PDB-8s63: Low pH (5.5) as-isolated MSOX movie series dataset 3 of the coppe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s63

タイトル

Low pH (5.5) as-isolated MSOX movie series dataset 3 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [1.71 MGy]

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / electron transfer / Nitrite binding / nitrite reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium sp. (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, A.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

資金援助

アルゼンチン,

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s63.cif.gz	364.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s63.ent.gz	241.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s63.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s63_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s63_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8s63_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	8s63_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/8s63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/8s63	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8sC 8rflC 8rfoC 8rfpC 8rfqC 8rfrC 8rfsC 8rftC 8rfuC 8rfvC 8rfwC 8rfxC 8rfyC 8rg8C 8rg9C 8rgbC 8rgcC 8rgdC 8ru9C 8rurC 8ryjC 8ryrC 8ryuC 8ryvC 8s0wC 8s2qC 8s5xC 8s5yC 8s64C 8s68C 8s69C 9evmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.99, 103.99, 64.57
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

#1: タンパク質

Copper-containing nitrite reductase

分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose

タイプ: D-saccharide, alpha linking, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

#5: 糖

ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose

タイプ: D-saccharide, beta linking, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

-
非ポリマー , 3種, 511分子

#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 50 mM Hepes pH 5.5, 1.8 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.855 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.855 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→52.48 Å / Num. obs: 132306 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.17→1.19 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 1.698 / Num. unique obs: 6482 / CC_1/2: 0.327 / R_pim(I) all: 1.191 / R_rim(I) all: 2.092

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.17→52.049 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.989 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.984 / SU B: 1.276 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.027
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1421	6668	5.041 %
R_work	0.1177	125607	-
all	0.119	-	-
obs	-	132275	99.017 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.505 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.337 Å²	-0.168 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.337 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.093 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→52.049 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2553	0	45	505	3103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.842	3874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.66	1.768	6295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.676	5	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.441	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.505	10	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.695	10	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.117	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.223	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.266	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.599	1.469	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.598	1.471	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.251	2.647	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.242	2.646	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.254	1.762	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.252	1.762	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.538	3.118	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.536	3.118	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.293	24.55	3250
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.291	24.55	3250
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.748	3	5553

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.17-1.2	0.322	502	0.316	9191	0.316	9830	0.911	0.921	98.6063	0.315
1.2-1.233	0.297	452	0.296	8971	0.296	9574	0.937	0.937	98.4228	0.294
1.233-1.269	0.26	445	0.274	8733	0.273	9339	0.952	0.947	98.276	0.27
1.269-1.308	0.291	452	0.253	8413	0.255	9043	0.945	0.956	98.0316	0.248
1.308-1.351	0.237	424	0.222	8283	0.222	8849	0.96	0.967	98.3953	0.212
1.351-1.398	0.228	399	0.195	7922	0.196	8449	0.967	0.975	98.485	0.182
1.398-1.451	0.192	437	0.165	7665	0.166	8206	0.976	0.982	98.7326	0.15
1.451-1.51	0.151	375	0.129	7508	0.13	7938	0.985	0.989	99.3071	0.115
1.51-1.577	0.143	395	0.113	7078	0.114	7563	0.988	0.992	98.81	0.099
1.577-1.654	0.131	325	0.095	6881	0.096	7293	0.99	0.994	98.8071	0.083
1.654-1.744	0.109	354	0.078	6528	0.08	6888	0.992	0.996	99.9129	0.069
1.744-1.849	0.106	342	0.072	6161	0.074	6512	0.993	0.997	99.8618	0.066
1.849-1.977	0.101	270	0.075	5872	0.076	6147	0.994	0.997	99.9187	0.071
1.977-2.135	0.112	314	0.079	5381	0.081	5702	0.992	0.997	99.8772	0.078
2.135-2.338	0.11	267	0.075	5016	0.076	5294	0.993	0.997	99.7922	0.076
2.338-2.614	0.104	257	0.078	4499	0.08	4764	0.993	0.996	99.8321	0.084
2.614-3.017	0.136	247	0.093	3964	0.095	4216	0.989	0.995	99.8814	0.104
3.017-3.691	0.113	176	0.097	3412	0.098	3601	0.993	0.994	99.639	0.115
3.691-5.207	0.104	153	0.097	2631	0.098	2792	0.994	0.995	99.7135	0.122
5.207-52.049	0.202	82	0.182	1497	0.183	1586	0.975	0.981	99.5586	0.236

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
糖 , 2種, 2分子

-
非ポリマー , 3種, 511分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-糖 , 2種, 2分子

-非ポリマー , 3種, 511分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
糖 , 2種, 2分子

-
非ポリマー , 3種, 511分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)