PDB-8s5x: High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 10 of the cop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s5x

タイトル

High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 10 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [3.5 MGy]

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / electron transfer / Nitrite binding / nitrite reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium sp. (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, A.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

資金援助

アルゼンチン,

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s5x.cif.gz	374.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s5x.ent.gz	248.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s5x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s5x_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s5x_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8s5x_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	8s5x_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8sC 8rflC 8rfoC 8rfpC 8rfqC 8rfrC 8rfsC 8rftC 8rfuC 8rfvC 8rfwC 8rfxC 8rfyC 8rg8C 8rg9C 8rgbC 8rgcC 8rgdC 8ru9C 8rurC 8ryjC 8ryrC 8ryuC 8ryvC 8s0wC 8s2qC 8s5yC 8s63C 8s64C 8s68C 8s69C 9evmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.97, 103.97, 64.46
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

#4: 糖

ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

-
非ポリマー , 3種, 544分子

#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 7.3, 1.8 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.12→64.46 Å / Num. obs: 151937 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.12→1.14 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 7527 / CC_1/2: 0.455 / R_pim(I) all: 0.862 / R_rim(I) all: 1.774

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.12→52.468 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.989 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.987 / WR_factor R_free: 0.128 / WR_factor R_work: 0.106 / SU B: 0.982 / SU ML: 0.019 / Average fsc free: 0.9805 / Average fsc work: 0.9835 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1325	7756	5.106 %
R_work	0.1127	144149	-
all	0.114	-	-
obs	-	151905	99.994 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.355 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.016 Å²	0.008 Å²	-0 Å²
2-	-	0.016 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.051 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→52.468 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2551	0	55	536	3142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.945	1.846	3989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.66	1.765	6461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.763	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.236	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.481	10	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.298	10	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.207	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.112	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.039	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.763	1.334	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.663	1.333	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.241	2.401	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.33	2.404	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.673	1.641	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.252	1.6	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.249	2.894	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.903	2.815	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.093	24.155	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.684	16.28	3096
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.989	3	5692

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.12-1.149	0.284	593	0.276	10622	0.276	11217	0.948	0.95	99.9822	0.273
1.149-1.181	0.243	550	0.245	10342	0.245	10893	0.961	0.959	99.9908	0.24
1.181-1.215	0.233	518	0.208	10072	0.209	10590	0.963	0.97	100	0.198
1.215-1.252	0.2	514	0.188	9808	0.188	10323	0.972	0.976	99.9903	0.175
1.252-1.293	0.181	514	0.172	9497	0.172	10011	0.979	0.98	100	0.157
1.293-1.339	0.174	549	0.152	9114	0.153	9663	0.981	0.985	100	0.137
1.339-1.389	0.154	454	0.137	8901	0.138	9355	0.984	0.988	100	0.12
1.389-1.446	0.141	502	0.125	8438	0.125	8940	0.988	0.99	100	0.107
1.446-1.51	0.14	424	0.111	8222	0.113	8646	0.987	0.992	100	0.093
1.51-1.584	0.13	436	0.1	7774	0.101	8210	0.989	0.994	100	0.081
1.584-1.669	0.124	413	0.09	7447	0.092	7860	0.99	0.995	100	0.074
1.669-1.77	0.108	369	0.084	7089	0.085	7458	0.993	0.995	100	0.072
1.77-1.892	0.115	314	0.077	6679	0.079	6994	0.992	0.996	99.9857	0.071
1.892-2.044	0.102	336	0.076	6149	0.077	6486	0.994	0.996	99.9846	0.075
2.044-2.238	0.102	303	0.077	5696	0.079	5999	0.993	0.996	100	0.08
2.238-2.502	0.102	259	0.081	5165	0.082	5424	0.994	0.996	100	0.087
2.502-2.888	0.128	235	0.097	4563	0.098	4799	0.991	0.994	99.9792	0.108
2.888-3.535	0.119	223	0.103	3847	0.104	4070	0.992	0.994	100	0.121
3.535-4.987	0.111	154	0.092	3024	0.093	3178	0.993	0.995	100	0.116
4.987-52.468	0.109	96	0.151	1700	0.149	1797	0.994	0.984	99.9444	0.194

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関連情報:EMDBヘッダ

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