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- PDB-8sah: Huntingtin C-HEAT domain in complex with HAP40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sah
タイトルHuntingtin C-HEAT domain in complex with HAP40
要素
  • 40-kDa huntingtin-associated protein
  • Huntingtin
キーワードPROTEIN BINDING / Huntingtin / scaffold / HEAT repeats / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle cytoskeletal trafficking / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / microtubule-based transport / vocal learning / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of mitophagy / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / vesicle transport along microtubule ...vesicle cytoskeletal trafficking / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / microtubule-based transport / vocal learning / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of mitophagy / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / vesicle transport along microtubule / positive regulation of cilium assembly / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / positive regulation of aggrephagy / positive regulation of lipophagy / dynein intermediate chain binding / Golgi organization / beta-tubulin binding / establishment of mitotic spindle orientation / dynactin binding / phosphoprotein phosphatase activity / Regulation of MECP2 expression and activity / postsynaptic cytosol / presynaptic cytosol / inclusion body / heat shock protein binding / centriole / cytoplasmic vesicle membrane / autophagosome / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein destabilization / kinase binding / p53 binding / late endosome / transmembrane transporter binding / early endosome / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / axon / apoptotic process / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Factor VIII intron 22 protein / Huntingtin / Huntingtin, middle-repeat / Huntingtin family / : / : / : / Huntingtin, N-terminal HEAT / Huntingtin, bridge / Huntingtin, N-terminal HEAT 1 ...Factor VIII intron 22 protein / Huntingtin / Huntingtin, middle-repeat / Huntingtin family / : / : / : / Huntingtin, N-terminal HEAT / Huntingtin, bridge / Huntingtin, N-terminal HEAT 1 / Huntingtin, C-terminal HEAT / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
40-kDa huntingtin-associated protein / Huntingtin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Harding, R.J. / Deme, J.C. / Alteen, M.G. / Arrowsmith, C.H. / Lea, S.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Delineation of functional subdomains of Huntingtin protein and their interaction with HAP40.
著者: Matthew G Alteen / Justin C Deme / Claudia P Alvarez / Peter Loppnau / Ashley Hutchinson / Alma Seitova / Renu Chandrasekaran / Eduardo Silva Ramos / Christopher Secker / Mona Alqazzaz / ...著者: Matthew G Alteen / Justin C Deme / Claudia P Alvarez / Peter Loppnau / Ashley Hutchinson / Alma Seitova / Renu Chandrasekaran / Eduardo Silva Ramos / Christopher Secker / Mona Alqazzaz / Erich E Wanker / Susan M Lea / Cheryl H Arrowsmith / Rachel J Harding /
要旨: The huntingtin (HTT) protein plays critical roles in numerous cellular pathways by functioning as a scaffold for its many interaction partners and HTT knock out is embryonic lethal. Interrogation of ...The huntingtin (HTT) protein plays critical roles in numerous cellular pathways by functioning as a scaffold for its many interaction partners and HTT knock out is embryonic lethal. Interrogation of HTT function is complicated by the large size of this protein so we studied a suite of structure-rationalized subdomains to investigate the structure-function relationships within the HTT-HAP40 complex. Protein samples derived from the subdomain constructs were validated using biophysical methods and cryo-electron microscopy, revealing they are natively folded and can complex with validated binding partner, HAP40. Derivatized versions of these constructs enable protein-protein interaction assays in vitro, with biotin tags, and in cells, with luciferase two-hybrid assay-based tags, which we use in proof-of-principle analyses to further interrogate the HTT-HAP40 interaction. These open-source biochemical tools enable studies of fundamental HTT biochemistry and biology, will aid the discovery of macromolecular or small-molecule binding partners and help map interaction sites across this large protein.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2022
タイトル: Expanding the Huntingtons disease research toolbox; validated huntingtin subdomain constructs for biochemical and structural investigation of the huntingtin protein
著者: Alteen, M.G. / Deme, J.C. / Alvarez, C.P. / Loppnau, P. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Chandrasekaran, R. / Silva Ramos, E. / Secker, E. / Alqazzaz, M. / Wanker, E.E. / Lea, S.M. / ...著者: Alteen, M.G. / Deme, J.C. / Alvarez, C.P. / Loppnau, P. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Chandrasekaran, R. / Silva Ramos, E. / Secker, E. / Alqazzaz, M. / Wanker, E.E. / Lea, S.M. / Arrowsmith, C.H. / Harding, R.J.
履歴
登録2023年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32025年6月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Huntingtin
B: 40-kDa huntingtin-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,8222
ポリマ－158,8222
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Huntingtin / Huntington disease protein / HD protein


分子量: 117479.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTT, HD, IT15
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42858
#2: タンパク質 40-kDa huntingtin-associated protein / HAP40 / CpG island protein / Factor VIII intron 22 protein


分子量: 41342.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F8A1, F8A2, F8A3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23610
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Huntingtin C-HEAT domain in complex with HAP40 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 51.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 134849 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0079370
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69112750
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.7631255
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421505
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051621

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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