PDB-8s5y: High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 40 of the cop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s5y

タイトル

High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 40 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [14 MGy]

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / electron transfer / Nitrite binding / nitrite reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium sp. (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, A.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

資金援助

アルゼンチン,

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s5y.cif.gz	372.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s5y.ent.gz	249.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8sC 8rflC 8rfoC 8rfpC 8rfqC 8rfrC 8rfsC 8rftC 8rfuC 8rfvC 8rfwC 8rfxC 8rfyC 8rg8C 8rg9C 8rgbC 8rgcC 8rgdC 8ru9C 8rurC 8ryjC 8ryrC 8ryuC 8ryvC 8s0wC 8s2qC 8s5xC 8s63C 8s64C 8s68C 8s69C 9evmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.26, 104.26, 64.66
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 Q89EJ6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

#1: タンパク質

Copper-containing nitrite reductase

分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 Q89EJ6 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

#4: 糖

ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 3種, 480分子

#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 7.3, 1.8 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→64.66 Å / Num. obs: 98197 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 1.791 / Num. unique obs: 4872 / CC_1/2: 0.41 / R_pim(I) all: 0.969 / R_rim(I) all: 2.049

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→45.187 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.987 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.983 / SU B: 1.709 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1434	5049	5.143 %
R_work	0.1177	93120	-
all	0.119	-	-
obs	-	98169	99.973 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.224 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.018 Å²	0.009 Å²	0 Å²
2-	-	0.018 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.059 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→45.187 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2551	0	55	472	3078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.834	1.846	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.611	1.762	6438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.508	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.704	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.389	10	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.216	10	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.165	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.124	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.546	1.544	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.529	1.543	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.378	2.78	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.393	2.783	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.609	1.901	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.321	1.859	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.493	3.352	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.167	3.272	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.514	24.571	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.827	18.355	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.678	3	5677

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.259	425	0.265	6806	0.265	7231	0.953	0.949	100	0.262
1.334-1.37	0.269	401	0.236	6662	0.238	7063	0.948	0.961	100	0.23
1.37-1.41	0.241	361	0.214	6512	0.216	6873	0.96	0.968	100	0.204
1.41-1.453	0.227	313	0.192	6313	0.194	6626	0.963	0.974	100	0.177
1.453-1.501	0.201	298	0.161	6160	0.163	6458	0.972	0.983	100	0.142
1.501-1.554	0.17	311	0.138	5934	0.14	6245	0.983	0.988	100	0.116
1.554-1.612	0.148	293	0.124	5752	0.125	6045	0.987	0.99	100	0.1
1.612-1.678	0.17	272	0.123	5514	0.125	5786	0.982	0.989	100	0.094
1.678-1.752	0.152	309	0.111	5253	0.113	5562	0.984	0.991	100	0.083
1.752-1.838	0.143	269	0.111	5054	0.112	5327	0.986	0.991	99.9249	0.081
1.838-1.937	0.139	295	0.109	4765	0.111	5062	0.987	0.992	99.9605	0.079
1.937-2.054	0.126	244	0.098	4548	0.1	4796	0.99	0.994	99.9166	0.081
2.054-2.196	0.122	243	0.085	4278	0.087	4524	0.991	0.995	99.9337	0.074
2.196-2.371	0.107	241	0.08	3970	0.081	4214	0.993	0.996	99.9288	0.073
2.371-2.597	0.11	172	0.092	3703	0.093	3881	0.992	0.995	99.8454	0.091
2.597-2.902	0.141	180	0.101	3334	0.103	3516	0.99	0.995	99.9431	0.105
2.902-3.349	0.12	131	0.1	2975	0.101	3106	0.992	0.994	100	0.111
3.349-4.096	0.115	143	0.096	2497	0.097	2640	0.992	0.995	100	0.112
4.096-5.769	0.112	94	0.098	1962	0.099	2056	0.993	0.994	100	0.124
5.769-45.187	0.17	54	0.18	1128	0.18	1182	0.983	0.977	100	0.221

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関連情報:EMDBヘッダ

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