Tryptophanase 1
ヘテロ分子

A: Tryptophanase 1
B: Tryptophanase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,57712
ポリマ－218,2404
非ポリマー1,3378
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area18060 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area57780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.589, 98.589, 278.515
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tryptophanase 1


分子量: 54560.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium varium (バクテリア)
遺伝子: tnaA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A448M3A5
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-K9E / [4-[[[2-(hydroxymethyl)-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl]amino]methyl]-6-methyl-5-oxidanyl-pyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 350.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15 M tris hydrochloride pH 7, 1 M sodium citrate, and 0.2 M sodium chloride. Crystals formed in a 2:1 protein (11.1 mg/mL) to mother liquor ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月9日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.54 Å / Num. obs: 43050 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 58.41 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1412 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.602→2.695 Å / Rmerge(I) obs: 1.662 / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 4146 / CC1/2: 0.59 / % possible all: 98.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→48.54 Å / SU ML: 0.4008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 28.2749
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 2190 5.09 %
Rwork0.2399 40821 -
obs0.241 43011 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6744 0 41 60 6845
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18389395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07541022
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.89232506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.37341230.37662462X-RAY DIFFRACTION97.58
2.66-2.720.39831270.34482488X-RAY DIFFRACTION99.13
2.72-2.790.37681270.3572525X-RAY DIFFRACTION99.18
2.79-2.860.33521510.33472464X-RAY DIFFRACTION99.43
2.86-2.950.30641360.3272481X-RAY DIFFRACTION99.47
2.95-3.040.35931380.31842525X-RAY DIFFRACTION99.78
3.04-3.150.3011330.30992520X-RAY DIFFRACTION99.92
3.15-3.280.32341470.2922534X-RAY DIFFRACTION99.81
3.28-3.430.27971420.28412519X-RAY DIFFRACTION99.85
3.43-3.610.2941160.24442543X-RAY DIFFRACTION99.7
3.61-3.830.27111340.22482567X-RAY DIFFRACTION99.89
3.83-4.130.24041380.22122568X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.550.23341340.18682570X-RAY DIFFRACTION100
4.55-5.20.22451570.18782604X-RAY DIFFRACTION100
5.2-6.550.24361310.21162648X-RAY DIFFRACTION100
6.55-48.540.1931560.20732803X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.8160237964 Å / Origin y: 42.7878033499 Å / Origin z: 11.1759592918 Å
111213212223313233
T0.699239019579 Å2-0.000681940733476 Å2-0.180743442944 Å2-0.327182148235 Å2-0.0541259226993 Å2--0.557924309693 Å2
L1.64933900308 °2-0.84712409951 °20.512676975054 °2-1.83463577167 °2-0.339810002067 °2--2.12833622248 °2
S-0.456397062447 Å °-0.117474266895 Å °0.467131706444 Å °0.702239976494 Å °0.0736069292663 Å °-0.393283989067 Å °-0.675640949412 Å °0.0339947135252 Å °0.350490389951 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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