PDB-8s87: KOD-H4 DNA polymerase mutant - apo structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s87

タイトル

KOD-H4 DNA polymerase mutant - apo structure

要素

DNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE / apo / mutant DNA polymerase / XNA / HNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Gutfreund, C. / Betz, K.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into a DNA polymerase reading the xeno nucleic acid HNA.
著者: Gutfreund, C. / Betz, K. / Abramov, M. / Coosemans, F. / Holliger, P. / Herdewijn, P. / Marx, A.

履歴

登録	2024年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2025年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s87.cif.gz	464.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s87.ent.gz	387.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/8s87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/8s87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s84C 9emiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (10) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (9) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (5)

登録構造単位

A: DNA polymerase

ヘテロ分子

90.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.424, 110.629, 111.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	DNA polymerase 分子量: 89976.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWU9, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 5種, 170分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% (w/v) PEG 3K, 20% (v/v) 1,2,4-butantriol, 1% (w/v) NDSB 256, 0.03 M lithium sulfate, 0.03 M sodium sulfate, 0.03 M potassium sulfate, 0.1 M GlyGly/AMPD pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→44.58 Å / Num. obs: 165421 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 3.84
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / Num. unique obs: 26725 / CC_1/2: 0.108 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_4788: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.82→44.4 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 43.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2708	3719	2.35 %
R_work	0.2299	-	-
obs	0.2309	158305	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→44.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6178	0	42	153	6373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	6380
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	8608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.656	860
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	921
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.84	0.5925	133	0.6006	5533	X-RAY DIFFRACTION	96
1.84-1.87	0.6082	134	0.61	5446	X-RAY DIFFRACTION	94
1.87-1.89	0.5242	140	0.573	5687	X-RAY DIFFRACTION	99
1.89-1.92	0.4889	141	0.5256	5720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.5368	143	0.5116	5780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.4874	127	0.4772	5763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.4698	141	0.4563	5761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.4791	143	0.4291	5696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.4638	132	0.4145	5756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.12	0.3954	143	0.3928	5752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.446	132	0.3797	5710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.437	133	0.3515	5761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.27	0.3931	141	0.306	5780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.3374	138	0.2879	5749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2686	133	0.2773	5740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.45	0.3077	144	0.2665	5732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.53	0.3503	138	0.2561	5744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.62	0.3288	127	0.2521	5782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.73	0.3032	139	0.2434	5739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.85	0.2931	141	0.2549	5789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3	0.3546	141	0.2317	5690	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.19	0.2672	131	0.2367	5735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.44	0.2991	145	0.2171	5762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.78	0.234	138	0.1902	5752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.33	0.1851	146	0.159	5770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-5.46	0.1622	138	0.1427	5739	X-RAY DIFFRACTION	100
5.46-44.4	0.2025	137	0.1641	5718	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.6368 Å / Origin y: 25.0941 Å / Origin z: -5.4945 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.5725 Å²	-0.0024 Å²	-0.0422 Å²	-	0.4098 Å²	0.0212 Å²	-	-	0.3278 Å²
L	0.1592 °²	-0.0678 °²	-0.091 °²	-	0.7406 °²	0.2346 °²	-	-	0.5697 °²
S	0.0199 Å °	-0.0011 Å °	0.038 Å °	0.0625 Å °	-0.078 Å °	0.0177 Å °	-0.05 Å °	-0.0081 Å °	0.0552 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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