PDB-8s69: Low pH (5.5) as-isolated MSOX movie series dataset 40 of the copp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s69

タイトル

Low pH (5.5) as-isolated MSOX movie series dataset 40 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [22.8 MGy]

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / electron transfer / Nitrite binding / nitrite reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium sp. (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, A.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

資金援助

アルゼンチン,

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s69.cif.gz	157.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s69.ent.gz	119.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s69_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s69_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8s69_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	8s69_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/8s69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/8s69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8sC 8rflC 8rfoC 8rfpC 8rfqC 8rfrC 8rfsC 8rftC 8rfuC 8rfvC 8rfwC 8rfxC 8rfyC 8rg8C 8rg9C 8rgbC 8rgcC 8rgdC 8ru9C 8rurC 8ryjC 8ryrC 8ryuC 8ryvC 8s0wC 8s2qC 8s5xC 8s5yC 8s63C 8s64C 8s68C 9evmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_565	-y,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_455	-x+y-1,-x,z	1
crystal symmetry operation	1_554	x,y,z-1	1
crystal symmetry operation	2_564	-y,x-y+1,z-1	1
crystal symmetry operation	3_454	-x+y-1,-x,z-1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.29, 104.29, 64.79
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-567- HOH

#1: タンパク質

Copper-containing nitrite reductase

分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CU / COPPER (II) ION

分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 50 mM Hepes pH 5.5, 1.8 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.855 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.855 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→52.65 Å / Num. obs: 38372 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.137 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.78→1.82 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 1.316 / Num. unique obs: 2165 / CC_1/2: 0.314 / R_pim(I) all: 0.948 / R_rim(I) all: 1.637

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→52.199 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.853 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.101
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1928	1926	5.022 %
R_work	0.1562	36427	-
all	0.158	-	-
obs	-	38353	99.448 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.284 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.289 Å²	-0.144 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.289 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.937 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→52.199 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2554	0	45	295	2894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.666	1.838	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.575	1.761	6223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.419	5	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.546	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.96	10	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.234	10	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.157	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.086	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.114	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.236	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.117	2.48	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.117	2.482	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.085	4.447	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.085	4.446	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.338	2.919	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.24	2.858	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.143	5.162	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.089	5.052	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.895	29.887	3076
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.663	27.271	2964

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.78-1.826	0.302	123	0.266	2708	0.267	2843	0.941	0.951	99.5779	0.26
1.826-1.876	0.239	139	0.244	2590	0.244	2731	0.961	0.958	99.9268	0.235
1.876-1.93	0.281	151	0.227	2560	0.23	2719	0.947	0.962	99.7058	0.215
1.93-1.99	0.254	147	0.223	2424	0.225	2575	0.958	0.965	99.8447	0.208
1.99-2.055	0.235	106	0.203	2440	0.204	2547	0.963	0.972	99.9607	0.189
2.055-2.127	0.22	140	0.194	2324	0.196	2464	0.968	0.976	100	0.177
2.127-2.207	0.24	114	0.188	2242	0.19	2359	0.966	0.976	99.8728	0.168
2.207-2.297	0.23	122	0.17	2136	0.173	2264	0.966	0.98	99.735	0.15
2.297-2.399	0.175	122	0.157	2082	0.158	2208	0.979	0.984	99.8188	0.136
2.399-2.516	0.261	92	0.155	1981	0.159	2075	0.963	0.986	99.9036	0.138
2.516-2.652	0.182	109	0.149	1877	0.151	1989	0.981	0.988	99.8492	0.132
2.652-2.812	0.214	86	0.144	1787	0.148	1884	0.977	0.989	99.4161	0.131
2.812-3.005	0.224	77	0.146	1684	0.149	1779	0.974	0.988	98.9882	0.14
3.005-3.245	0.176	100	0.134	1534	0.137	1660	0.98	0.989	98.4337	0.134
3.245-3.554	0.157	61	0.119	1431	0.121	1511	0.984	0.991	98.7426	0.121
3.554-3.971	0.147	64	0.12	1300	0.121	1398	0.987	0.991	97.568	0.13
3.971-4.581	0.126	54	0.109	1151	0.11	1225	0.993	0.993	98.3673	0.129
4.581-5.6	0.137	56	0.118	970	0.12	1035	0.991	0.991	99.1304	0.139
5.6-7.874	0.181	36	0.15	777	0.151	820	0.98	0.986	99.1463	0.178
7.874-52.199	0.208	26	0.21	430	0.21	477	0.974	0.974	95.5975	0.265

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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