PDB-8sgs: human liver mitochondrial Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sgs

タイトル

human liver mitochondrial Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase

要素

Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / human / liver / mitochondrial / Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

butyrate catabolic process / Beta oxidation of butanoyl-CoA to acetyl-CoA / Beta oxidation of hexanoyl-CoA to butanoyl-CoA / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Zhang, Z.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2023
タイトル: High-Resolution Structural Proteomics of Mitochondria Using the 'Build and Retrieve' Methodology.
著者: Zhemin Zhang / Marios L Tringides / Christopher E Morgan / Masaru Miyagi / Jason A Mears / Charles L Hoppel / Edward W Yu /

要旨: The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of ...

履歴

登録	2023年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年2月21日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年2月21日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年2月21日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年2月21日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年2月21日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2024年2月21日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年5月21日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sgs.cif.gz	290.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sgs.ent.gz	235.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sgs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8sgs_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sgs_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8sgs_validation.xml.gz	62.7 KB	表示
CIF形式データ	8sgs_validation.cif.gz	88.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sgs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	40466MC 40463C 40465C 40469C 40493C 40556C 40558C 40565C 40566C 8sgpC 8sgrC 8sgvC 8shsC 8sk6C 8sk8C 8skrC 8sksC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial

B: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial

C: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial

D: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

184 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial / SCAD / Butyryl-CoA dehydrogenase 分子量: 44346.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16219, short-chain acyl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 35 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16677 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	11968
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.479	16272
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	10.356	4304
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.037	1840
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	2036

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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