PDB-8s5d: Cryo-EM structure of Arf1-decorated membrane tubules

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s5d

タイトル

Cryo-EM structure of Arf1-decorated membrane tubules

要素

ADP-ribosylation factor 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Arf1 / protein-membrane interaction / membrane tubules / helical structure

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of PIPs at the plasma membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / regulation of Golgi organization / organelle membrane contact site / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å

データ登録者

Haupt, C. / Semchonok, D.A. / Stubbs, M.T. / Bacia, K. / Desfosses, A. / Kastritis, P.L. / Hamdi, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Arf1-decorated membrane tubules
著者: Haupt, C. / Semchonok, D.A. / Stubbs, M.T. / Bacia, K. / Desfosses, A.

履歴

登録	2024年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s5d.cif.gz	86.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s5d.ent.gz	66.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/8s5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	19732MC 19731C 8s5cC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosylation factor 1

ヘテロ分子

21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-ribosylation factor 1

ヘテロ分子

x 241

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
5.09 MDa, 241 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	ADP-ribosylation factor 1 分子量: 20552.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: A myristoyl group (derived from myristic acid) is covalently attached to the N-terminus via an amide bond. 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ARF1, YDL192W, D1244 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11076, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S 分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Arf1 coated membrane tubules / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 6.8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	HEPES	HEPES	1
2	50 mM	potassium acetate	KAc	1
3	1.2 mM	magnesium chloride	MgCl₂	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1

急速凍結

装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影	電子線照射量: 21 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12483
画像スキャン	横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	v4.3.1, v4.4.2	粒子像選択
2	EPU	2.2.0.65REL	画像取得
4	cryoSPARC	v4.3.1, v4.4.2	CTF補正
7	ISOLDE		モデルフィッティング
9	PHENIX	1.21-5187	モデル精密化
10	Coot	0.9.7 EL	モデル精密化
13	cryoSPARC	v4.3.1, v4.4.2	分類
14	cryoSPARC	v4.3.1, v4.4.2	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 20.78 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.821 Å / らせん対称軸の対称性: C3

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1489051

3次元再構成

解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27285 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

プロトコル: OTHER / 空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 2ksq

2ksq

PDB chain-ID: A / Accession code: 2ksq / Chain residue range: 16-178 / Pdb chain residue range: 16-178 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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