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- PDB-9emi: KOD-H4 DNA polymerase mutant in a ternary complex containing six ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9emi
タイトルKOD-H4 DNA polymerase mutant in a ternary complex containing six HNA nucleotides and a non-hydrolyzable triphosphate
要素
  • DNA (5'-D(*(6HA)P*(6HA)P*(6HC)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*GP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*A*(XG4))-3')
  • DNA polymerase
キーワードTRANSFERASE / Polymerase / XNA / modified nucleotides / Reverse transcriptase / HNA / non-hydrolyzable triphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family ...: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XG4 / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Gutfreund, C. / Betz, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into a DNA polymerase reading the xeno nucleic acid HNA.
著者: Gutfreund, C. / Betz, K. / Abramov, M. / Coosemans, F. / Holliger, P. / Herdewijn, P. / Marx, A.
履歴
登録2024年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
P: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*A*(XG4))-3')
T: DNA (5'-D(*(6HA)P*(6HA)P*(6HC)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*GP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6629
ポリマ－98,9213
非ポリマー7416
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area35670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)111.454, 151.548, 70.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 89976.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWU9, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*A*(XG4))-3')


分子量: 3930.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*(6HA)P*(6HA)P*(6HC)P*(6HT)P*(6HG)P*(6HT)P*GP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 5014.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 38分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-XG4 / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 M D-xylose, 0.02 M N-acetyl-D-glucosamine , 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→46.809 Å / Num. obs: 101092 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.44
反射 シェル解像度: 2.26→2.4 Å / Num. unique obs: 17452 / CC1/2: 0.237

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_4788: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→41.04 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 36.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 3816 3.86 %
Rwork0.2345 --
obs0.2357 98883 92.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→41.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6200 625 14 32 6871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6419627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6951128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441030
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.30.50911220.50652990X-RAY DIFFRACTION79
2.3-2.330.4681500.4593761X-RAY DIFFRACTION99
2.33-2.360.45161500.44473782X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.390.43521510.44043804X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.430.41151530.42413809X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.470.44621530.39163751X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.510.40421540.38443816X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.550.34051550.36183760X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.60.40511480.37293814X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.650.42891470.3563715X-RAY DIFFRACTION98
2.65-2.70.4083610.37061442X-RAY DIFFRACTION38
2.7-2.760.37281510.32433771X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.820.32651560.32653803X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.890.34841510.32243769X-RAY DIFFRACTION100
2.89-2.970.38771480.31773784X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.060.31751560.29443850X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.160.32531520.27653749X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.270.32781470.26533824X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.40.35251520.24363782X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.560.255900.24462104X-RAY DIFFRACTION55
3.56-3.740.2415980.22242454X-RAY DIFFRACTION65
3.75-3.980.22941100.20422795X-RAY DIFFRACTION73
3.98-4.290.20441530.17343787X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.720.22021520.15253787X-RAY DIFFRACTION100
4.72-5.40.1871530.16483774X-RAY DIFFRACTION100
5.4-6.80.23821500.1863783X-RAY DIFFRACTION100
6.8-41.040.13591530.15553807X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.8382 Å / Origin y: 21.2684 Å / Origin z: -16.8289 Å
111213212223313233
T0.3858 Å2-0.0421 Å2-0.0066 Å2-0.423 Å2-0.0343 Å2--0.4716 Å2
L1.3166 °2-0.0101 °2-0.0429 °2-1.1104 °2-0.5602 °2--0.744 °2
S0.0141 Å °-0.0926 Å °-0.2172 Å °0.0101 Å °-0.0539 Å °-0.0349 Å °0.1131 Å °-0.0401 Å °0.0365 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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