PDB-8s2q: High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 2 of the copp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s2q

タイトル

High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 2 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [0.7 MGy]

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / electron transfer / Nitrite binding / nitrite reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium sp. (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, A.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

資金援助

アルゼンチン,

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年2月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s2q.cif.gz	377.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s2q.ent.gz	251.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s2q_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s2q_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8s2q_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	8s2q_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8sC 8rflC 8rfoC 8rfpC 8rfqC 8rfrC 8rfsC 8rftC 8rfuC 8rfvC 8rfwC 8rfxC 8rfyC 8rg8C 8rg9C 8rgbC 8rgcC 8rgdC 8ru9C 8rurC 8ryjC 8ryrC 8ryuC 8ryvC 8s0wC 8s5xC 8s5yC 8s63C 8s64C 8s68C 8s69C 9evmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.82, 103.82, 64.35
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

#1: タンパク質

Copper-containing nitrite reductase

分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

#4: 糖

ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

-
非ポリマー , 3種, 537分子

#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 7.3, 1.8 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→64.35 Å / Num. obs: 183378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 1.732 / Num. unique obs: 8110 / CC_1/2: 0.386 / R_pim(I) all: 0.995 / R_rim(I) all: 2.022

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.05→52.383 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.988 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.985 / SU B: 0.747 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.019
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1295	9116	4.972 %
R_work	0.1147	174228	-
all	0.115	-	-
obs	-	183344	99.995 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.018 Å²	0.009 Å²	-0 Å²
2-	-	0.018 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→52.383 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2551	0	55	529	3135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.002	1.846	3989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.693	1.765	6508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.861	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.07	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.65	10	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.24	10	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.093	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.746	1.274	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.464	1.272	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.766	2.29	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.879	2.295	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.321	1.535	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.936	1.499	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.956	2.716	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.658	2.647	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.325	21.822	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.529	15.661	3128
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.069	3	5709

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.05-1.077	0.307	640	0.299	12861	0.299	13505	0.938	0.94	99.9704	0.299
1.077-1.107	0.282	716	0.266	12449	0.267	13165	0.95	0.956	100	0.265
1.107-1.139	0.231	634	0.223	12184	0.224	12818	0.966	0.969	100	0.218
1.139-1.174	0.207	640	0.19	11836	0.191	12478	0.973	0.977	99.984	0.18
1.174-1.212	0.163	588	0.16	11435	0.16	12023	0.982	0.983	100	0.147
1.212-1.255	0.157	590	0.145	11094	0.145	11684	0.984	0.986	100	0.13
1.255-1.302	0.148	512	0.133	10786	0.134	11299	0.986	0.989	99.9911	0.118
1.302-1.355	0.138	565	0.12	10274	0.121	10839	0.988	0.991	100	0.105
1.355-1.416	0.131	525	0.109	9855	0.11	10380	0.989	0.993	100	0.095
1.416-1.485	0.114	504	0.097	9476	0.098	9980	0.992	0.994	100	0.084
1.485-1.565	0.099	453	0.085	8999	0.085	9452	0.994	0.996	100	0.074
1.565-1.66	0.098	457	0.078	8494	0.079	8951	0.994	0.996	100	0.07
1.66-1.774	0.098	407	0.077	8039	0.078	8446	0.994	0.996	100	0.072
1.774-1.916	0.092	376	0.076	7468	0.077	7844	0.995	0.997	100	0.074
1.916-2.099	0.098	342	0.082	6886	0.083	7228	0.994	0.996	100	0.084
2.099-2.346	0.093	327	0.083	6229	0.084	6556	0.995	0.996	100	0.09
2.346-2.708	0.114	283	0.095	5522	0.096	5806	0.992	0.994	99.9828	0.106
2.708-3.314	0.131	267	0.112	4639	0.113	4906	0.99	0.993	100	0.132
3.314-4.678	0.109	193	0.101	3630	0.101	3823	0.994	0.994	100	0.127
4.678-52.383	0.165	97	0.154	2072	0.154	2170	0.979	0.986	99.9539	0.205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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