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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sij | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of F. varium tryptophanase | |||||||||
![]() | Tryptophanase 1 | |||||||||
![]() | LYASE / PLP-dependent enzyme / tryptophan indole-lyase / tryptophanase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Graboski, A.L. / Redinbo, M.R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism-based inhibition of gut microbial tryptophanases reduces serum indoxyl sulfate. 著者: Graboski, A.L. / Kowalewski, M.E. / Simpson, J.B. / Cao, X. / Ha, M. / Zhang, J. / Walton, W.G. / Flaherty, D.P. / Redinbo, M.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 401.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 293 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8sbgC ![]() 8sl7C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54560.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tnaA1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PLP / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K9E / [ | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15 M tris hydrochloride pH 7, 1 M sodium citrate, and 0.2 M sodium chloride. Crystals formed in a 2:1 protein (11.1 mg/mL) to mother liquor ratio |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月9日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→48.54 Å / Num. obs: 43050 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 58.41 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1412 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.602→2.695 Å / Rmerge(I) obs: 1.662 / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 4146 / CC1/2: 0.59 / % possible all: 98.13 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.8160237964 Å / Origin y: 42.7878033499 Å / Origin z: 11.1759592918 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |